清朝的平西王吴三桂平南王尚之信、靖南王耿精忠被合称三藩。他们所率的军队将领都是其死党，军事实力极其雄厚，仅吴三桂就统兵十余万人，其每年所消耗的军饷达两千余万两，成为清廷沉重的经济负担。后来他们更是大肆经商刮财，强征市税，明目张胆地招兵买马，其坐地称霸的野心不言自明，这对清朝政权构成了严重的威胁。公元1673年，康熙帝作出决定，将三藩同时撤除，得到这个消息后，吴三桂首先率兵造反。

康熙十二年，康熙帝以尚可喜请旨回归辽东养老为名，毅然作出决定，将三藩齐撤掉。 得到这个消息后，吴三桂首先起兵发难 ,鼓动起巨大的反清浪潮。 起初，吴三桂的军队势如破竹，迅速将湖南全省、四川全省全部攻占。与此同时响应者四起，其余藩王都骚动起来，战火迅速蔓延到十几个省。康熙帝在应付这一事变中表现了他的雄才大略，他调兵遣将、从容布置，坚决打击吴三桂，对其他的叛乱者实行招抚的策略，达到削弱吴三桂的羽翼，孤立吴三桂的目的。

在这种方针下，陕西的王辅臣和福建的耿精忠分别于康熙十五年(公元1676年)先后率领部下投降清朝。第二年，广东的尚之信也投降了清朝。这时，康熙帝便把湖南作为军事进攻的重点，命大将勒尔锦等人统领数十万大军过荆州、武昌等地，正面痛击吴三桂，稍候，大军进攻湖南，由岳乐率领另一支大军经江西过长沙，对湖南形成夹攻之势。此外，康熙帝的部队还大胆起用汉兵汉将，使其在作战中发挥了重要作用。

此时的吴三桂，只占得湖南的一隅之地，毫无外援，清朝岳乐所率军队已经开始围攻长沙，吴三桂见失败之势已定，为排除胸中苦闷，在起兵六载之后的1678年3月，在衡州称帝，立国号周，建元昭武，当即大封手下诸将，希望以此调动起将士们的斗志，但这只是强弩之末而已。此后，随着战局的不利，吴三桂逐渐忧愤成疾，当年8月就病死了。吴三桂死后，他的军队迅速土崩瓦解。清军在采纳了水师将领林兴珠的献策后，举击败吴应麟，又攻下岳州，随后占据四川，进攻云贵等地。康熙二十年(公元1681年)冬，清军占领云贵省城，吴三桂之孙吴世藩被迫自杀。至此历时八年涉及数十省的三藩之乱，终于被平定了。

平定三藩是清朝初年一件影响重大的事件，此后清政府才真正完成了在关内的统一，从而稳定了统治权，开始从事行政和财政经济的调整改革，致力于解决边疆问题。

清朝倾其全力赢得的这场战争的胜利，不仅为巩固清朝的统治创建了坚实的基础，而且以后出现的“康乾盛世”也正是建立在这块基石之上的。