既然早期义和团是这样一个结构松散、目标短浅的组织，那它是如何形成庚子战争的排外狂潮，最终招致灾难性的《辛丑条约》？我们读当时士大夫官僚的回忆和记录，可以发现这些乌合之众背后真正的操盘手：

在庚子战争中任直隶怀来知县，并曾为慈禧出逃时接驾的吴永，在他的笔记《庚子西狩丛谈》自序中，直率地认为义和团民并非战争祸首：“庚子京畿拳祸，其始由于二三愚妄大臣，逢迎亲贵，以攘除夷患为名，将欲撼动神器，徼非常之荣利。”也就是说，他认为庚子战争源于若干大臣为了迎合满清贵族，以“攘夷”之名招引过来的，这些大臣亲贵甚至有夺取皇位的企图。

这些大臣亲贵有哪些人呢？他们的主要成员是以下几位：端郡王载漪、辅国公载澜、庄亲王载勋、协办大学士，吏部尚书刚毅、大学士徐桐、都察院左都御史英年、刑部尚书赵舒翘、礼部尚书启秀、刑部左侍郎徐承煜、山西巡抚毓贤、前四川总督李秉衡。而在这十一人中，有七个满人，其中三个是皇室贵族，他们支持义和团，主要是希望对内压制满清的开明派（如光绪），恨屋及乌，于是敌视亲开明派的西洋人；另外四个汉臣，则都是知识有限的保守腐儒。例如大学士徐桐，庚子年时已经八十岁，推崇宋儒理学，“守旧，恶西学如仇。门人言新政者，屏不令入谒”，据清末人高树《金銮琐记》，他相信洋教士会“割教民妇阴，列阴门阵，以御枪炮”，可见其涉外知识水平也和义和团民类似。

以上人等支持义和团各有各的机心或者愚蠢，但在保守派的立场上，他们是一致的。然而，在1900年以前，保守派并未在清廷对待义和团的立场中占据主导性地位。我们可以在光绪二十五年（1899）十月二十六日上谕中看到这一点，这份上谕是这么说的：

近闻山东地方有大刀会、红拳会各种名目，多系不逞之徒，借闹教为名，结党横行，欺压良善。地方文武弹压缉捕，俱不得力。（山东）巡抚毓贤又固执己见，以为与教民为难者即系良民，不免意存偏袒。似此因循日久，必至滋生事端。该抚身任封圻，遇事总须持平办理，消患未萌，岂得沽一己之名。竟置大局于不顾。著即督饬所属文武各员，查明各种会匪名目，严行禁止。傥敢仍前聚众，借闹教为名，结党滋事，并著从严惩办，以靖地方。

这里我们可以看到两点。首先，毓贤这类保守派封疆大吏，由于其仇外立场，在地方执行了拉偏架的策略，认为和洋教为难的人就是良民。本来教会和拳团只是维护自身利益的民间组织，如果秉公处理，两者相互制衡，未必招致大乱，南方诸省也有团练，也有教案，就没有形成义和团之乱，华北部分保守派官僚有意为拳团站台，自然导致后者势力大为扩张，这才是山东义和团兴起的主要原因。如毓贤的继任者袁世凯就认为：前任一味纵容，并出示讽煽。（拳团）匪民自谓奉官所允，又为法所不禁，兵吏均不敢逼前，安得不猖獗也。

其次，虽然部分地方保守官员对于义和团采取了暗中助长的态度，但清廷和总体的官僚系统，还是对这一套“刀枪不入”的神拳并无好感的。清廷下上谕“从严惩办”拳团，并撤换毓贤，改换对拳团持强硬态度的袁世凯，就很能说明问题。袁世凯在任时大量刊刻劳乃宣所著的《义和拳教门源流考》，指称义和团为邪教白莲教，并以西式军队镇压团民。义和团的刀枪不入之术自然不是西式武器的对手，但武器解决不了这些贫民游民的生计问题，于是山东团民虽然败退，但不解散，纷纷自山东北上，涌入直隶。直隶总督裕禄，原为力主取缔义和团的官员，但此时他的动作却犹豫了。因为此时义和团攻击洋教、“扶清灭洋”的主张（此时流窜各地的义和团早已基本为贫农游民和完全无知的附和者占据，他们主张的“扶清灭洋”，很大程度是希望在清政府的许可下劫掠教民的财富），已经得到了满清保守派的注意。

光绪二十五年（1899年）底，毓贤已经向满清王公宣扬义和拳神术，光绪二十六年（1900年）之初，义和团已通过京畿地区分坛炸子桥坛，和端郡王载漪等人联系。载漪等人甚至可能已经做了义和团京城分坛的坛主。

光绪二十六年三月十八日，清廷再出上谕。这份上谕改换了光绪二十五年十月二十六日上谕的口吻，声称对于拳民教民，“朝廷一视同仁”，民众设团，朝廷“原可听其自便”，名为剿匪，其实已经认可了义和团的存在。也从此日开始，“局势对支持义和拳的一方有利开始明朗化，军机处对义和拳的政策发生重大变化，和支持义和拳的满洲王公的立场趋向一致……光绪二十六年三月份开始，反对镇压义和拳的力量主要在京城，以满洲王公为中坚，其相关奏折比比皆是。此种力量对以后政治局势的影响十分强烈，先是反对镇压义和拳，接着又阻挠禁止在京城练习义和拳，最后极力（对外）主战”。就这样，在清廷的支持和纵容下，自1900年春以后，义和拳民在北京、天津、直隶、山西等处，开始无差别攻击杀戮洋人、教民，焚毁教堂，劫掠财产。

清廷和保守派官员对宣扬“扶清灭洋”、攻击劫掠教会的义和团的支持，自然招致了西方各国的注意。英、美、德、法等国在华公使在1900年初数次照会清政府，要求清廷取缔拳会。至1900年5月底，外国使馆区意识到了危险的来临，纷纷向本国求救，英美日德诸国于是在6月1日派出一支八国海军人员组成的联合部队。但慈禧太后在不久之前，正因为戊戌变法和己亥建储中西方各国支持开明派，反对自己为首的保守派而对外国列强深感愤怒。此事更增加了她的仇外情绪。满清保守派则早早乘势而起，向慈禧提议，招抚拳团，对抗外国。1900年5月30日（光绪二十六年五月三日），赵舒翘、何乃莹奏：

“拳会蔓延，诛不胜诛，不如抚而用之，统以将帅，编入行伍，因其仇教之心，用作果敢之气，化私忿而为公义，缓急可恃，似亦因势利导之一法。”

这个奏折第一次公开主张清廷利用义和团对基督教的仇视，组建军事力量。慈禧实际上采纳了这个意见，在1900年6月16日（光绪二十六年五月二十日）的上谕中，她表示：

本日召见世铎……等，沥陈（义和团）愚民无知，姑开一面之网。即著责成刚毅、董福祥，一面亲自开导，勒令解散；其有年力精壮者，即行招募成军，严加约束。该拳民既以义勇为名，如足备折冲御侮之资，朝廷原可宥其前愆，以观后效。（见《义和团档案史料》上卷145页）

这就是要公开借义和团之“义勇”用于对外战争了。开明派和洋务派的官员们，面对即将到来的奇劫大祸，做出了最后的努力和抗争。时任吏部侍郎许景澄和太常寺卿袁昶两人，一面访问英国驻华公使，劝说西洋各国不必增兵北京（6月11日），一面在清廷讨论对联军是和是战的御前会议上力主“（义和）拳实乱民，万不可恃”、“开衅十一国，众怒难犯，恐坏全局。”

许景澄和袁昶的处理方案和战争预测完全正确，但等待他们的命运极为残酷。慈禧拒绝了他们求和的建议。1900年6月20日，德国驻华公使克林德被清兵击毙。6月21日（光绪二十五年五月二十五日），慈禧以光绪的名义下达上谕，宣布“焚毁教堂、屠杀教民”的义和团民是“义勇”，大清要凭借这些“义兵”，和前来保卫使馆及其民众的多国联军“一决雌雄”。此后，义和团和清军开始攻击使馆区。1900年7月28日，袁昶与许景澄二人在菜市口被公开处死。慈禧太后发出上谕，称他们“平日办理洋务，各存私心，每遇召见，任意妄奏，莠言乱政，且多语离间，有不忍言者，实属大不敬，若不严行惩办，何以整肃群僚，袁昶、许景澄均着即行正法，以昭炯戒。” 8月11日，主张求和的兵部尚书徐用仪、户部尚书立山、内阁学士联元随后被杀。他们加上袁昶、许景澄二人，时称庚子被祸五大臣，又被称为庚子五忠。

五大臣是清廷当时有数的精英。如许景澄，他曾出使法、德、意、荷、奥、俄诸国，担任过清朝驻比利时公使，深悉洋务，所以他很清楚利用拳匪攻打外国使馆、杀戮外国公使的严重性：“围攻使馆，实背公法”、“攻杀使臣，中外皆无成案”。庚子之战，这五位大臣的忠言，是清廷最后的自救之道，但清朝最高统治者慈禧太后还是选择了对外国一无所知的底层游民组成的义和团，以为他们“民心可用”——实际上，义和团民们即使有“心”，也不过是想要在“扶清灭洋”的招牌下，通过那些保守派大臣的支持混口饭吃而已。但慈禧担忧的不是国家的命运，而是她自己的权位——她已经认定，西洋军队此来是为了剥夺她的权位，在这种情况下，抓什么样的烂稻草她都愿意一试。