淮扬运河，古称邗沟、里运河、渠水、韩江、中渎水、山阳渎等，指的是从江苏省淮安市(中国大运河与古淮河交点)到扬州市(中国大运河与长江交点)的这段河道，全长一百七十余公里。

公元前486年，吴王夫差开凿北上征战军事运道，在今扬州市西北的蜀岗尾闾修建邗城，引江水入淮，因名邗沟。春秋时期左丘明所著的《春秋·左传注》曾记载哀公九年，吴城邗，沟通江淮，其路线是从邗城下挖沟，引江水经茱萸湾北上，在武广湖（今邵伯湖）和陆阳湖（今绿洋湖）之间，下注樊良湖（今高邮湖），折而东北入博芝、射阳二湖，出湖西北经夹耶至末口（今淮安）入淮河。今古邗沟扬州城区段和射阳湖段都是在邗沟初创时就存在的河道。

汉建安二年（197年），广陵太守陈登因射阳湖风涛大，损坏船只，将河线向西移动，不再经过博芝湖，而是由樊良湖北口穿过白马湖，再转向射阳湖入淮。因此原来的河线称为东道，改变后的被称为西道。

晋代河线三次大变迁，第一次变迁，东晋永和邗沟江都水断，河线首次西延仪征；第二次变迁，东晋永和中湖道多风；第三次变迁，东晋哀帝兴宁中津湖多风。从春秋时期首次开挖之后，经过几次改线，到东晋时期邗沟形成了相对固定的线路。

隋开皇七年（587年）四月，隋文帝于扬州开山阳渎（因北起山阳县境，故起名为山阳渎），以通运。三阳渎河线的走向，由茱萸湾向东（今湾头镇）至今江都市宜陵镇，转而向北经今樊川镇接高邮、宝应三阳河至射阳湖，再沿用山阳水道旧道入淮，历史上称此河线为邗沟东道。邗沟东道在修建时主要目的是军事用途，为隋朝攻打南朝输送军队。到隋炀帝继位以后重新疏通大运河的主航道时，就放弃了邗沟东道。此后，邗沟东道结束了作为运河主航道的历史。从此改称三阳河，成为一条排洪、运盐的辅助河道。

隋炀帝于大业元年（605年），自大梁之东，引汴水入泗，达于淮，又发淮民十余万，开邗沟，自山阳至扬子入江。渠广四十步（约70米），渠旁皆筑御道，树以柳。此邗沟由江都茱萸湾入高邮樊汊，以达于淮之始。

唐代以后，长江江心淤积出瓜洲，横亘在扬子津入江口前，致使漕船不得不绕行瓜洲，在长江风浪中损失严重。据《旧唐书·齐浣传》记载：“开元二十五年，迁润州刺史，充江南东道采访处置使。润州北界隔吴（吴，指扬州。后周改南兖州为吴州，隋改吴州为扬州）。江至瓜步沙(瓜洲)尾，纡汇六十里（30公里），船绕瓜步，多为风涛之所漂损。浣乃移其漕路于京口(今镇江)塘下，直渡江二十里（10公里）。”开元二十六年（738年）冬，润州刺史齐浣主持开凿了贯通瓜洲的伊娄河，使江南漕船渡江的距离从30公里缩短到10公里，大运河入江口也因此再次向南推移至瓜洲渡口。

唐宝历二年（826年），盐铁使王播为提高运河通航能力，主持修建七里港河，自城南七里港引江水进入运河，并改变了扬州城内运河的走向，提高了运河的通航能力。唐代扬州城以蜀冈上下分为子城和罗城，蜀冈上为子城，亦称“衙城”或“牙城”，为官衙府署所在地，水系发达；蜀冈下为罗城，是居民和工商业区，其西护城河即是今瘦西湖春台祝寿以北一段的前身，而位于城中的“保障河”则是今虹桥至小金山一段的前身，是唐代扬州罗城内的重要运输河道。

宋天禧三年（1019年），为避开扬州古城内水浅、船只难行的情况，发运使贾宗整理河道，拆毁龙舟、新兴、茱萸三堰，开扬州运河，于城外绕城东南开河接古运渠，自此运河主线避开了城市内部，由南门外向东再转向北，绕城而过至黄金坝与运河主线相接。从此古邗沟扬州城区段不再作为运河的主航道使用，逐渐淤塞。

宋天禧四年（1020年）江淮发运副使张纶于高邮北沿湖筑堤100公里，并在湖堤上用巨石砌建了10座石闸，以供湖水涨溢时渲泄，此为大运河有西堤之始。宋元祐间（1086～1093年），宝应地区修筑土堤200余里，修涵洞180座，石堰斗门36座。南宋绍熙五年（1194年）淮东提举陈损之新筑江都县至淮阴大运河大堤180里，名绍熙堤。邵伯湖东侧的大堤最早也形成于这次修筑。

元泰定元年（1324年），真州（即今仪征）疏浚珠金沙河（明景泰五年易名新坝河）。这样，仪扬河多了一条从新城通往长江的入江口门。其河位置在卧虎闸至旧江口之间，即今仪征翻水站上游引河。

洪武元年（1368年）修濬宝应县宋泾河，于宋泾河南建板闸1座，于北筑堰1道，与宝应湖隔开，运道改由宝应城西湖中行走，宋泾河不再作为运河主道。洪武九年（1376年），按宝应老人柏丛桂的建议，重筑宝应、高邮湖堤30多公里，两侧砌石护岸，以防御飓风袭击。又在界首到槐角楼之间，开直渠20公里，此为大运河有东堤之始。洪武二十八年（1395年），为了船只航行安全，朝廷采用柏丛桂的建议，发动民夫5.6万，首次尝试河湖分开自宝应槐楼湾至今高邮界首，沿湖东开直渠40里（20公里），堤防位于湖东，渠仍在湖内，又增建石（石达）十八座，不久废弃。永乐十三年(1415年)，陈瑄开凿清江浦河，改变了邗沟与淮河的连接方式，船只由白马湖直达淮安，扬州运道从此不再经过射阳湖达淮。

宣德七年（1432年），陈瑄在老堤之西,傍湖为渠，此为高邮新开湖傍湖有渠之始，但不久即废。正统三年（1438年），宝应大运河堤被易以石堤。成化十四年（1478年）三月，根据汪直的建议，筑重堤于老东堤外。弘治三年（1490年）为避高邮新开湖、甓社湖风涛之险，开始逐步在湖中筑堤，分段修建月河，在湖东自高邮州北三里杭家嘴至张家沟，两岸筑堤，开新河实施河湖分开，名为康济河。正德十六年（1521年），根据都水郎中杨最的建议，于氾光湖东修内河。将旧堤增石积土，以为外堤。万历三年（1575年），高邮清水潭决口，冲毁老西堤，河、湖汇成一体，西堤不复存在。万历四年（1576年）总督漕运侍郎吴桂芳修复高邮老湖堤，紧靠西堤挑筑康济越河20公里，并以中堤为东堤，原有东堤遂废。万历五年（1577年），根据御史陈世宝的建议，于石堤之东复筑一堤，并于湖堤补石堤以固其外。傍老堤重开康济河，使运道脱离了高邮湖。

万历六年（1578年）九月，总督河漕都御使潘季驯筑宝应八浅（宝应地名）石堤。万历七年（1579年），营田道佥事史邦直督修宝应石堤，自南门至槐楼10公里。河臣潘季驯堵塞白马湖决口，又在湖东筑堤，于是白马湖旁有月河三四里，使运道脱离了白马湖。万历十二年（1584年）挖成弘济河，长三十六里，筑堤九千余丈，其中石堤占三分之一。建弘济河南北闸（后改为平水闸）于两端。通宋泾河，并将耀龙关（今跃龙关）所放进的水穿过城东流入望直港。兴建刘堡减水闸，清代顺治、康熙年间均进行过大修，乾隆年间淤塞。大运河基本以宏济河为运输航道，宏济河西堤基本以万历七年所修老石堤为基础，宏济河东堤基本以原氾光湖湖堤为基础。

万历十三年（1586年），宝应弘济河开挖以后，运道不再走氾光湖（即宝应湖）。万历十六年（1588年），总河潘季驯开宝应月河，自宝应南门外北至黄浦，长10公里，从此运道不再经由白马湖。万历十六年（1589年），河臣潘季驯加筑宝应月河，自黄浦至三官庙前筑土堤一道，长10公里，以束漕水，防止水多旁溃入湖。万历二十四年（1596年），江都知县张宁将三阳河筑坝堵塞，仅留一洞通水灌溉。万历二十五年(1597年)四月，江都（今扬州）运河南门二里桥一带因蓄水困难，水流直泻，影响盐船和漕船的安全行驶。巡盐御史杨光训令扬州知府郭光复进行整治，将原本平直的河道改为曲折式的河道。从二里桥河口起，向西165丈，再折向南410丈，又折回东165丈，总计约六七里，从姚家沟汇入大运河扬州城区段。这段河道当时被称为新河或宝带河，现在多称之为“运河三湾”。

万历二十六年（1598年）总河刘东星筑成东西大堤，开界首月河，南起永兴港，北至双桥口止，长约6公里，建南北金门石闸二座，从此，运河不再经由界首湖；又自露筋庙向南至一沟铺开邵伯月河，长9公里，从此运道不再经由邵伯湖。初步实现了河湖分开，并最终奠定了明清时期大运河扬州段的主线。万历二十八年（1600年），开挑邵伯、界首月河，使运道离开邵伯湖、界首湖。宝应月河、康济河、宏济河、邵伯月河、界首月河相继开成，连成了一条长河，宝应至邵伯之间实现了河湖分开，至此运河河线基本固定下来，奠定了以后运河的路线。

康熙初年，高邮险工段清水潭屡屡决口，不仅漕船受阻，还使得里下河地区频遭水灾。康熙十七年（1678年），河道总督靳辅在清水潭采取避深就浅的方式绕开原来的河线，重新开河一道，改筑东西堤与旧河相连接，使得这部分河线形成了一个大型缓冲河湾，称为马棚湾。因为清水潭经常决口，复改筑永安新河（即今马棚湾）建东西土堤两道，东长2公里，西长3公里，首尾皆与旧堤相连。

康熙五十三年(1714年)，修建邵伯大运河东岸石工，自大码头至庙巷口，长1320米，称为邵伯古堤，同时修建4座码头。康熙五十四年(1715年)，长江江流北移，瓜洲开始时断时续地坍江。雍正四年（1726年），潘鸿重造邵伯大码头潘家古渡。道光三十年（1850年），在邵伯镇西的湖中修建土堤一道，以保护东堤，同时使月河由三沟闸延长至邵伯镇南的梁家港。从此邵伯镇附近的河道与邵伯湖分开，成为独立的水道。

咸丰五年(1855年)，黄河自河南兰封(今兰考)铜瓦厢决口北徙，夺山东大清河入海。从此，黄河不再行经安徽和江苏，与运河改在山东交叉，打乱了大运河扬州段的总格局，使大量工程失效。大运河扬州段，由于淮水不能恢复故道，由三河闸直入长江，运河北段水源几乎断绝，南段可以作地区性航运。光绪二十一年（1859年），位于长江北岸的瓜洲城在江流作用下全部坍入江中，今天的瓜洲是唐瓜洲的北关。如今的瓜洲运河也比唐代缩短了10公里左右。

民国时期，大运河扬州段的治理纳入导淮的统一计划中。1933年完成的张福河初步疏浚工程自洪泽湖口高良涧起，至运河口马头镇止，全长31公里，解决了大运河扬州段的给水问题，使航运和运东各县受益。1934～1935年，建造了邵伯船闸，所有运河西堤通湖各缺口一律堵塞，各涵闸均重新维修，改善了大运河扬州段的通航条件。1936年邵伯大运河改线，邵伯码头也随之逐渐失去功能。三阳河口逐渐淤塞，冬季断流，不能通航。在邵伯明清运河故道以西建成邵伯老船闸，此后大运河主航道改由该船闸通过，这段河道失去航运功能。

1950年代，政府开始组织进行运河的恢复和扩建工作，维修沿岸大堤，堵闭旧海堤，整顿和改建沿河闸坝。因古邗沟河道淤浅曲折，曾3次拓宽疏浚，局部裁弯取直，引水通航有所改善。1952年，为控制邵伯明清运河故道河道的水位，于邵伯镇竹巷口处的运河故道上建设双孔节制闸。1958年对运河全线进行大规模的整治和建设，从瓦窑铺（湾头北）到六圩开辟了19.6公里的新航道，从此大运河扬州段由六圩入江，扬州城区段运河和瓜洲运河不再作为大运河航运主河道。

1959年，进行大运河整治拓宽工程，大运河西堤以西开新运河筑新堤。残留于新老大运河之间的大运河西堤（基本为万历十二年宏济河西堤对万历七年氾光湖东石堤截弯取直后的部分），称“中埂”。由于施工需要，新大运河河线内的万历七年石堤被部分拆除，而万历十二年所造大运河东堤未受影响。1970年建瓜洲节制闸。1972年建扬州闸。1977年新三阳河开通以后，三阳河横沟河以南部分基本废弃，横沟河以北至杨明河作为生产引排河道，杨明沟至樊川河床淤浅严重，亦作生产河道使用。1980年以后，对大运河扬州段又开展了大规模的续建工程。在此期间，扬州段建设了邵伯和施桥复线船闸，并对全河道进行拓挖。同时新建、扩建抽引长江水补水站8座，以确保运河航运用水。

1982年，扬州市政府将古邗沟列为市级文物保护单位。并对大运河进行整治拓浚，挖出土方被用于中埂切除工程。在中埂切除工程中，在宝应城南至南窑镇南段，于河底高1米处发现以排桩和砖石柜为主的万历七年明石堤残段。石堤断续出露，4次横穿河床，南北蜿蜒9.85公里，与今天运河线路基本相符。1998～2004年，扬州陆续对城区段大运河进行大规模综合整治，搬迁了沿线化工类企业，截断了流入大运河的污水。

2000年，因开挖地基，宝应西门大运河堤坡发现大量护堤砖，由于此段明清大运河已完全淤塞。2006年，淮扬运河扬州段作为京杭大运河一部分，被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。2009年11月，宝应县城南挡军楼处，基建挖掘，发现堤砖遗址，并有大量石块，排列较整齐，宝应段河道未完全淤塞，当为东堤堤岸遗址。2014年6月22日，在多哈举行的第38届世界遗产大会，正式通过中国提交的“大运河”申遗申请，“大运河”作为文化遗产正式列入世界遗产名录。淮扬运河成为世界文化遗产--中国大运河的重要组成部分。