白河上皇将鸟羽天皇的第一皇子（崇德天皇）推上皇位后，不久病殁。鸟羽上皇开设院政。鸟羽上皇疏远崇德天皇，让第九皇子（近卫天皇，母为美福门院）继承皇位。近卫天皇殁后，其兄后白河天皇执政（母为待贤门院）。保元元年（1156）鸟羽上皇病殁不久，崇徳上皇与后白河天皇之间为争夺皇位爆发了战争，史称“保元之乱”。最终，后白河天皇取得了胜利。

保元二年（1158），后白河天皇让位于二条天皇，并开始院政。但是，皇统正统意识强烈的二条天皇迫切希望亲政，于是后白河院派和二条天皇派对立起来了。事实证明，二条天皇时期，后白河院政地位并不稳固。尽管如此，二条天皇因病于永万元年（1165）六月二十五日让位年幼的六条天皇后，七月二十八日驾崩。至此，后白河院政在权力角逐中获胜。在后白河院政时期，经历了“平治之乱”和平清盛政权的登场和解体。

后白河上皇的得势，得到武士平清盛的支持。但是，以后后白河上皇与平清盛开始对立。最终导致治承三年（1179年）十一月的政変，史称“承治之乱“。在此变乱中，后白河上皇被幽禁在鸟羽殿，院政也因此被迫停止。高仓天皇趁机开始亲政。治承四年（1180）二月，高仓天皇让位安德天皇，成立了高仓院。高仓院政时期，迁都福原。但身体屠弱的高仓上皇到达福原后，身染重病，被迫回到平安京，并于养和元年（1181）一月十四日驾崩。不久，平清盛死去，其子平宗盛复活了后白河院政。

继后白河法皇之后，其孙后鸟羽上皇实施院政。后鸟羽院欲利用将军源实朝被暗杀的机会，倒幕以振兴皇权，但计划失败。此次事件被称为“承久之乱“。此后，后鸟羽院获罪被流放隐歧岛。皇权旁落的朝廷，不得不请求执权北条氏予以支持。“承久之乱“平定后，后堀河天皇即为其父后高仓院设立了院政，天皇为上皇设立院政，这在院政历史上属于十分罕见的事例。

“承久之乱“之后，院政依然存在。并且作为公家政权的中枢，发挥着作用。尤其是“承久之乱“之后振兴院政的后嵯峨院政时期，院政的各项制度得以重新完善。后嵯峨院将“传奏“（公家政权设置的奏事官职）制度化，同时确立了以院评定“（院主宰下进行决策的评议部口和人员）制度。这一系列举措简化了院政的机能。后嵯峨院之后两统迭立的时期，进一步强调天皇父祖（包括祖父及曾祖父）作为治天之君的重要地位，院政得以强化。此后，院政逐渐流于形式化，其政治影响力日减。