1282年的“西西里晚祷事件”摧毁了查尔斯对西西里的统治，消灭了拜占庭在意大利的首要敌人。拜占庭皇帝安德洛尼卡二世于是中断了同西方教会的谈判。在小亚细亚，蒙古人的西侵和新的突厥人部族奥斯曼土耳其人势力的兴起，也成为帝国不得不面对的新问题。而且，自迈克尔取缔了边境防务性的军事封地之后，帝国边防日益虚弱，早已不是奥斯曼人的对手了。安德洛尼卡不得不依靠雇佣军人、一支来自西班牙的加泰洛尼亚兵团进入巴尔干半岛（1302年）。

但这支由最好战的不安分者组成的军队并不感恩于他们的雇主，很快成为拜占庭国内动乱的又一股势力。他们封锁君士坦丁保达两年之久（1305~1307年），由此引来了小亚的土耳其人。他们还骚扰马其顿地区，南下希腊半岛，攻击原属于“法兰克人”（十字军中的法国骑士）的封建领地。而在巴尔干半岛上，亚琛统治下的保加利亚人帝国和乌罗什家族统治下的塞尔维亚人帝国一直在帝国北方对其虎视眈眈。加之由于帝国内政混乱，财政拮据，人民起义接连不断，上层统治集团内部又爆发了持续不断的内战（1321~1328年），更从内部削弱了帝国的实力。

安德洛尼卡三世统治时期（1328-1341年），帝国面临更严重的危机。在小亚细亚，土耳其人用十几年时间便连续占领了帝国的政治、军事重镇布鲁萨、尼西亚和尼科米底。在巴尔干半岛，塞尔维亚王斯蒂芬·杜尚（即乌罗什四世，1331~1355年）的帝国达到了极盛，直接威胁着士坦丁堡的安全。安德洛尼卡死后，为了争夺对小皇帝约翰五世的监护权和摄政权，皇太后（萨瓦人安娜）和凯能皇位者约翰六世·坎塔库津之间发生了又一场内战。

结果坎塔库津取胜（1347年），被加冕为共治皇帝，称约翰六世（1347~1376年）。但后来，坎塔库津又被约翰五世之子安德洛尼卡四世（1376~1379年）赶下了台，在隐修道院中了却了残生。在伯罗奔尼撒半岛上，拜占庭皇帝曾经成功地从法国人手中夺回了原属于希腊人的土地和要塞，但却彻底失去了小亚细亚。这时，以小亚细亚为基地的奥斯曼耳其人的前锋已于1356年进入了巴尔干半岛；1357年土耳其人夺取了亚得里亚堡，并以此地为首都，确定了向整个欧洲进攻的战略部署。随后的马姐查战役（1371年）和科索沃战役（1389年）决定了塞尔维亚和保加利亚终于沦于土耳其人之下的命运。

1390年，土耳其的势力进入了多瑙河流域，拜占庭帝国的领地只余下君士坦丁堡、萨洛尼卡和伯罗奔尼撒半岛及米斯特拉王国了。约翰五世曾经去意大利求援，但没有得到期望中的任何东西，反而因其负债于威尼斯人面受到侮辱。在他的儿子曼纽尔二世统治时期（1391~1425年），西欧各国感觉到了土耳其人的威胁，于是开始向巴尔干半岛派出军队作战，不料却在尼科堡遭到了惨败。1397年，土耳其人准备攻打了土坦丁保，但来自中业的蒙古人军队在帖木儿率领下于安卡拉使其遭到重创，俘获其苏丹（1402年），使拜占庭又多存续了近50年。

然而，拜占庭帝国的极度衰弱、欧洲列强的不团结和寒尔维亚君主安于现状、不肯反抗等种种因素，使欧洲终于未能利用这一有利时机给土耳其人以致命打击。十几年后，帖木儿的蒙古帝国瓦解，土耳其人又迅速地恢复了其惊人的活力。接下来拜占庭的末日就要到了。此间，拜占庭皇帝曼纽尔二世如他父亲一样，前往西方求援，但西方各国正处于民族国家形成的剧烈动荡中，他们既没有能力、也不愿意再像当年的十字军那样去进行场愚蠢的战争了，结果曼纽尔的活动以失败告终。

由于曼纽尔在其臣民中、甚至在土耳其人中还享有一些威望，使他在拜占庭的末世维持了较长时间的和平和安定。他的儿子约翰八世也略有成就，于1422年成功地阻止了土耳其人对君士坦丁堡的长期围攻。这时，寨尔维亚发生的反土耳其起义迫使土耳其人撤兵北上，使濒临末世的拜占庭又有了一个喘息的机会。1423年，在土耳其人进攻锐气面前吓破了胆的萨洛尼卡人将自己的城市卖给了威尼斯人，企图依赖威尼斯人的实力抵制土耳其人的攻击。然而，土耳其人还是在7年之后打败了威尼斯人，攻克了萨洛尼卡城。

从此，君士坝丁堡成为一座孤城。拜占庭皇帝约翰八世依照其祖先的传统，将希望寄托在西方人身上，他访问了意大利，并就东西方教会合并间题在佛罗伦萨会议上与教泉签署了协议（1439年）。但是，他的这一举动受到了国内多数臣民和教职人员的强烈反对，拉丁人曾经在东方犯下的罪行在希腊人心目中留下了太深的印象，人们宁愿欢迎土耳其人也不想再接受“拉丁人”的控制。在罗马教廷的号召下，西方各君主国的联军与土耳其人进行了又一轮决战，但他们还是在1444年的瓦尔纳战役中败北了。

1448年，约翰的兄弟君士坦丁十一世继承了皇位，但他命中注定要成为一个亡国之君，任何努力都不再会改变这一历史的必然。1453年5月29日，君士坦丁堡的坚固城墙终于被土耳其人的炮火所摧毁，君士坦丁十一世和城内全体军民、教士奋勇作战、不畏牺牲，在拜占庭历史上留下了最后一幅悲壮的图画。1460年，土耳其人征服了整个伯罗奔尼撒半岛；1461年，他们摧毁了科穆宁家族统治的特拉布松小朝廷。至此，罗马一一拜占庭帝国的历史最后终结。