自然能量，火影世界中的第三大能量。其中第一种能量为普通忍者查克拉，第二种能量为尾兽查克拉，第三种能量便是仙人模式产生的自然查克拉。火影剧情中，鸣人与佐助对阵最后一战，因九尾为鸣人凝聚大量的自然查克拉，鸣人才避免了因陀罗之矢的射杀，将佐助的查克拉能量耗尽，最后打成平手。如果没有九尾凝聚的自然查克拉，或许鸣人早已被佐助干掉。

九尾和鸣人本来水火不容，在第四次忍界大战才决定与鸣人合作。在之前的剧情中，九尾虽然和鸣人的配合也算默契，但并没有最后一战这么默契。当鸣人缺少查克拉的时候九尾居然就从地上凝聚了大量的自然查克拉给鸣人送过去。其实这一情景早在鸣人跟随自来也修炼期间就已经出现了。

当时的鸣人处在修炼的瓶颈期，因为体内的九尾查克拉无法使用，因此鸣人只能用螺旋丸和影分身之术战斗。而自来也在忍术方面教给鸣人的并不是火遁或者土遁之类需要结印的忍术，而是一种需要借助通灵兽施展的忍术融合技能。在学习忍术融合技能过程中，鸣人被迫模仿蛤蟆龙的动作神情，按照蛤蟆龙的思想模式做事。

因此当鸣人掌握了蛤蟆龙的心灵模式之后，所有的行为方式就都和蛤蟆龙的一样了。因此和蛤蟆龙形成默契的融合，鸣人掌握了水遁融合技能，同时还能和蛤蟆龙兄弟二人形成油遁火龙弹之术。因此在跟随自来也学习这段时间，鸣人还通过和蛤蟆龙合作融合忍术的过程，获得进入别人心灵的手段，而后用在与带土一战过程中。

最后在于佐助对战的时候，鸣人也通过这种方式和九尾组成联系，通过与九尾心灵沟通的方式，九尾被佐助因陀罗之矢射倒地的瞬间，鸣人便分出另外两具分身与佐助战斗，将佐助暂时牵制住，最后让九尾将长时间凝聚的自然查克拉一股脑的全部施加给鸣人，让鸣人得以拥有强大的实力将佐助最后一发因陀罗之矢抵消掉。

最终，鸣人施展出最后一发螺旋丸，还和被无限月读封印的众人产生精神共鸣，在众人的帮助下，鸣人一点点的将螺旋丸做大，施展出自己人生中最强的一击，将佐助加具土命千鸟给抵消，成功用自己的一只手将佐助的手臂毁掉，成为拯救忍界的英雄。