第三世代，简称Gen Ⅲ、G3或Generation Ⅲ，是指以《精灵宝可梦 红宝石／蓝宝石》开始，至《钻石／珍珠》发售前的所有精灵宝可梦游戏系列，包含了386种宝可梦，主要运行在GBA平台上。

这个世代主要包括了《红宝石／蓝宝石／绿宝石》以及《火红／叶绿》。冒险地点分别在丰缘地区和关都地区（包括七之岛）。任天堂新型掌机GBA终于在万众期待中推出了，可是迟迟都没有正统口袋的消息。最后终于在2002年11月12日发售。本次口袋画面变化很大，接助着GBA强大的机能，使口袋又提高到了一个新的境界。宠物也从251个再次提升到386个，这次口袋取消了黑夜白天的设计，加入了时钟的概念。

新的芳缘地区，新的敌人熔岩团和水舰团，新的人物，新的故事，新的神兽，新的双主角。新增加了2V2的战斗，增加了选美比赛和秘密基地。这一系列新的要素造就了红蓝宝石在GBA上的成功。为了弥补GBA不能和前代掌机联机交换宠物的弊端，2004年发售了开山之作红绿的复刻版——火红叶绿。这次的复刻版除了画面的飞跃之外，还增加了新的南方七岛地图和无线联机，同时增加了部分金银时代的宠物的捕捉地点（当然有些还是需要官方活动）。火叶通关后可与宝石系列联机交换宠物。

游戏的主角是一个刚刚搬家到未白镇的孩子。在游戏之初，主角可以自小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡和水跃鱼中的一只作为自己的初学者神奇宝贝。主角的朋友兼劲敌也是一位神奇宝贝训练家，不时会挑战主角。游戏的两个主要目标是战胜道馆训练家最终成为联盟冠军和通过收服进化交换神奇宝贝来完成神奇宝贝图鉴。

在旅途中他们遭遇了火岩队和水舰队，前者想要借助固拉多扩张陆地，后者企图操纵盖欧卡扩张海洋。在两者召唤出各自的超古代神奇宝贝后，固拉多和盖欧卡并未服从命令，开始大战，将世界置于水火之中。主角唤醒了传说中的神奇宝贝烈空坐，后者平息了固拉多和盖欧卡的愤怒。主角在进入殿堂后可以邂逅全丰缘地方四处游走的拉帝亚斯和拉帝欧斯，并访问大挑战地区。

而后发售的绿宝石则是宝石版的加强版，新增加和改动了部分剧情，无线联机，部分道馆馆主发生变化，增加了一段关于固拉多盖欧卡的海陆大战的剧情，同时增加了天空龙裂空坐的剧情，当然最吸引人的则是通关后的对战天堂——战斗边疆。

第三世代新增了135只精灵，精灵总数达到386只。 新增了103个新技能，技能总数达到354个。 精灵的特攻与特防彻底完全分离，特殊能力不再使用。 新增了特性系统，特性总数为77个，每只精灵获得一至二个特性。 增加了冰雹天气。 双打对战出现。 树果系统大幅改进。

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