徽宗皇帝于政和年间，遍搜普天下道家之书，雕版印行，一共有五千四百八十一卷，称为‘万寿道藏’。皇帝委派刻书之人，叫做黄裳，黄裳是个十分聪明之人，他生怕这部大道藏刻错了字，皇帝发觉之后不免要杀他的头，因此上一卷一卷的细心校读。不料想这么读得几年，他居然便精通道学，更因此而悟得了武功中的高深道理。他无师自通，修习内功外功，竟成为一位武功大高手。

那黄裳练成了一身武功，还是做他的官儿。有一年他治下忽然出现了一个希奇古怪的教门，叫作甚么‘明教’，据说是西域的波斯胡人传来的。这些明教的教徒一不拜太上老君，二不拜至圣先师，三不拜如来佛祖，却拜外国的老魔，可是又不吃肉，只是吃菜。徽宗皇帝只信道教，他知道之后，便下了一道圣旨，要黄裳派兵去剿灭这些邪魔外道。不料明教的教徒之中，着实有不少武功高手，众教徒打起仗来又人人不怕死，不似官兵那么没用，打了几仗，，黄裳带领的官兵大败。他心下不忿，亲自去向明教的高手挑战，一口气杀了几个甚么法王、甚么使者。哪知道他所杀的人中，有几个是武林中名门大派的弟子，于是他们的师伯、师叔、师兄、师弟、师姊、师妹、师姑、师姨、师干爹、师干妈，一古脑儿的出来，又约了别派的许多好手，来向他为难，骂他行事不按武林中的规矩。黄裳说道：‘我是做官儿的，又不是武林中人，你们武林规矩甚么的，我怎么知道？’对方那些姨妈干爹七张八嘴的吵了起来，说道：‘你若非武林中人，怎么会武？难道你师父只教你武功，不教练武的规矩么？’黄裳说道：‘我没师父。’那些人死也不信，吵到后来，只能动手打起来了，一动上手，黄裳的武功古里古怪，对方谁都没见过，当场又给他打死了几人，但他寡不敌众，也受了伤，拚命逃走了。那些人气不过，将他家里的父母妻儿杀了个干干净净。

那黄裳逃到了一处穷荒绝地，躲了起来。那数十名敌手的武功招数，他一招一式都记在心里，于是苦苦思索如何才能破解，他要想通破解的方法，然后去杀了他们报仇。也不知过了多少时候，终于对每一个敌人所使过的招数，他都想通了破解的法子。他十分高兴，料想这些敌人就算再一拥而上，他独个儿也对付得了。他独自躲在深山之中钻研武功，日思夜想的就只是武功，别的甚么也不想，不知不觉竟已过了四十多年。出得山来，去报仇雪恨，不料那些敌人一个个都不见了。找到一个当年的小姑娘，现在已经是老太婆了。那黄裳心想：‘原来我也老了，可也没几年好活啦。’于是将花了这几十年心血，想出的包含普天下各家各派功夫的武学写成《九阴真经》上下两部，所以九阴真经并不是一种武功，而是包含普天下各家各派功夫的招式，破解之法以及修炼内功的武功总集。

九阴真经分为上下两部，上部是道家修炼内功的方法，下部是天下招式大全，包括九阴白骨爪，摧心掌，迷魂大法什么的，还有一部分医疗篇。不过只有修炼了上半部分的内功心法，下半部的招式才能发挥最大的威力。但是修炼内功比较慢，所以九阴真经重出江湖以后，为了争夺这部经文而丧命的英雄好汉，前前后后已有一百多人。凡是到了手的，都想依着经中所载修习武功，但练不到一年半载，还没有到达天下无敌的地步，就给人发觉，追踪而来劫夺。（毕竟黄裳练了四十年）抢来抢去，也不知死了多少人。得了书的千方百计躲避，但追夺的人有这么许许多多，总是放不过他。那阴谋诡计，硬抢软骗的花招，也不知为这部经书使了多少。

为了减少武林的争斗，天下五绝在华山论剑，王重阳技高一筹赢得九阴真经的保管权，王重阳靠《九阴真经》上的部分武功，破解了林朝英的《玉女心经》，并把这一部分刻在了古墓密室里。但是不久王重阳就离世了，真经由周伯通保管，但是黄药师和老婆串通，骗得了周伯通手里的《九阴真经》下部，上部始终是周伯通收藏，后来梅超风和陈旋风偷走了黄药师手里的九阴真经下部，并刻在了陈旋风的身上，黄药师又让自己的老婆默写了一本《九阴真经》下部。但是黄药师的老婆因为过度伤神一病不起，黄药师发誓杀掉一切看过《九阴真经》的人，后来陈旋风被小郭靖用匕首刺杀，梅超风把陈旋风带经书的人皮隔了下来，一直带在身上，后来被二师父妙手书生朱聪偷去藏到郭靖身上，郭靖去桃花岛找黄蓉，遇到了周伯通，周伯通无意中发现了郭靖身上的人皮经文，想知道九阴真经有多厉害，于是教郭靖了很多《九阴真经》下部的招式，后来又让郭靖背下来了两部《九阴真经》，郭靖靠提前背了《九阴真经》赢了欧阳克变成黄药师的女婿，黄药师知道郭靖早就会背《九阴真经》感觉自己被骗，毁了自己手中的《九阴真经》，周伯通也毁了自己手中的下部，（其实早背下来了，研究十五年上部，又传授郭靖下部）这时候只有郭靖脑子里有《九阴真经》欧阳锋为了得到经文把郭靖和洪七公困在船上，郭靖默写了一部颠倒的《九阴真经》给欧阳锋，欧阳锋练了以后走火入魔，不知道自己是谁了。郭靖从此每日练习九阴真经的内功，并运用到降龙十八掌上，使至阳至刚的降龙十八掌能够刚柔并济，真正发挥了降龙十八掌的威力。

杨过和小龙女一直无忧无虑的在古墓生活，后来李莫愁来抢《玉女心经》，小龙女被打重伤，在棺材里发现了王重阳留下的密道和密室里的一部分九阴真经，甩开李莫愁后杨过和小龙女在一个荒山修炼了王重阳留下的一部分《九阴真经》，虽然大部分是下部内容，没有修炼内功的部分，但是杨过在全真教背过道家的内功修炼口诀，修炼《九阴真经》后，武功也大增了。后来的屠狮大会上，杨过的后人用过《九阴真经》里的武功，招数正大光明，醇正之极，应该是修炼了内力的。

郭靖在襄阳城破之前把杨过的玄铁重剑铸成屠龙刀倚天剑，把《九阴真经》和《武穆遗书》藏到刀剑之中。屠龙刀交给郭破虏，郭破虏城破身亡，屠龙刀一直下落不明，倚天剑一直是郭襄的峨眉派保管，屠龙刀几经易手后来被明教天鹰教所得，后来又被谢逊抢去，谢逊流落冰火岛很多年，屠龙刀在江湖上销声秘迹，直到张无忌接谢逊重返中原，屠龙刀又重现江湖，可惜屠龙刀和倚天剑被周芷若偷去，周芷若练了《九阴真经》后武功大进，但是急于求成，所习均为真经中落于下乘的阴毒武功，在屠狮大会之后，张无忌发现了宋青书身下断了的倚天剑和屠龙刀，众人都知道了周芷若的武功大进是练了刀剑里的武功，晚上玄冥二老来夺《九阴真经》，周芷若中了玄冥神掌，正好遇到张无忌和赵敏，张无忌去战玄冥二老，张敏去救周芷若，却被周芷若吸住手掌，周芷若把自己的寒毒往赵敏身上传，（无耻）张无忌只能一边给赵敏传九阳真气化解寒毒一边站玄冥二老，周芷若的九阴真气也被张无忌化掉了，而这时赵敏却偷了周芷若身上的《九阴真经》和《武穆遗书》。从此《九阴真经》没有在江湖上出现了。

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