其实准确来说，在西游中元始天尊可不是只出现过一次，而是三次。

第一次是在猴子闹完天宫了，被镇压以后，玉帝打开宴席，宴请满天诸神，这里边就有三清四御。

第二次是在过五庄观的时候，五庄观的童子跟唐僧说，我家师傅，去了天外天，参加原始天尊的讲道去了。这是元始天尊的第一次出现。

第三次是，在车迟国的时候，出现了三尊三清的雕像，中间的就是元始天尊。

其实光从这三点也不难看出，三清真的很神秘，而三清之首的元始天尊，就更加的神秘了，因为这位大佬从始至终只见名字，不见真身，甚至连脸都没露一次。但是虽然这位大佬没露脸，确一点不影响这位大佬在西游中的地位，可以说这位大佬是凌驾于，如来之上的存在。

其实要看元始天尊和如来的关系，这事还是要往前说的，最少得追溯到封神大战的时候，在封神中大家都知道，三清争锋，最后最大的赢家就是元始天尊了，七位肉身成圣的大佬，都是原始的门下，可以说上了封神榜的都是通天教主的弟子，而能以后继续提升的都是元始天尊的弟子，也就是说，元始天尊在封神中，几乎一举奠定了天界第一大佬的地位，哪怕是太上老君和通天教主和西方的二位圣人都是不及的。

而在封神大战的时候，如来还没有诞生，这时的西方教还是起步的时间，而如来这时可能还是个弟子，而在封神之后，阐教迅速壮大，元始天尊势力直追天庭，而这时西方教崛起，很快就形成了西天佛教，而这时如来佛祖也是很快成为了仅次于元始天尊的实权人物，随着佛教的崛起，佛教不甘心长久的生存在西方这种灵气稀薄的地方，所以佛教一直在找时机东进，而取经就是佛教的一个大阴谋，利用取经小分队，将佛教发展到东方，但是这时的东方几乎是天庭的天下，天庭肯定不愿意让佛教来抢香火，于是天庭和佛教开始掰手腕，而这时的元始天尊实力几乎已经通天了，根本就不在乎人家这点小小的香火了，所以佛教东进，原始和通天教主根本就不愿意去搭理，全凭门下弟子自己去解决。

而这次阴谋的两位主导者就是玉帝和如来，如来是新崛起的大佬，但是从实力上来说，比远古的三清差太多了，如来还要靠着人间香火提升实力，而三清早就跳出三界外了，也就是说，为什么猴子闹天宫，如来来护驾，因为三清完全就没拿猴子房子眼里，甚至说，他们可能都没把玉帝放在眼里，他们追求的是更高的境界。

所以这时的如来就算给他一百个胆子，他也是不敢直接去面对原始的，因为原始不止实力强大，下起黑手来更是狠，从封神就能看出来，亲师兄弟，一样给你玩残了，而这时的佛教如果不是挖了道教的墙脚，怕是连天庭都比不上呢。

三清，西方二圣，女娲娘娘，这是先天的六位圣人，这六位的实力，是远远凌驾于任何人之上的。所以就算是如来佛祖，也是不敢死磕这几位的存在的。