这其实源于两国的领土主权争端，共计2000平方公里。爱沙尼亚要求俄罗斯按照《塔尔图条约》的所规定的领土主权范围，将纳瓦河以东伊万哥罗德和佩兹里两块区域归还给爱沙尼亚。这个条约是1920年苏联与刚刚从沙俄独立出来的芬兰、爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛签署的，当时是按照各自实际控制区域划定的。二战时期苏联将德军赶跑后再次将爱沙尼亚吞并，并将伊万哥罗德和佩兹里强行划给了俄罗斯。爱沙尼亚态度很明确其否认苏联对自己的统治，并认为这段时间是苏联对爱沙尼亚的占领，苏联强制划分领土的行为时非法的。爱沙尼亚强调其只是复国而非是建国，遂要求归还，不过这都是后话。

(《塔尔图条约》签署)

爱沙尼亚在上世纪90年代时对于与俄罗斯的领土主权争端反映并没有现在这么激烈。

  • 一个原因在于当时独立之初还有大批俄军驻扎在该国，在这种情况下，首先要解决的很显然不是领土划界问题，而是主权恢复的问题。经过协商最终苏军直到1994年才完全撤离。

  • 另外一个原因在于其需要解决危及安全的迫切问题和发展问题，前者主要是以加入北约为目标(1994年俄军撤离后就立即加入)，而后者则是为了加入欧盟，与俄罗斯之间矛盾被激化，只会拖慢自己回归西方社会的步伐。

所以在1996年双方开始进行边界的技术性勘探和划定，并提出了一个与当年斯大林所划定边境差别不大的方案，在1999年草签了一个没有约束协议。不过在2003年爱沙尼亚加入欧盟之后，其态度有了明显变化。

(双方边境以及争议区域)

双方在2005年时就此前勘定的边境方案签订了条约，不过爱沙尼亚在国会批准条约时，将1920年《塔尔图条约》相关信息加入到条约的序言当中，称根1920年《塔尔图条约》三条，本协议会使得该国领土发声变更。这其实也保留了日后爱沙尼亚从俄罗斯索要领土的可能性。俄罗斯表示反对，总统普京责成外交部通知爱沙尼亚，表示俄罗斯将不会参加双方条约的签署。之后双方关系便一直恶化，达成边境条约的事便一拖再拖，直到2012双方恢复谈判，到2014年俄罗斯占领克里米亚前夕，双方签约。

(爱沙尼亚外长巴耶特也拉夫罗夫2005年缔约)

然而由于克里米亚事件所带来的影响太坏，爱沙尼亚与俄罗斯关系再度恶化，双方议会也没有批准条约，一直维持到现在状况。举个例子，在于爱沙尼亚临近伊万哥罗德(俄罗斯)的纳尔瓦（Narva）地区是俄族人口聚居区，在乌克兰克里米亚和顿巴斯正在闹独立的时候，当地人俄族人口也受到鼓动。这不得不让爱沙尼亚开始从新审视双方边境谈判，并认为俄罗斯并不可信任。爱沙尼亚也一直坚持俄罗斯应该按照《塔尔图条约》所规定的边界将2000平方公里的土地归还。然而俄罗斯认为这个条约已经是一个没有约束力的历史文件。

(爱沙尼亚举行北约军事演习)

这个的《塔尔图条约》的第三条意思就如同1997年的《俄乌友好条约》第二条一样，都规定“领土主权完整，不侵犯他国边境”。然而俄罗斯这样的大国一翻脸，什么都是浮云。正如那个克里米亚前美女检察官波隆斯卡娅说的那样，“出现领土争端，小国要吃亏。”与俄罗斯为邻就是这样，你也只能抱怨，“离上帝太远，离俄罗斯太近”。

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