1943年7月4日，苏·鲍斯得到日本的支持后正式从拉·鲍斯手中接掌印度国民军的领导权。苏·鲍斯的鼓动深得民心，很快在东亚印度人中涌起了蓬勃的爱国热潮，大量的青年开始涌入印度国民军的军营，自愿加入为印度自由而战的行列中。印度国民军被公开宣称为“自由印度军队”，苏·鲍斯用爱国主义和牺牲精神激励着印度国民军中的每一位士兵。

重组与扩建印度国民军是苏·鲍斯的重要任务。他把国民军的改编、训练作为头等重要的工作来抓。鉴于第一次国民军组建中的教训，他要求国民军的士兵是出于自愿而加入部队，有为实现印度的独立而奉献的精神并接受鲍斯的领导。经过鲍斯的呼吁及他个人魅力的影响，许多新加坡和马来亚当地的印度侨民，不分等级，信仰和宗教，也不管是律师，商人还是种植园工人，也不管有无军事经验都纷纷加入国民军，或者向国民军捐款，这样在短时间内国民军的实力得到了加强，军队最多人时有六七万。

重组后的印度国民军以苏·鲍斯为最高统帅，总部的组织分为五个部门：“G”部门负责战略规划、行动、训练和情报收集，由陆军中将沙·纳瓦兹·汗领导；“A”部门负责行政工作和处理日常事务，由陆军中将巴加特领导；“Q”部门负责物资供给、保障设备，由陆军中将蒂姆领导；医疗部门负责提供医疗服务，由陆军中将洛根领导；教育文化部负责教育和宣传工作，由陆军中将贾汉吉尔领导。

整个军队除直属部队外，下属有一个师，由少将穆罕穆德·拉曼·齐亚妮指挥。这支部队中有很大部分是由战俘组成，同时也有原来第一阶段的国民军成员。另外，也吸收了相当数量的东南亚地区的侨民参加。师下设三个团：甘地军团，由陆军上校伊纳亚特·齐亚妮指挥，由两个步兵营组成。阿扎德军团，由陆军上校吉尔加拉·辛格指挥，由三个步兵营组成。尼赫鲁军团，由沙·纳瓦兹·汗领导。印度国民军的军团以甘地、尼赫鲁、阿扎德的名字命名，以表示对这些伟大的民族运动领导者的尊敬。

此外，苏·鲍斯为发挥印侨中妇女的作用，专门组建了一个女子兵团，以章西女王名字命名，称为章西女王团，由拉克什米·萨加尔指挥，成员主要是马来亚和缅甸的女志愿者。这些女子都被给予了统一的服装和军事训练，她们表示能为印度自由而战感到自豪。

重组的印度国民军设立了训练营地，进行严格的军事训练。日本军官对印度国民军进行游击作战训练，包括步枪射击术、劈刺训练和伪装术。苏·鲍斯经常视察部队，鼓舞士气。军队装备由日本供应，日本供给了枪炮，但不供给较先进的武器。