1855年阿穆尔河沿岸军区指挥官首次提出建立阿穆尔河区舰队的想法，但被以经济原因拒绝。之后由于当地胡匪猖獗，经常劫掠俄国商船和边境地区村镇，为此1897年阿穆尔河沿岸军区决定成立阿穆尔河-乌苏里江哥萨克舰队，舰队编有3艘轮船、1艘汽艇和2艘驳船。一开始所有船只均未加装武器，以乌苏里江伊曼（今达利涅列秦斯克）港为基地。舰队主要任务是打击胡匪，保障阿穆尔河、乌苏里江及其支流的航行安全；防备胡匪骚扰阿穆尔河左岸和乌苏里江右岸民众；监视江对岸-中国东北的局势；沟通乌苏里江、松花江和兴凯湖沿岸各哥萨克据点之间联系；如果发生战事，协助哥萨克军作战和进行战备物资的集结与调动。
甲午战争后的1896年俄国以“干涉还辽”之功与清政府签订《中俄密约》，获得在中国东北修筑铁路的权利，1898年，中东铁路开工建设，随后又强租旅顺、大连。考虑到未来局势，1900年阿穆尔河沿岸军区决定将阿穆尔-乌苏里江哥萨克舰队和水运管理局船只进行武装，以壮大在阿穆尔河和乌苏里江武装力量，满足未来对华作战需要。当时，在6艘轮船上加装了轻型火炮，所有武装船只统一由军区管辖。

1897年阿穆尔-乌苏里江哥萨克舰队的Селенга（色楞格河）号轮船

在义和团运动爆发后，俄国以此为借口在1900年7月出兵我国东北。阿穆尔-乌苏里江哥萨克舰队和水运管理局船只参与了此次军事活动。船只沿黑龙江、松花江和乌苏里江游弋，承担侦察、作战和运输任务，充分发挥了其军事作用。战争结束后，意识到阿穆尔河军事价值的远东总督要求增建一些不同型号的炮舰，陆军部根据要求，向索尔莫沃造船厂订购了4艘吉利亚克型海船和10艘小型舰艇。
1903年，海军部计划成立专门的常备舰队来承担阿穆尔河流域的卫戍任务，不过由于次年日俄战争的爆发组建事宜被搁置。
在日俄战争期间，俄军以尼古拉耶夫斯克为基地在阿穆尔河部署了许多舰船，有隶属于陆军部的2艘武装轮船，隶属于边防军的4艘武装轮船和2艘边防艇，西伯利亚区舰队自身拥有7艘牵引浮动炮台（装备152毫米主炮）、17艘旧式鱼雷艇和1艘鱼水雷艇。这些舰船没有直接参与和日军的作战，主要用于承担军事运输和阿穆尔河口与杰卡斯特里的防卫任务。
1905年1月2日，随着旅顺的陷落，尼古拉耶夫斯克成为了护卫远东内河网的唯一门户。如果日军占领鞑靼海峡北岸的唯一优良港口杰卡斯特里，就可以以此为据点占领索菲斯克，切断尼古拉耶夫斯克和哈巴罗夫斯克之间的联系。倘若尼古拉耶夫斯克被日军占领，日军炮舰则可溯江而上直抵哈巴罗夫斯克和布拉戈维申斯克，整个阿穆尔河中上游都会落入其手。为此，俄军决心建立第二条防线，其核心就是组建一支机动的内河舰队。

布里亚特级炮舰

1905年4月2日，海军部下令将在阿穆尔河流域活动的所有军用舰艇整编为西伯利亚区舰队独立支队（Отдельный отряд судов Сибирской флотилии），由科诺诺夫（А.А.Кононов）任支队长。在日俄战争结束后，应远东总督要求，索尔莫沃船厂陆续完成了4艘吉利亚克型海船和10艘小型炮舰的建造工作，并被划入独立支队序列。不过由于吉利亚克型海船吃水较深，无法在黑龙江中上游航行，所以留在了波罗的海服役。
建造完工的10艘小型炮舰经拆分后通过铁路运到石勒喀河畔的斯列坚斯克进行组装，并在那里下水服役。根据日俄战争的教训，为这些炮舰安装了120毫米主炮并增加了装甲厚度。经过改装后，小型炮舰的火力和装甲得到加强，活动半径也得以伸展，能够完全适应阿穆尔河和乌苏里江的作战环境。
从1907年开始，波罗的海船厂又陆续为该支队建造了8艘塔式炮舰（又称内河炮舰），该级炮舰也是世界上最早采用柴油动力的江河炮舰。同时，还为该支队建造了10艘“匕首”级通讯艇，这也是世界上第一批装甲艇。由于吨位较小，该级艇可以到阿穆尔河上游及其支流进行巡航。

1910年区舰队浮船坞

1908年11月28日，海军部下令在西伯利亚区舰队独立支队基础上建立阿穆尔河区舰队，并将该流域的所有军用船只编入该区舰队序列。阿穆尔河区舰队隶属阿穆尔河沿岸军区，以哈巴罗夫斯克近的奥西波夫斯基河湾为母港。当时，奥西波夫斯基基地内建有防波堤、修理厂、锅炉厂和木工车间以及生活和服务设施，并有一条通往哈巴罗夫斯克市区的公路，设施完善，交通便利。到了1910年夏天，整个区舰队拥有舰船38艘。之后区舰队进行了军事演练，完成了沿阿穆尔河从布拉戈维申斯克到河口以及沿乌苏里江的巡航，进行了炮火测试和布雷作业，初步形成作战能力。
链接-区舰队1910年实力
8艘“风雪”级（Шквал）内河炮舰（后来的浅水重炮舰）
3艘“布里亚特人”级（Бурят）炮舰
7艘“沃古尔人”级（Вогул）炮舰
10艘“匕首”级（Штык）装甲通信艇（即日后的装甲艇）
3艘武装轮船
在1910-1911年中俄《满洲里界约》谈判期间，该区舰队舰艇多次越界侵扰中国沿岸，为俄方造势，是俄方对中方施压的重要筹码。1912年，区舰队与阿穆尔河沿岸军区进行首次联合演习，各舰艇为陆军提供炮火支援，并进行中远距离部队投送。1913年，区舰队制定出台了《舰艇炮火射击条例》，对舰艇的作战范围、巡航任务、作战条件等做了详细规定，区舰队运行效率大为提高，管理机制得以完善。
在1914年第一次世界大战爆发后，考虑到远东国际局势较为缓和，沙皇政府决定抽调区舰队部分舰艇和装备支援欧洲、为此，许多舰艇的发动机、120与152毫米主炮被拆下运往波罗的海舰队和黑海舰队，舰艇舰体则被封存在哈巴罗夫斯克。到了1914年8月，区舰队有作战能力的只有2艘塔式炮舰、2艘内河炮舰、2艘通讯船以及一些辅助船只。

1917年的区舰队水兵

链接-区舰队司令
海军上校科诺诺夫（Анатолий-Алексеевич-Кононов） 1905年-1910年12月
1856年1月26日出生，1873年海军学校毕业，1895年晋升海军中校，参加了内战，1917年晋升海军少将，参加了内战，1920年后先后流亡波兰、立陶宛、南斯拉夫和法国，1944年7月8日去世。

科诺诺夫
海军少将别尔格尔（Константин-Владиславович-Бергель） 1910年12月-1913年7月，1913年晋升海军中将
海军中将巴热诺夫（Александр-Александрович-Баженов）1913年7月-1917年