镰仓幕府成立后大约100年内，日本的文职和武职机构互相支持，使国家有一段时间在政治上相当稳定。但是，14世纪就出现了政治崩溃和社会不安的迹象。京都的朝廷进一步分裂成为派系，而他们之间的争吵随着领地收入的减少而愈演愈烈。

1259年废除了皇位继承的长子继承制，皇家的族系分为对立的两支：年长的持明院支和年幼的大觉寺支。1290年北条氏设法在二者之间施行一种极不可靠的轮流继承制，以为妥协。同时，头藤源家也于1252年分成五摄家，皇家摄政也由这五支轮流。镰仓内部的四分五裂，也毫不逊色。

将军的多年下属，权力已经扩张到能和北条氏抗衡。他们公开地表示怨恨，反对北条氏独揽幕府的事务，或者把国内的军事领导权大半在自己内部瓜分。例如，足利家族是三河和上总的守护，这两处在镰仓的左右，具有战略价值。他们在国内发展了一批有力的拥护者，就越来越不情愿听从北条氏执权的命令。

像足利这样的家族证明在镰仓之外，一种新的军事领导正在兴起。原来对将军忠心耿耿的御家人，也开始随地区而分散，而许多家族（一般有守护的身分）则作为中级力量而出现于镰仓和各国之间。作为土地管理员的较小的武官家族的独立力量，日见衰退，这也促进了御家人制度的没落。

原因主要是经济的。随着第一个地头的任命，随着原来的大家族都分裂为许多分支，本来丰厚的财物都被分割为微薄的遗产。此外，抵抗蒙古人也增加了压力。因此，到13世纪末，许多将军的下属都感到无法再为镰仓继续服务。他们依赖地方上的守护或地头以换取经济上的支援和保护。他们的封建主义忠诚开始转移。