冠状病毒肺炎的起因是肺部感染了冠状病毒。冠状病毒是自然界广泛存在的一大类病毒，除可感染人类外，还可感染蝙蝠、猪、犬、猫、貂、骆驼等多种动物，动物冠状病毒包括哺乳动物冠状病毒和禽冠状病毒，哺乳动物冠状病毒主要为α、β属，此次武汉发现的新型冠状病毒是一种以前尚未在人类中发现的β属新型冠状病毒。

目前有研究显示与蝙蝠SARS样冠状病毒同源性达高达85%以上，因而推测，此次新型冠状病毒的自然宿主要来源于蝙蝠。由于蝙蝠具有特殊的免疫系统，携带病毒却极少出现症状，在漫长的进化历程中，就成了上百种病毒的自然宿主。如果新冠状病毒的自然宿主是蝙蝠，那么中间宿主会是什么？最初，人们把矛头指向了武汉华南市场的野生动物，如蛇、海鲜，也有专家指出可能是大规模饲养、半野生状态的哺乳动物，但随着研究的深入，又有一些学者指出，新冠病毒并非源于华南海鲜市场，可能存在多个疫源点。

但这些都是科学家的猜测推断，对该病毒及疾病的深入了解，尚需进一步研究论证。