17世纪俄国和清朝就这一地区的主权问题发生争端，经过数场战斗以后，于1689年签订尼布楚条约，该地区归属清朝。19世纪俄国再次入侵该地区，第二次鸦片战争期间，沙俄逼迫清政府签订中俄《瑷珲条约》（1858年5月28日），割占了黑龙江以北六十多万平方公里土地，今犹太自治州辖区即在其中。
斯大林考虑到俄罗斯远东地区与清朝历史上的关系，急需增加人口，且建立犹太自治州对于生活在原苏联的200多万犹太人来说具有客观必要性。1921年在苏联最高苏维埃民族问题主席团委员会的领导下，创立了由斯米多维奇领导的犹太劳动者土地制度委员会，其任务是为犹太人的迁移寻找地点。
而犹太自治州的气候属温带季风气候，其气候条件属远东地区最好的气候。冬季少雪寒冷，一月份平均气温在零下21℃～零下26℃之间；夏季温暖潮湿，六月份平均气温在18℃～21℃之间。平原地区年降雨量450～500毫米，夏季约有百分之七十五的时间在降雨，对农作物的生长极为有利。地理环境非常优越，适合耕垦。
犹太自治州位于俄罗斯远东地区的阿穆尔河沿岸地区，东西跨度最宽330千米，南北最长220千米。属于远东联邦管区，与哈巴罗夫斯克边疆区、阿穆尔州和中国黑龙江省接壤。区域面积36300平方千米，人口18.9万人。
1928年3月28日，俄罗斯苏维埃联邦社会主义共和国中央执行委员会主席团通过了《关于远东边疆区阿穆尔沿岸地带的空闲土地划归犹太族劳动者土地规划委员会以供犹太族劳动者集中居住》的决议，并确定在条件充分的情况下，将于阿穆尔沿岸地带设立犹太民族行政区。1934年5月7日设立犹太自治州。
5世纪挹娄改称勿吉，又改称靺鞨。7世纪靺鞨诸部形成渤海国，但黑龙江流域的黑水靺鞨部单独建国。11世纪契丹人统治这一地区。12世纪靺鞨人的后代女真人在首领完颜阿骨打的带领下建国。13世纪蒙古占领这一地区。14世纪蒙古势力被驱逐，女真诸部落臣服于明朝。
苏联解体以后，犹太自治州脱离哈巴罗夫斯克边疆区，成为独立的俄罗斯联邦主体，但是它未能像俄罗斯境内其他4个自治州（卡拉恰耶夫-切尔克斯自治州、阿迪格自治州、戈尔诺-阿尔泰自治州、哈卡斯自治州）那样升格为共和国，而是依旧保持着原来的称谓。1992年3月31日签署了《联邦条约》的联邦合约。
州内共有5000多条河流，众多的是中小河。长度超过100公里的大河流是黑龙江（其中有584公里的河段在州境内）、比拉河、比詹河、苏塔拉河、伊库拉河、温贡河。州河网总长8200公里。阿穆尔河（黑龙江）是欧亚大河之一，水利资源丰富。在犹太自治州的西部边境，阿穆尔河河床宽1.5公里，东部河床宽2.5公里。阿穆尔河有5个月的结冰期，由11月末至四月末，冰冻可达两米，于冰面上可进行汽运及客运。阿穆尔河平均通航期为180天。州内还有26条较大和1146条较小河流，它们都属于阿穆尔河的分支。
犹太自治州地形表面为山区地区和地势平坦。南部山区是山地系统辽阔的领土，拥有犹太自治州1/3。犹太自治州山地复杂。山谷陡峭斜坡山最高点1421米。南部和东南部地区延伸到平原。平原逐渐降低从100-150米的山麓脚下40米到50米的阿穆尔河漫滩。自治州平原分为两个区，凹曲面河流域平原和南部河流域平原。
犹太自治州矿产资源种类多样。境内已探明的储备量大的有煤炭、铁矿、锰矿、锡矿、金矿、石墨矿、滑石矿、水镁石矿等20多种。锡矿主要产地是小兴安岭和奥布卢奇耶市以北的卡拉堵布斯科耶产地。除锡外，矿石中还含有铜、铅、锌、砷、铋、锑、银、钼、金等金属。
犹太自治州森林覆盖率占1/3以上，可供开采的木材有16700万立方米，树种主要有松、云杉、冷杉和落叶松。森林覆盖面积占领土面积的39%（228.6万公顷），其中17万公顷为贵重的红松森林，22.3万公顷为云杉树种，14.5万公顷为落叶松。木材储备量为1.67亿立方米，年采伐量达44万立方米。
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