经中央领导商议，以海军为主，率先成立核潜艇总体设计组，由海军舰船修造部。薛宗华副部长兼任该小组组长，成员为一机部核心成员，核潜艇研制地点选在了渤海湾的葫芦岛，当时这里是不对外宣布的，主要是起到反侦察的作用。

选在葫芦岛主要是因为它在渤海湾的最深处，可以说是四面有国土的保护，不像黄海、南海沿岸地区孤悬于外，在葫芦岛的军事区域里。大家每天都得起来早跑训练，但是这一天岛上突然出现了一个神秘的小组。这个小组有穿海军军服，还有穿便装的。这让其他小组的人觉得很好奇，他们不知道这支新队伍是属于哪个单位的，而且在食堂吃饭的时候，这些人也不和其他队伍的人交流，就像一个独立的队伍，谁也不和谁联系。

核潜艇总体设计组对外宣称为造船技术研究室。一开始他们的工程代号为07，但很快就改为了09，这也让大家觉得非常的神奇。据事后解密公布的资料，大家才知道，更改代号是因为当时不小心泄密了。

1959年12月的一天，在海军直属机关组织的军事会议上，由于薛宗华副部长，根据核潜艇研制的实际情况，提出过调整进度的建议。一位同志则在大会上发言，薛宗华同志，你怎么可以擅自修改07的进度，07是什么，你又不是不知道他是中央直接抓的。经毛主席批准的绝密工程。然而这句话一出，就相当于在大庭广众下泄露了07工作的性质。由于核潜艇研制的机密性，所以事后赶紧给海军科学技术研究部写报告，建议更改07代号，1960年1月26日，海军科技技术研究部以科字第一五九号文批复，同意把07代号改为09