朱元璋在建立了明朝以后，为了强化封建专制主义，加强中央集权，对中央和地方的封建官僚机构进行了一系列的改革。

在中央，明初设立中书省，并设置丞相这一官职，统帅百官，总理政务。大都督府管理军事，督察院和大理寺掌管纠察、刑法。洪武十三年，朱元璋杀了丞相胡惟庸之后，立即废除了中书省，随之也就没有了丞相这一职位，从而设立吏、户、礼、兵、刑、工六部分别来管理全国政务。

在军事上，将大都督府一分为五，管理卫所，负责军队的日常训练与管理。若遇到战事，则由兵部征调，派遣将军统领出征。待战事完毕，统帅需将印信归还于朝廷，官军则各自分散回归自己的卫所。

在司法上，由督察院管理纠察和弹劾，刑部管理刑狱，大理寺主管审查。有较大的案子发生的时候，那么就会让三法司共同审理。

这样，朝廷的行政、军事和司法大权就被分割隶属于几个独立的机关分掌，从而相互牵制，防止专权。

但是，权力过于集中在皇帝一个人身上，必然也会让他穷于应付，因而需要人来协助他。在建文四年的时候，燕王朱棣夺得皇位后，就任命翰林侍读解缙和胡广、编修黄淮和杨士奇、修撰杨荣、检讨金幼孜、胡俨等七人入值文渊阁，参与机务，这也就是早期的内阁。内阁成员官品不高，只是皇帝的顾问。内阁也没有设置官署，不能管理其余部门，别的部门也不用向他们汇报。

明仁宗继位后，因为内阁的成员杨士奇、杨荣是东宫的旧臣，杨士奇便被升为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣被升为太常卿兼谨身店大学士。他们不久就又被升为尚书。从此内阁成员就被加以太师太保、尚书、侍郎、大学士等头衔，职权日益渐重。

明英宗九岁就做了皇帝，朝廷政事都得由内阁事先拟定诏令旨意。从此，内阁大学士虽无宰相之名，却已有宰相之实了。等到明孝宗继位，就更加尊重内阁大臣了。在朝会时，也将内阁成员的班位排在了六部尚书之前。

明世宗比较宠信严嵩，这就使得内阁大学士的权力已与宰相完全相同。皇帝口述旨意，司礼监的秉笔太监用朱笔记录，交给内阁，由内阁首席大臣依照记录拟成诏谕，然后交由皇上批准后颁布。所以首辅的权力就又超过了其他阁臣，这也就注定了内阁中争夺首辅权力的事情经常发生。

洪武九年，在地方上，废除了行中书省，把全国分成了十三个布政使司，也就相当于现在的省级行政区。在每个布政使司中设立承宣布政使司、提刑按察使司和都指挥使司，合称“三司”，分别管理地方政务。

布政司，设立左右布政使各一人，下属左右参政等若干人，执掌一省的行政事务，把朝廷的政令下达所属府县。按察司设立按察使一人，副使、检事若干人，、执掌一省的刑狱按察等事，凡是有关官吏好坏、军民利病以及各种改革的事，都可以查问纠举。但是职权也只限于布政司的官吏“笞杖”以下的处罚，“徙、流”以上的处理，都必须交给中央三法司审议。

都指挥使司，是一省的军事机构，设都指挥使等，管理本省的卫所。职权是训练和管理地方卫所部队，但没有调遣权。平时，保卫地方政权，维护社会治安。遇到战事，则听从中央的调动和指挥。

地方上的三司并立，起到了互相制约、防止地方专权的作用，达到了中央集权的目的，但是也造成了三司相互掣肘、推诿的现象发生，使得地方政权运转不灵。为了改变这种现状，就设置了巡抚和总督这两个职位。

洪武二十五年，朱元璋派遣太子朱标以巡抚之名视察陕西。永乐十九年，朱棣派遣大臣分巡天下，了解军民疾苦。宣德五年，朱瞻基派遣御史于谦等六人，分别以侍郎的官衔巡抚陕西、河南等地。这时的巡抚，依然只是临时派遣，完事后向皇帝复命就行了，既没有固定的地区和任期，也不让携带家属。

景泰四年时，因为巡抚和都察院派往各个地方的巡按御史不相统属，经常发生矛盾。于是，朝廷就给巡抚加上了都御史的职衔。嘉靖年间，又以巡抚兼提督军务，任期或三五年，长则一二十年。管辖的地区分为一省或数省不等。于是，巡抚也就演变成了某一个地区总览行政、监察和军务的最高长官。原来的三司也就渐渐成了巡抚的下属成员。

明英宗时期，正式设置总督一职，开始于兵部尚书王骥总督麓川军务。后来为了在两广等边境地区加强对防御和镇压的统一指挥，又设置总制。巡抚以下官员及总兵，都听其节制。总督由朝廷派重臣担任，总理一省或数省的军政事务，而且逐渐演变成了地方的专设官员，地位又位于巡抚之上。

明朝废宰相而又设内阁，废除行省丞相又设置巡抚、总督，并且这一制度又被清代所沿袭，这就说明当时的政权需要这样一种配置，都成为了明朝高度专制主义中央集权制度的一个环节。

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