美军陆军第8集团军的28万人全部登上莱特岛后，以稳扎稳进方式向守岛日军进攻。岛上日军部队虽有精锐的第1师团、第26师团和进行过南京大屠杀的第16师团，总兵力不过8.4万人，只有2个战车（坦克）中队配合。

美军上岸后，轻易击毁了30辆日军的97式中型、95式轻型和特2式“内火艇”水陆坦克。日本丧失了海空支援和战车，只好采取白天掘壕防守，晚间实施反击。美军在白天以飞机、舰炮和坦克掩护步兵攻击，天黑便转入防御，遇袭击时发射照明弹引导火力压制。

莱特岛上的日军起初顽强防御，战斗在一个多月内打成胶着状态，美军于12月初又在莱特岛日军后方再次登陆，使其前后受敌防线崩溃。日军最后发动的自杀式冲锋也遭粉碎，残部约8000人逃入山林。 12月25日，美军宣布结束了莱特岛战役，自身付出1.5万人伤亡的代价，共击毙日军7.5万人，俘虏1000余人。

对躲入山林的1万多日军，美军为减少自身作战伤亡不采取搜剿，那些日本残兵败将也不敢出击，靠抢劫居民或采集野果为生。这批日军大多病饿而亡，至1945年夏天得知国家战败，只剩不足2000人下山投降。

莱特战役惨败后，日本首相小矶国昭向国民宣布“决战正从莱特岛向吕宋转移”。多数日本人也能猜出真相，见面只是讽刺说：“听说没有败，只是天王山移动了。”这一风靡日本的笑话，说明老百姓已不再相信政府的虚假宣传。

驻守菲律宾最大的吕宋岛上的日军第14方面军主力达40万人，山下奉文和参谋长武藤章（系战后被处决的七名甲级战犯中唯一的中将）认为同拥有海空优势的美军在滩头决战，会被一举歼灭，于是决定将全军分成三个集团分散到山区“独立作战，永久抗战”。

1945年1月9日，美军在吕宋岛登陆，山下奉文下令撤出马尼拉进入山区，还分兵到处开垦农田。驻守马尼拉的2万余人的海军部队却仍在2月间坚守了一个月，同美军逐个街道争夺，直至全部被歼。

战斗结束时的统计，共有12.5万平民丧生，其中除少数为美军炮火误伤外，绝大多数死于日军之手，被称作“东方明珠”的菲律宾首都变成到处是死尸的废墟。这场“马尼拉大屠杀”，后来与南京大屠杀并列为日军战时的最大暴行。

1945年7月间，美军宣称已经控制了菲律宾所有城镇和交通线，只剩山区少数残余日军还未肃清。8月初，困在吕宋岛北部山林中的日军第14方面军司令部估算，存粮只能吃到9月初，届时最高长官自杀，其他人突围寻食。不久日本投降的消息传来，山下奉文率几千名残兵下山，并传令在菲律宾各地残剩的13万日军和随军人员投降。

菲律宾群岛日军部署很分散，有少数失去联系的日本官兵未得到或不相信投降命令，仍在山区靠劫掠生存。直至1974年，还有一个名叫小野田宽郎的少尉得到老上司命令才下山投降，他在山区足足顽抗了29年。

据战后统计，日军在菲律宾群岛及附近海域死亡军人共49万，加上“军属”总共死亡51万人。美军登陆菲律宾伤亡为7.2万人，其中战死不过1.4万人。