我国沿海养殖量最大的蟹类之一，三疣梭子蟹高质量基因组发布！|中华|对虾|梭子蟹|河蟹|螃蟹

三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）是我国沿海养殖量最大的蟹类之一，东部人民一提到“海螃蟹”，第一印象出现的蟹壳两头尖、最后一对足明显扁平化的就是它了。由于这对特化的游泳足，也赋予了三疣梭子蟹“swimming crab”的英文名，当然也就留给了吃货们一大块雪白、鲜甜的肌肉。如此重要的经济物种，需要一个高质量的基因组来指导育种、养殖、以及生态友好的可持续发展研究。

图1. 三疣梭子蟹（图片来源：原文Fig.1）

近日，由盐城师范学院江苏省盐土生物资源研究重点实验室唐伯平教授课题组领衔的中外合作团队，第一次获得了三疣梭子蟹的高质量基因组图谱，发表于本期刊Data Note栏目。

图2. 文章截图

三疣梭子蟹基因组大小为1.00 Gbp，contig N50为4.12 Mbp，BUSCO评估结果为94.7%。所有contig被mapping到50条染色体上，装配率为97.80%，Hi-C的N50为21.79 Mbp。这个高质量、相对完整的染色体水平基因组，是蟹类研究中第一次通过基因组学的数据和方法精确地对其染色体数目进行鉴定。

图3. 三疣梭子蟹基因组图谱（图片来源：原文Fig.2）

按下“海螃蟹”暂且不表，说一说更广为人知的“河螃蟹”。中华绒螯蟹（Eriocheir japonica sinensis，俗称河蟹）除了其鲜美的风味、丰盈的膏腴之外，也是中秋时节的文化符号之一。对中华绒螯蟹基因组的研究，比三疣梭子蟹更早。

图4. 中华绒螯蟹（图片来源：Frontiers in Genetics文章Fig.1）

2016年本刊首次发布了中华绒螯蟹基因组草图。

图5. 2016年发表的中华绒螯蟹基因组文章截图

近日，唐伯平教授团队又在Frontiers in Genetics期刊发表了更高质量的中华绒螯蟹基因组，基因组大小1.27 Gbp，Contig N50为3.19 Mbp，BUSCO评估结果为94.00%，重复序列在基因组中占61.42%。几乎同时更新这两大经济蟹类的高质量基因组，唐伯平教授团队成绩斐然。

图6. 最新发表的中华绒螯蟹基因组文章截图

在三疣梭子蟹的文章中，该团队对中华绒螯蟹、三疣梭子蟹、南美白对虾（Penaeus vannamei）、埃及伊蚊（Aedes aegypti）、黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）、偏瞳蔽眼蝶（Bicyclus anynana）、含羞草穹蛛（Stegodyphus mimosarum）7种节肢动物基因家族展开进一步研究发现，虾蟹相对进化速率最小，其中南美白对虾进化速度最慢，其次是中华绒螯蟹和三疣梭子蟹。

图7. 7种节肢动物的系统发育、分化时间和进化速率分析（图片来源：原文Fig.5）

另一个有趣的发现是，虾蟹与昆虫的分化以及螃蟹和对虾的分化几乎是同时发生在4.3亿年左右之前的志留纪。同属于短尾类的中华绒螯蟹和三疣梭子蟹的分化时间则相对较晚，大约是在1.8亿年前的侏罗纪。