抗战时期，国民政府在沦陷区开辟了敌后战场.在上海的军统利用上海租界的“治外法权”这一特殊性，以租界为据点，与日伪势力展开了近距离的厮杀。

上海沦陷较早,一些亲日汉奸活动十分猖狂。戴笠严令军统上海区,对恶迹昭彰的大汉奸及镇压抗日力量的日伪特工坚决予以制裁。军统上海区成功地实施了对亲日附逆的上海帮会大头目张啸林、伪上海市长傅筱庵、汪伪反共救国军第二路司令何行健等人的刺杀行动，以大量卓有成效的行动，使军统声名远震，家喻户晓。

上海救难民儿童教养院总干事李如璋是一个亲日分子，9月24日下午，在公共租界福州路云南路角天蟾舞台入口，被军统上海区第二行动队的5名枪手刺杀；另一个大汉奸邵范九于11月13 日晚在和朋友聚会后，在法租界西兴旅社入口，被军统上海区第一行动队的 3 名枪 手从背后开枪射击，邵范九当场毙命。

日伪特工总部第一处长陈明楚和反共救国军第二路司令何行健两人原为国民党军统成员，被日伪逮捕后变节，反过来残害抗日志士，气焰嚣张。1939 年的圣诞夜，陈明楚、何行健进入沪西愚园路 1401 号惠尔登舞厅，翌日凌晨两人走出舞厅时，军统上海区负责人王天木的保镖马河图、岳清江、丁寳龄迅速向他们举枪射击，陈、何两人当场毙命。

上海第一区市运执委难民救济委员会难民教育主任刘仲英和许申投靠日伪势力，积极致力于侵华日军倡导“大东亚新秩序”的宣传工作。1941年2月 27 日，刘仲英和许申在去往大陆新报社的途中，被军统上海区直属第一组枪手刺杀。

曾任中孚银行总行副经理的谢芝庭当时在上海是个炙手可热的人物，他投靠汪伪势力，任伪上海特别市府顾问。1940年5月，汪伪财政部长周佛海开始筹建“中储银行”，准备任命谢芝庭出任中储行上海分行行长。5月6日晚 21 点，谢芝庭乘自己的汽车来到公共租界戈登路 25 号大都会舞场游玩，被埋伏在附近的军统上海区第二行动队陈默等人射杀。

1941年1月，汪伪政府为了推行经济政策，收集一批懂得金融知识的汉奸组建设立 了伪“中央储备银行”。军统特工们也积极行动起来，对这些金融汉奸们展开刺杀。 3 月16日，伪中央储备银行上海分行副主任张永刚在法租界西爱咸斯路，被化装客人的军统特工拔枪打死；8月3日，伪上海特别市府税务局法律顾问杨伯华和程天锡在家中被三名来访的“客人”一顿乱射，杨伯华当即死亡，程天锡受重伤。

伪特工总部护卫第二十大队长胡常英，是个十分凶残的铁杆汉奸。他大肆抓捕军统，血腥屠杀抗日志士，是镇压抗日力量的老手。1941年6月24 日早 8 点，胡常英从事务处单独外出，行到公共租界新民路大安里时，被军统第一行动队第三组特工从后面袭击，胡常英身负重伤，被送到同仁医院不治身亡。

军统特工一次次成功的刺杀，令汪伪的大小汉奸们个个风声鹤唳，心惊胆战。上海的日本宪兵队疯狂地展开了破坏国民党军统上海区的行动，扼杀抗日力量。1941 年 10 月，日宪兵队及汪伪特工总部破获军统上海区的地下组织，逮捕了军统上海区区长陈恭澍等近百名成员，军统上海区遭受了抗战以来最严重的损失，几乎全军覆没。从此之后，上海滩针对汉奸的锄奸活动陷入了低谷，直到日本投降为止，几乎再也没有组织过针对汉奸要人的成功行刺活动。