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颜色分离的实用技巧
俗话说:时间就是金钱,效率就是生命。高效分析图片对科研人员来说不仅意味着能早日发表SCI论文还能节省头发。
举个简单的例子,Masson三色染色是胶原纤维染色的权威经典方法,染色结果肌纤维呈红色,胶原纤维呈绿色或蓝色。
如何高效的分离Masson染色的红色和蓝色并计算其胶原容积分数呢?ImageJ就你能轻松实现不同颜色的分离:
接下来今天半夏给大家分享一些基于ImageJ的高效图片分析技巧!
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ImageJ 高效分析Masson染色图片
Masson 染色的分析通常是计算胶原容积分数 (Collagenvolume fraction,CVF),即胶原阳性的蓝色面积与组织总面积的百分比。
一般分析方法为:Image -> Adjust -> Threshold,调节Hue(色度)、Saturation(饱和度)与Brightness(亮度)选中胶原计算其面积。该方法需要手动调节HSB阈值,效率低下。
高效分析步骤如下:
1. ImageJ软件File -> Open打开待分析Masson染色图片:
2. Image -> Color -> Colour Deconvolution,选择Masson Trichrome,点击OK即可得到分离结果:
分离的红色肌纤维与左侧原始图片范围一致,但胶原仅为着色较深的蓝色:
3. 测量胶原面积
Image-> Adjust -> Threshold,调节阈值使胶原被选中(红色代表选中):
Analyze -> Set Measurements检查Area与Limit to threshold是否被选中,Limit to threshold后仅测量阈值选定范围的面积,否则测量的为整张图片的面积。Analyze -> Measure,得到胶原面积为107695平方像素:
4. 测量组织总面积
Image-> Adjust -> Threshold,调节阈值使组织被选中:
Analyze -> Measure得到组织总面积:
胶原容积分数=107695/238703 x 100% =45%。
扩展:IHC Toolbox拆分颜色
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