堆沤肥类包括厩肥、堆肥、沤肥、沼气肥。

畜禽粪尿与各种垫圈材料混合堆沤后的肥料称厩肥，也有机械化养猪、养牛等所得的液体厩肥。包括猪圈肥、牛栏肥、羊圈肥、马(驴、骡)厩肥、兔窝肥、鸡窝粪和土粪等。施用方法参考上文。

堆肥包括：小麦秸秆堆肥、玉米秸秆堆肥、水稻秸秆堆肥和杂草堆肥等。随着农业机械化程度的提高，秸秆机械化还田技术的推广，此类堆肥的数量逐渐减少。随着劳动力市场价值的提高，沤制肥料的数量在农村也逐渐减少。

堆肥类有机肥在大田作物生产中一般作为基肥一次性施入。施用量根据土壤肥力、质地、作物品种和目标产量等确定。

冬小麦一般要求高产田每亩施有机肥3000～4000kg，中低产田2500～3000kg，撒施后耕翻均匀，同时配合施用无机肥。高产田要控氮、稳磷、增钾、补中微，氮磷钾配比为1∶0.6∶(0.5～0.7)，并根据土壤养分状况，补充硫、硅、钙、锌、硼、锰等中微量元素。一般每亩施碳铵80～90kg、过磷酸钙50kg、氯化钾17～20kg、微肥0.5～1.5kg。有机肥、磷、钾肥和微肥全部底施，氮肥40%作基肥，60%作追肥。中产田要稳氮、增磷，适当施钾，氮磷配比为1∶0.75。一般每亩施碳铵60～80kg、过磷酸钙40～50kg、氯化钾10～15kg，微肥0.5～1kg。氮肥60%～70%作基肥，其余追施。低产田要增氮增磷，氮磷比例为1∶1。每亩施碳铵50～60kg、过磷酸钙40～50kg，可采用“一炮轰”施肥法。

在我国北方部分地区，玉米作为小麦生产的后茬植物一般不施基肥，小麦收获后的秸秆直接还田可作为基肥。而南方和我国东北地区种植玉米，有机肥每亩施用量为1000kg～1500kg。

水稻一般每亩施有机肥1000～1500kg，作基肥一次性施入，同时配合施用速效性化肥和中微量元素肥料。

堆肥也大量应用于果树栽培，果园施肥应集中施在根系周围，以便最大限度地发挥肥效。秋季重施有机肥是增加果园有机质含量、增强树势、提升果品档次的有效途径。秋施有机肥应突出“早、杂、多、变”。在时间上力求“早”。一般在果实收获后进行，最适宜时间为9月中上旬至10月底。因为根据果树根系生长和需肥特点，此时正是根系年生长第3个高峰期。土温适宜，墒情较好，有利于根系吸收利用养分。实践证明，9～10月份施肥时铲断的根到11月份土壤封冻前，伤口全部愈合并能长1～2cm，肥效提高1.5～2倍。早施有机肥，速效养分被吸收，大大增强了果树秋叶的光合效能，有利于树体有机养分积累，使枝芽充实、花芽饱满，为翌春开花、发芽、生长发育奠定了基础。过晚施用有机肥(基肥)，常造成铲断的根不能愈合，影响树体对土壤水分和养分的吸收，特别是2～3月才施入有机肥的果园，5～6月才能发挥肥效，此时正值花芽分化期，过多的养分不利于花芽形成，从而扰乱树体正常生长发育，易引发树体徒长。在种类上力求“杂”。秋施有机肥时各类含有机质的物质都可使用，如各种家禽家畜的粪便、厩肥、堆肥、沼肥，各种秸秆、动物屠宰的下脚料，绿肥、土杂肥、饼肥、腐殖酸和农村、城镇的废弃有机物等，这些有机物一般要经过无害化处理或腐熟后再施入，切忌将有害有毒物质混入或将未经腐熟的有机肥直接施入土壤。在数量上力求“多”。坚持“斤果斤肥”的原则，一般每亩施农家肥3000～4000kg或精制商品有机肥300～400kg。有条件的农户可按每年生产1kg苹果施1.5～2倍有机肥的标准进行。另外，秋施有机肥时，应配合一定量的氮磷钾化肥作基肥一次施入，幼树每株配施过磷酸钙1～2kg；结果树按生产1000kg果实配施过磷酸40kg、碳酸氢铵30kg、氯化钾10～12kg，或高浓度复合肥30～50kg的标准施用。在方法上采取“变”。各种施肥方法要交替使用。幼树或初果树可采用环状沟施或带状沟施，沟宽40～50cm、深60～70cm，逐年沿树冠向外延伸扩展，直至全部翻通。结果树采用放射沟或条沟，沟宽深各50cm左右，或全园撒施，深翻30～50cm。

由于北方地区果树和南方果树在品种等方面的差异，根系的垂直分布则随树种、土质、栽培条件等不同而异。一般柑橘根系分布较浅，绝大部分吸收根分布在25～35cm的土层中。因而施肥时应根据上述情况掌握合适的施肥部位，深度应以20～30cm为宜，并注意根系分布深的果树要深施，根系分布浅的果树要浅施，黏土地要深施，砂土地要浅施，地下水位低的园地要深施，地下水位高的园地要浅施，成龄树要深施，幼龄树浅施。生产中往往有些水浇条件差的果园因浅施或地面撒施有机肥引起烧根、根系上返及养分损失；而部分果农开沟施有机肥时若深度至60cm以下，则会造成根系呼吸受阻，肥料不能被及时吸收，会降低肥料的利用率。

对于无法获得足够数量农家肥的蔬菜种植区域可选择商品性有机肥。商品有机肥一般作底肥施用，也可以用作追肥。在用法上，根据土壤肥力不同推荐量应有所不同，对高肥力新菜田(有机质>2%)，可以控制精制有机肥用量在300～500kg/亩；中肥力新菜田(有机质1.5%～2%)可每亩施用1T精制有机肥；低肥力新菜田(有机质<1.5%)要强化培肥力度，每亩需要精制有机肥约1～2T。有机肥作底肥时，配合施用少量的氮磷钾复混肥或磷钾肥，作底肥施入效果会更佳。