乾隆二十四年（公元1759年），清军平定了天山南北之后，将这块原本是汉代西域都护府、唐代安西都护府的故土，重新纳入了大一统王朝的版图。此时，清高宗爱新觉罗弘历以“新附旧疆”之意，将这块高达160万平公里的地区，名为“新疆”。
前奏：劳役怒火的点燃新疆
新疆这个地方，在被乾隆帝平定之后，在南疆的大部分地区，清王朝仍保留了他们当地特有的伯克制度。“伯克”也可以说成“巴依”，译为突厥语的“财主，贵族”，他们拥有大量的封建领土。
在前期的时候，清王朝政府对新疆基本属于放任政策，收取的赋税很少。当从“康乾盛世”的神坛下来之后，清王朝日渐衰败，新疆各族百姓开始受到了严重的压榨和剥削。
1862年开始，为了镇压内地的起义，后期更是直接断绝支援新疆的400万两白银的巨款，协响。
由于当时的清王朝欠下了巨额外债，这些不得不从各地人民手中筹措。于是，新疆当局者和各级伯克便把所有的矛头指向最底层的百姓。1864年的6月，库车这里被劳役的民众最终忍受不住，发动了起义。
库车的人民起义，如同平静湖面上投下的一个石子，湖底的暗涌都被激上了水面，从此新疆开始了连绵十余年的反清战火。19世纪60年代，据统计，驻扎新疆的清军总兵力仅仅只有一万五千人，这让清兵对待新疆的起义更加开始力不从心。
1866年3月初，清王朝在新疆的大部分统治都被颠覆，剩余的清军不得不退守塔城、巴里坤和哈密。
起义之后的领导权，更是被众多伯克所抢走，这些伯克各自割据，争夺土地，相互混战。
然而，世事难料，整个南疆落到了一个穆罕默德·雅霍甫的伯克手中。这位伯克可是以为地地道道的外国人，在汉文史籍中，又被称为阿古柏。许多人用“鸠占鹊巢”来形容这一幕，表达出中国大片土地被一个外国人占据的荒诞之情。
外来者：阿古柏的“帝国”扩张
据记载，大约在1820年，阿古柏出生在中亚名城塔什干附近，即今天的乌兹别克斯坦首都的附近。由于当地是多民族混杂，所以并没有确定他是乌孜别克族还是塔吉克族。
在1847年的时候，他出任浩罕汗国的阿克麦吉特伯克，又被称为“雅霍甫伯克”，便有了“阿古柏”这个名称的汉译。
通过残忍的征战，跑到新疆的阿古柏相继想灭了天山以南的“苏丹”、“帕夏”等。在1867年的时候，阿古柏称自己为“毕条勒特汗（意为洪福之汗）”，并建立了“哲德沙尔汗国”，开始了他在南疆长达十余年的统治时期。
1870年的时候，乌鲁木齐和吐鲁番都被纳入了阿古柏的“帝国版图”之中。虽然拥有了大量的土地，但是阿古柏并不放心，他的政权也十分脆弱。
当时，以“访问”为由，进入喀什噶尔的俄国军事观察员库罗巴特金上尉便表示，阿古柏“没有得到人民的支持”，“他从一 开始执政之时，便是依靠军队。”为了笼络政权支柱的人心，阿古柏在占领区恢复落后的军事 封建采邑制度，所有工资源于辖区的赋税。
此外，阿古柏为了永久的统治新疆，还下发了其他一系列的政策。他在新疆各地进行征收地税，还命令祖居在这里的各族百姓必须按照集延人的风俗生活，如：光顶圆领，剃发易服等。阿古柏企图用这些行为来标志着新疆是安集延国的领地。
除了阿古柏外，1871年开始，沙俄对我国新疆地区的野心开始暴露。7月，沙俄军队越过边境，趁机占领新疆伊犁九城地区，然后向准葛尔盆地渗透。此外，沙俄“设官置戍，开路通商，晓示伊犁永归俄”。
作为自己祖国浩罕的仇敌的沙俄，则被阿古柏称为“最亲爱的朋友！” 为了向沙俄示好，得到沙俄的支持，阿古柏与其签订了关于新疆的通商协议。此外，沙俄为了理所当然的占据新疆的部分地区，更是对我国清政府谎称“代为收复，权宜派兵驻守”。
清王朝：“海防”“塞防”大辩论
撇去新疆的问题，清王朝本身也在经历着巨变。1864年，湘军攻打下来天京，大规模的太平天国运动以失败告终，然后中国的封建王朝迎来了首次近代化的进程，洋务运动。当时的众多史家称为“同治中兴”。
开始缓慢恢复秩序和元气的清王朝，正在有序的进行下一步，平定新疆。然而，天有不测风云，明治维新以后意欲“布皇威于四方”的日本，以琉球船民被台湾高山族居民杀害为由，出兵台湾。
1874年4月，三千日军在恒春登陆，由于清王朝做出了及时的准备，加强了台海战备，外加上日军水土不服等原因。最终中日以签订《北京条约》，赔款50万两白银换取了日军撤离台湾。
就这样，一边一百六十万平方公里的新疆，在我国大清国的版图上面临着消失的危险。另一边日本侵台事件虽了结，但是这却加重的影响了众人对海防严重性的认知。西北边疆和东南海疆的严峻形势，让清王朝的高层展开了一场关于“海防”和“塞防”的激烈辩论赛。
极端和平主义者的北洋大臣李鸿章，对于新疆是处于放弃状态的。他认为：“新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。”此外，李鸿章对待乾隆年间，为了平定新疆花费了大量的人力和钱财也是极其不满的。
李鸿章认为“倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。”这与时任陕甘总督的左宗棠的意见完全相反。左宗棠意在“天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群。煤、铁、金、银、玉石等藏量极为丰富。”
除了对待新疆之地的“去与留”之外，左宗棠虽坐镇西北，却也对现在大清国面临的国防也有所见解。他认为：“我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无烽燧之警......若新疆不固，则蒙古不安。”
在左宗棠心中，新疆有两大功能。一为防蒙匪，如果失去新疆，他们可以从陕、甘、山西等地进入，直到关内，防不胜防。二为防沙俄，沙俄领土，由西向东的万余里都和我国北境相连接，蒙古恰为缓冲地段，可谓是进可攻退可守之地。
在这场新疆与台湾的大辩论中，大多数人是支持北洋大臣李鸿章的。只有大学士文祥和湖南巡抚王文韶二人支持左宗棠的主张。然而作为少数派的左宗棠迎来了惊天大逆转的人物，慈禧太后。
慈禧太后极为赞同左宗棠对于国家安危的说法，“东则海防，西则塞防，二者并重，不得偏废其一。”此外，身为旗人的慈禧太后非常明白，清王朝本身就是少数民族入主中原，为了以绝后患，新疆之事，必须解决。
外加上对左宗棠本人的强大信任，其收复新疆的决心，在危机关头更加显示忠臣良将的爱国热忱，和对国家的赤胆忠心。诸多原因加持之后，一贯在外交上小心谨慎的慈禧，作为了以左宗棠为主的少数派的强大后盾。
后序：左宗棠率军携棺西征
在光绪元年六月（公元1875年），慈禧任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，同时让沈葆桢和李鸿章分别督办南、北洋防务。1876年，左宗棠争取到用兵新疆的权力后，率领七万的征西大军浩浩汤汤的奔赴新疆。
在西出玉门关之际，左宗棠更是携带者自己的棺木，以示自己与沙俄等侵略者决一死战的决心。这一举动，也极大地鼓舞着西征战士。此时，眼见左宗棠大军即将进军新疆的沙俄政府，派出一个以索斯诺夫斯基中校为首的“科学贸易考察队”。
然而，在这为期27天的考察期内，考察队惊愕的发现，以前使用古老的冷兵器和早期火器的清军，都换上了洋枪大炮等先进火器，比如德国大名鼎鼎的毛瑟步枪的“开山之作”M1871型11毫米后膛枪和美国制造的“雷明顿一号步枪”。
目睹清军的强大实力后，特务使团准备另辟蹊径，“友好”地提出愿意向大清帝国的西征大军提供粮食，想要把中国伊犁地区的粮食出售给中国。但是，在1876年夏季，左宗棠已经搜集了四千多万斤的粮食，足够7万大军食用一年，打破了沙俄阴谋。
一方面阻止了沙俄计划，另一方面左宗棠在1875年进入甘肃酒泉正式发动收复新疆的战争。在1880年春，左宗棠大军彻底击败了阿古柏匪军，收复了除伊犁外的所有新疆领土。此后，又在1881年初，中俄签订了《伊犁条约》，使得伊犁正式回归中国。
左宗棠用不到两年的时间，就打败了安集延国的侵略者，消除了“哲德沙尔汗国”这个毒瘤、这次的举动也让新疆各族人民彻底的摆脱了阿古柏的残暴统治。左宗棠在收复了新疆的所有土地，正式的在新疆建省，保持了我国领土的完整性。
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