作物种类不同，对磷的吸收能力和吸收数量也不同。同一土壤上，凡对磷反应敏感的喜磷作物，如豆科作物、甘蔗、甜菜、油菜、萝卜、荞麦、玉米、番茄、甘薯、马铃薯和果树等，应优先分配磷肥。其中豆科作物、油菜、荞麦和果树，吸磷能力强，可施一些难溶性磷肥。而薯类虽对磷反应敏感，但吸收能力差，以施水溶性磷为好。某些对磷反应较差的作物如冬小麦等，由于冬季土温低，供磷能力差，阶段又需磷较多，所以也要施磷肥。有轮作制度的地区，施用磷肥时，还应考虑到轮作特点。在水旱轮作中应掌握“旱重水轻”的原则，即在同一轮作周期中把磷肥重点施于旱作上；在旱地轮作中，磷肥应优先施于需磷多、吸磷能力强的豆科作物上；轮作中作物对磷具有相似的营养特性时，磷肥应重点分配在越冬作物上。
分蘖
作物主要吸收以HPO和HPO形态存在的磷酸根离子。大多数作物吸收HPO的速度比吸收HPO的速度快。作物还能吸收有机磷，但数量很少。作物在整个生长期内都可吸收磷，但以生长早期吸收为快。当作物干物质积累到全生育期最大积累量的25%时，磷的吸收就达到其整个生育总吸收量的50%，甚至80%。因而苗期磷营养效果异常明显，甚至在土壤有效磷含量较高时仍会出现缺磷症状，生产上应强调磷肥及早施用。
以种肥、基肥为主，根外追肥为辅。从作物不同生育期来看，作物磷素营养临界期一般都在早期，如水稻、小麦在三叶期，棉花在二～三叶期，玉米在五叶期，都是作物生长前期，如施足种肥，就可以满足这一时期对磷的需求，否则，磷素营养在磷素营养临界期供应不足，至少减产15%。在作物生长旺期，对磷的需要量很大，但此时根系发达，吸磷能力强，一般可利用基肥中的磷。因此，在条件允许时，1/3作种肥，2/3作基肥，是最适宜的磷肥分配方案。如磷肥不足，则首先做种肥，既可在苗期利用，又可在生长旺期利用。生长后期，作物主要通过体内磷的再分配和再利用来满足后期各器官的需要，因此，多数作物只要在前期能充分满足其磷素营养的需要，在后期对磷的反应就差一些。但有些作物如棉花在结铃开花期、大豆在结荚开花期、甘薯在块根膨大期均需较多的磷，这时我们就以根外追肥的方式来满足它们的需要，根外追肥的浓度，单子叶植物如水稻和小麦以及果树的喷施浓度为1%～3%。双子叶植物如棉花、油菜、番茄、黄瓜等则以0.5%～1%为宜(以过磷酸钙计算)。
磷肥的当季利用率低，但磷肥的残效比较强，叠加利用率很高，比氮、钾利用率都高。在一个轮作周期中，应该统筹施用磷肥，应尽可能地发挥磷肥后效的作用。如在水旱轮作中，把磷肥重点分配在旱作上，因为淹水条件下，磷的溶解度增加，利用旱作残效更好；在旱旱轮作中，将磷肥重点施在对磷敏感的作物上，比如小麦-棉花轮作，重施在棉花上；在连续旱作中，将磷肥重点施在冬季作物上，因为一是磷的有效性与温度关系密切，低温磷的有效性低；二是磷能够提高作物的抗寒能力，有利于作物越冬。在禾本科-豆科轮作中，磷肥应重点施在豆科作物上，从而增加豆科作物的固氮能力，这叫以磷增氮。
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