兔舍消毒可以简单分为空舍消毒和带兔消毒，空舍消毒时力求完全、彻底，带兔消毒时应该用刺激性小、效力强的消毒剂，同时注意根据主要病原种类轮替使用各类消毒剂。
空舍消毒时，全场彻底清扫污物，清理粪便，地面用水冲洗干净，能拆卸的笼舍拆卸，福尔马林或石灰乳溶液浸泡，舍内氢氧化钠溶液浸泡或喷洗，清洗后用福尔马林熏蒸时，按每立方米空间 12 毫升福尔马林，6克高锰酸钾的比例配齐，将福尔马林放入金属容器中，面积较大时，多点分放，密闭所有门窗，由里向外逐个加入高锰酸钾，迅速离开，关闭门窗，密闭至少24小时后通风换气，至无福尔马林气味后方可。
进兔
日常带兔消毒时，可以选用季铵盐类、复合碘类消毒剂，根据兔的生长发育期确定消毒次数。仔兔开食前每隔2日消毒1次；开食后断奶前，每隔3～4日消毒1次。幼兔期每星期消毒1～2次。青年兔、种兔每7日消毒1次。免疫接种前后3天停止消毒。兔群发生疫病时可采取紧急消毒措施。
场地消毒时，要做好兔场和外界、不同兔舍之间的隔离消毒，在兔场前做好消毒池，兔舍的门前也可以建立小消毒池，及时维持和更换消毒液，离兔舍较近的土壤、绿化带和粪沟在兔舍消毒时连带消毒。兔场附属环境、生活区等，做好清洁卫生，每月消毒一次即可。
要保证良好的消毒效果，需要注意以下事项：
1、注意不同消毒剂对微生物的敏感性
碱和醛类消毒剂对病毒很敏感，但多数酚类消毒剂对病毒却没有多大作用；表面活性剂类消毒药物，对细菌效果很好，但对病毒的效果不确定；大多数消毒药对细菌有作用，但对细菌的芽孢和病毒作用很小，因此在消灭传染病时应考虑病原的特点，有针对性地合理选用消毒药。
2、环境温度对消毒效果的影响
一般来说，消毒药的杀菌力与温度成正比，温度增高，杀菌力增强。因而，消毒药剂在夏季的消毒作用比冬季要强，在低温季节对消毒剂的选择更苛刻，作用时间也需更长。
3、药物作用时间
一般情况下消毒药的效力与作用时间成正比，与病原微生物接触并作用的时间越长，其消毒效果就越好。作用时间如果太短，往往达不到消毒目的。比如，在炎热的夏季或太阳直射的场地，消毒剂喷洒后很快蒸干，就能明显影响到消毒的效果。
4、环境中的有机物质
畜舍中有大量有机物存在，如畜禽的粪、尿、血、炎性渗出物、脱落的毛发、垫料等，它们能阻碍消毒药与病原微生物接触，明显而影响消毒药效力的发挥。而且这些有机物往往能中和和吸附部分药物，也使消毒药效力减弱。因此在使用消毒药前，应进行充分的机械性清扫，清除被消毒物品表面的有机物，使消毒药能够充分发挥作用。
5、消毒药的浓度
一般来说消毒药的浓度越大，杀菌力也就越强。但随着药物浓度的增大，对活组织的毒性也就相应地增强。而且当消毒液的浓度达到一定程度后，其效力就不再增加。因此，在使用消毒药时应选择有效和安全的杀菌浓度。例如，70%的酒精要比95%的酒精杀菌效果好。同时，也需要考虑消毒剂在环境中被动稀释的问题，如粪沟等场合，消毒剂喷洒后会被稀释，也应提前考虑在内。
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