连作障碍的根基在土壤，土壤是草莓生长发育的基础条件，连作障碍不解决，再好的品种、再好的栽培技术都是无用的。连作障碍的防除是草莓种植的第一个环节，也是根本环节。
1、选用抗病品种
适宜设施栽培的品种很多，其中有的品种很抗病，如‘明宝’，而‘红颊’就不抗病。但品种的抗病性也是有一定局限性的。
2、改连作为轮作制
提倡一年一栽制，一年一倒茬，草莓与其他农作物实行合理的轮换倒茬栽植，是目前解决重茬减产的一种有效办法。轮作倒茬会使有寄主性的病原物得不到适宜生长和繁殖的寄主，从而减少病原物的数量。轮作还可以调节地力，提供肥力，改善土壤的理化性能。常见的如水旱（草莓-水稻）轮作，由于土壤经过长期淹水，改变了土壤微生物环境，既可使土壤病害及草害受到有效控制，还可以水洗酸、以水淋盐、以水调节微生物群落，防治土壤酸化、盐化。
专化
3、 换表层土
在前茬种草莓的大棚内，把20cm厚的表土挖出，全部换上无病菌的新土，对于克服草莓重茬效果较好，但较为费工，不可能大规模实施。
4、 增施有机肥、科学施肥
草莓采收完毕后，大量增施有机肥，并进行深耕，对于改良土壤理化性质，提高土壤肥力效果较好。在增施有机肥的基础上，合理施用氮磷钾肥料，提倡测土配方施肥，根据草莓生长期需肥规律及土壤供肥能力，确定肥料种类及数量，尽量减少土壤障碍。
5、埋青改土调节土壤盐基浓度
温室大棚设施栽培，常年得不到雨水淋溶，每年施入土壤中的化肥盐基离子呈逐年富集趋势，而草莓是最不耐盐的植物，当盐基浓度达到一定程度时，草莓根系就会产生障碍，生长不良。在草莓采收结束后，栽种一些玉米、高粱和水稻等禾本科作物，然后割青，将其秸秆压入土中做绿肥。此法不仅可以减轻病害，而且可以培肥土壤，提高土壤有机物质含量，改良土壤结构和质地。研究表明，7月中旬左右高粱长至1m高时，青割后翻入土中，高粱秆中的化学成分不但能激活镰刀菌的分生孢子，而且还可以杀死它们。
6、药剂熏蒸
使用化学药剂进行土壤消毒是防治草莓土传病害的主要手段，生产上常用的土壤熏蒸剂有溴甲烷，由于方法简单、消毒彻底、不受天气的影响等优点，曾被广泛应用于各种作物的土壤消毒。但由于对环境的影响等因素，溴甲烷已禁用。目前出现了氯化苦等代替品，但由于使用成本高、危险性大等因素，其使用受到很大的限制。
7、太阳能消毒
太阳能消毒利用夏季棚室内产生的高温环境，杀灭土壤中的病原菌、杂草种子及地下害虫，淹水使土壤湿润产生厌氧环境，抵制有害生物的生长，且有利于太阳能热量向下传导及施入肥料的尽快转化，改善土壤质地及养分。在结合太阳能高温消毒的过程中，施入米糠、禾本科青草、优质有机质堆肥等新鲜有机物，利用有机物发酵创造厌氧条件，并伴随产生一定的高温，来增强防治效果。
其主要做法为：在草莓采收结束后，将棚室内的草莓残体、杂草等清理干净，于6月下旬至7月上旬撒施米糠、铡碎的禾本科青草、优质有机质堆肥等，进行中耕做畦，灌水，封闭棚室。通过米糠等发酵来消耗土壤中的氧气，使土壤长期处于缺氧状态，结合夏季高温处理，使土壤温度达到50～60℃，有效杀灭病原菌。20～30天后，揭去地表覆盖的薄膜，土壤耕翻后任其日晒雨淋，使还原状态的土壤尽快熟化、氧化，恢复土壤活力。
8、石灰氮太阳能高温消毒
在太阳能消毒的基础上，添加石灰氮，使土壤消毒更彻底。在7～8月全年太阳辐射能量最大、气温最高时进行太阳能消毒处理。为了提高土壤有机质，提高消毒效果，可以每亩增施1000～2000kg有机肥，70kg石灰氮，撒匀翻入土中；然后南北起垄，垄宽60～70cm、高30cm，灌透水并保持垄沟有较多积水，再用白色旧地膜覆盖，密闭大棚1个月。高温月份，大棚内气温高达60～70℃，地表下40cm处土温可升至50～60℃，通过1个月的高温期足以杀死大部分病原菌。
石灰氮既是施入的氮肥，还有较强的锄草、杀菌能力。对于防治土传病虫害、改良土壤、解决作物连作障碍表现出显著的效果，是一项无公害的土壤处理技术。由于太阳能土壤消毒技术需要高温条件，在使用中因为气候、地理条件及季节不同其应用受到限制。
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