司马师利用中护军职位之便利，偷偷的训练三千死士，这么多人才逃过曹爽的眼线。当时司马昭只是典农中郎将，说好听点是一个官职，说难听点就是一个种地的，和平民无异。当时司马懿装病，曹爽带领皇帝和曹氏家族出城祭拜，可以说是全城出动，洛阳城中只有太后在宫。史书记载：“桓范谓曰：总万机，典禁兵，不宜并出，若有闭城门，谁复内入者？爽曰：谁敢尔邪！由此不复并行。至是乃尽出也。”当时智囊桓范告诫曹爽，让他留下人员监视司马懿，但是曹爽没有听取他。曹爽反问：“谁敢造反？”最后，司马懿迅速占领司马门，控制洛阳城，最后逼迫太后下诏控制禁军，曹爽贪图安逸，以致被夷灭三族。在这次反叛中，司马懿是领头者，司马师是主力军。

司马师也是御敌的利刃，他曾用计于新城之战击溃吴国诸葛恪的大军；指挥平定“淮南三叛”中的毌丘俭、文钦之乱。诸葛恪当时力排众议率兵攻打合肥新城，新城是满宠所建，虽然城池弱小，但是坚固无比，司马师命令守军用深沟高垒、以逸待劳的方法抵抗诸葛恪，诸葛恪率领大军久攻不下，最后粮尽撤军，在撤军的途中遭到伏击，最后惨败而归。