1949年，蒋介石退守台湾，初居台湾期间，为了应付陈诚逼宫，急需军界表态支持，同时为争取美国援助，也为了拉拢军队中的非黄埔系将领，委孙立人以高职：1949年8月，孙立人任国民党东南军政长官公署副司令长官兼台湾防卫司令。1950年3月，升任台湾国民党政府陆军总司令兼保安司令。同年出席陆军全军官兵大会，并发表演讲，拥护蒋氏复行视事。到1951年4月，台澎所有部队10个军都已经一年的整训，从刚到台时纪律全无，装备寡劣，多为抓来壮丁的一群溃兵变为编制充实，装备精良，训练有素的很有战力的军队。1951年5月，与“空军司令”周至柔，与“海军司令”桂永清同时晋升为二级陆军上将，三人约定在“反攻大陆”后才戴上第3颗星。

孙立人任“陆军总司令”时，蒋经国正任“国防部总政治部”主任，在军队中建立所谓“政工制度”，加强特务统治，企图控制军队。孙立人对这一类政治把戏毫无兴趣，蒋孙之间因军队的控制权产生了矛盾。同时，国民党内军政派系林立，是所谓内斗内行，外战外行。孙立人做事务实认真，不讲情面，秉公办事，将各个派系如蒋经国，彭孟辑的政工情治系统，黄埔系的陈诚，周至柔，俱都得罪，即成众矢之的。蒋经国要学习苏俄的做法，将其政工系统控制军队，而政工人员质素却又低下，故为孙立人所抵触。陈诚，周至柔，则因黄埔系已是其土木工程系的一统天下，却因孙立人任陆军总司令，反对军队分派系，而势力受挫。

除各系对孙的攻击外，孙立人主张的军队国家化的建军理想亦为蒋介石所不容。盖蒋视国军为其私人军队，孙立人要军队国家化，岂非威胁蒋的独裁？而孙本人，并未看清其对蒋的忠诚，同其对国家的忠诚，其实相互冲突。故直到针对他的“孙立人兵变”案发生仍茫然不觉。

蒋介石坐定台湾后，便着手扫清他心目中亲美的两位文职和武职高官，文即留美的台湾省主席吴国栋，武即陆军司令孙立人。

1954年6月免去孙陆军司令之职，一年后，爆发所谓的“郭廷亮匪谍案”。孙的原部下郭廷亮、江云锦等几位军官，商议借1955年6月南部大阅兵之际，将部队退化、军风不良等现象及提高官兵待遇，使军队国家化等改革事项提出来向总统呈报，且必要时采取游行示威上电总统。

不久，国防部接到陆军官校教官孔惠农，陆军步兵学校科员史崇汇及10师的原景辉等密报，认为郭等意图发动大规模变乱，嫌疑重大，又言郭系代表孙立人将军对外之联络人。（其实，所谓的联络人，主要是由于当时岛内军政派系林立相互排挤，倾轧，使中下层官兵在狭缝中压抑地生存，加上反攻无望，悲观情绪，待遇又差，导致士兵逃跑，自杀甚至暴力火拚时有发生，作为总司令的孙立人针对这种情况，便委派陆军步校少校教官郭，田等联络军队下层官兵，以便及时了解他们的所思所想，解决其困难，以达安抚，使其安分守己，尽职尽责。此举案发后被认为是“意在结成一种力量，以为实行其意见之支持，遂予郭廷亮等以酝酿事件之机会”。

5月25日郭廷亮以匪谍罪被捕。

随后，副总统陈诚等九人组成的调查小组开始对事件展开调查，同时，由监察院陶百川等五人专案小组也着手调查。经过长时间的严酷刑讯，迫使郭在身心崩溃，无可奈何的情况下，依照侦讯官们杜撰、伪编的假“匪谍”自首书而自首。6月中旬，孙亦被秘密拘捕。不久九人调查小组结论指出：“郭廷亮等人执行阴谋叛变证据确凿，而其长官孙立人受到谍匪活动左右，未适当防范，也有失察之责”云云。

然而，就在九人小组公布调查认定孙立人等人有罪时，由监察院五人专案小组得出的结论却与九人小组大不相同，认为该事件的本意，仅为向总统呈送改革部队行政的建议书，其所拟的建议手段，虽属违法有刑责，但难以叛乱罪相论，并认定孙与此事无关，此事不过是派系相互倾轧，诬陷孙立人而已。

不过，该五人小组的调查报告在最高当局的裁示下，以“基于国家利益”考虑，仅在监察院内部作口头报告，随后即被深锁保险柜中。可见，在独裁统治下，监察院纯属摆设。

最后，1956年9月国防部以惩治叛乱条例判处郭廷亮等三十五人死刑，无期徒刑等不等刑罚。对于孙立人是“准予自新，毋庸另行议处，由国防部随时考察，以观后效”。

从此，孙立人被看管起来，一看就是33年。

后来的事情越发奇怪，郭廷亮未被枪毙，而是流放到绿岛，他在那里养了不少鹿，竟发了财，数年后回台莫名其妙发生火车跳车事件而死亡，当局称“交通事故”，“跳车身亡”，后经多方查证，似可证明其有先被锐钝击杀之疑，至今尚无定论。

1988年，蒋经国去世，孙立人的义子揭钧（台湾清华大学客座教授）为孙的平反四处奔波，获得积极效果，1988年5月，陆军总司令郑为元告知孙立人已经获得自由，台湾政府后来又是颁褒扬令又是颁精忠状，但对于谋反一说，总是搪塞带过。

1998年，在孙立人家属的强烈要求下，封尘多年的监察院五人调查报告对外公布，可部分内容已被涂掉。

同年，监察院决定由中央研究院研究员朱宏源补齐五人小组调查报告中被涂掉的文字。经过一年多的调查及论证，补实报告研究结论于五人小组的结论一致，2000年12月，朱将报告送监察院审查。联合报2001年1月10日头版报道：监察院9日公布民国44年（1955年）监察院五人小组对孙立人事件的完整版调查报告，并审查通过朱宏源研究员近年对孙案重新论证及访谈结论，确定孙立人将军并未谋叛，其部属郭廷亮亦非匪谍，也未着手实行叛乱。这是官方首度为孙立人公开平反。

孙立人将军的夫人张美英，面对兴高采烈带来孙将军平反消息的人，平静地说，孙立人本来就无反，何来平反之说，不过是使真相大白而已。

1990年11月19日，孙将军家的老屋，金牛的学子们喜欢在野外找一块幽静的角落读书，而秀丽的金牛山成全了他们，此刻的金牛山一片秋色，周围的乡亲们正忙忙碌碌，享受秋收的无限欢悦，

然而，没有人知道在海天之遥的孤岛，孙将军正孤独地远去。

1990年11月19日11时15分，孙立人将军在台中市瞌然长逝，出殡队伍长达一公里，竟与蒋氏父子不相上下。

人们不会忘记，早在1942年，他率领不足一团之众，在缅甸取得仁安羌大捷，营救出被围困的英军7000余人和500多名战俘，此役是二战中以少胜多最著名的范例，震惊世界，被誉为“东方隆美尔”。被救的英军官兵热泪盈眶，向中国官兵竖起大拇指，高呼：“中国万岁！”打破了“皇军”不可战胜的神话。

人们不会忘记，1942年5月3日，英军的亚历山大和史利姆两位将军，均以私人名义派员给孙立人送来感谢信。亚历山大是第一次缅甸战役时英缅军总司令，战后曾出任英国国防大臣。他对孙立人在仁安羌营救英军第3师深怀感激之情，并告知英国女王将向孙立人颁发“帝国司令”勋章。孙立人向全体官兵宣读了他们的来信。而后，他慷慨激昂地说：“勋章的授予，是全体官兵的光荣，尤其是死伤的同胞，以血肉之躯换来的光荣它的意义不仅在于这是中国军官第一次以战功获得外国勋章，而是表现了中国和盟军第一次并肩作战所付出的血汗和舍己救人、不背盟信的中国精神，这一精神已得到了公平的评价”驻印英军统领代表女王向孙立人颁发“大不列颠帝国司令”勋章。该勋章是英国级别很高的荣誉，受勋者都要加封爵士爵位。

人们不会忘记，在第二次缅甸战役中，孙立人率领新38师和以后的新1军，在自然条件极端恶劣的缅甸北部，与日军5个精锐师团连续作战17个月，所向披靡。印缅战区其他盟军部队相形见绌。孙立人出色的军事才能，使他受到盟国政界要人及众多盟军将领的尊敬。1943年，美国总统罗斯福给孙立人颁发丰功勋章。

人们也记得，二战期间欧洲战区盟军最高统帅、战后曾任美国总统的艾森豪威尔，对孙立人颇为敬佩，1945年邀请他赴欧考察欧洲战场。

人们还记得，6月17日，孙立人应邀到英国访问。在英国陆军部，英国女王授予孙立人第二枚“大不列颠帝国司令”勋章，以答谢新38师114团在缅甸孟拱郊区援救英印军第3师77旅的友情，表彰孙立人将军在北缅横扫日军5个师团的卓越功勋。

还有，6月23日，孙立人应美军总参谋长马歇尔将军的邀请赴美访问……

历史将永远记住这位抗日名将。孙立人和中国远征军全体将士永垂不朽！