平定准、回二部,是乾隆引以为傲的武功,清朝与准噶尔部作战,历经康雍乾三代,最终在乾隆二十五年,天山南北复归中国版图。康熙三十五年,新疆哈密伯克额贝都拉为抵御准噶尔汗噶尔丹的侵扰,请求内附于清朝,寻求支援。此后,清朝开始在新疆哈密、巴里坤等地设军屯田。康熙五十九年哈密内附后,为了防止准噶尔部以吐鲁番盆地为据点侵扰哈密,清政府从巴里坤调兵5千人,开始在新疆吐鲁番地区修筑城堡、开垦荒地,防范准部东进。

准噶尔部为厄鲁特四部之首,元代,游牧于天山以北,阿尔泰山以南的蒙古牧民,形成了驼、马、牛、羊四个部落,称“四卫拉特”。明代,称其为“瓦剌”,17世纪初,准噶尔部在四部之中实力最为强大,准噶尔部贵族在部落联盟中处于领导地位,成为厄鲁特四部之首。

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清康熙年间,准噶尔部贵族噶尔丹夺取汗位,号令厄鲁特四部,割据一方。噶尔丹野心勃勃,他带领准噶尔部向南掠夺南疆回人为奴,向北勾结沙俄进攻喀尔喀蒙古。喀尔喀蒙古诸部实力不及准噶尔部,战败后向清朝求援。康熙二十七年,噶尔丹在喀尔喀蒙古抗击沙俄侵略时趁机突袭,进入内蒙古境内,威胁到了京师的安全。于是,清军出兵将准部逼退回漠北草原。
而后几年,清帝国与准部战火频燃。直至康熙三十六年,噶尔丹病死,其侄策妄阿拉布坦继承汗位并向清朝投诚,双方才罢兵止战。然而,随着准部的实力逐渐恢复。康熙五十五年,策妄阿拉布坦侵犯西藏导致清朝与准部间战火重燃,直到乾隆初年双方议和。

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乾隆时期,清朝趁着准部内乱之机,进军准噶尔草原。在新疆战事的不同阶段,乾隆以考察民众、民族上层人物为目标,灵活地运用清前期“联合少数民族上层”、“优抚降将”等军事策略,最终取得平准战争的胜利,前所未有地扩大了清朝的疆域,消除了困扰清朝多年的西北边患,巩固了统一的多民族国家。

在长达70年的时间里,清朝和准噶尔部频繁战争。清朝只能挟制准噶尔部的东进,却无法进入准噶尔草原。这种对峙状态,到了直到乾隆十年才发生了转变。乾隆十年,准噶尔部发生了内讧,统治集团内部各方势力的角逐之下,汗位几经易手,最终落到了贵族达瓦齐的手中。

然而,达瓦齐终日饮酒导致准噶尔部诸事荒废,统治集团内部纷争不断,百姓怨声载道。乾隆十八年,杜尔伯特部领袖“三车凌”率其部众一万余人,长途跋涉,归附清朝。三车凌率部归附,使乾隆察觉到准部内部矛盾剧烈。乾隆认为这是清帝国出兵平定准部的大好时机,并拟定好了作战时间以及战后治理方针。

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乾隆此次作战的目标是缩小准噶尔各部的势力范围,使准部内部相互制衡无法聚集起与清朝抗衡的力量。就在乾隆积极备战之时,扶持达瓦齐登上汗位的阿睦尔撒纳不满足于既得利益,向达瓦齐提出分统准部的要求。二人的权力斗争逐步升级为激烈的战争,阿睦尔撒纳与达瓦齐作战失败,于是带领属民两万余人投奔清朝。

自阿睦尔撒纳叛乱起,准部复叛事件频发,乾隆一改往日怀柔威远的主张,决意清剿准部,受战争影响北疆人口骤减。乾隆十九年,乾隆在热河避暑山庄向阿睦尔撒纳详细询问了准部情况,并采纳其建议决定在春季奇袭准部,同时决定征准军队仍使用准部旧旗,以便于沿途招降。

乾隆二十年二月,清军兵分北、西两路进攻准部,北路军3万人由定北将军班第9统帅,阿睦尔撒纳任定边左副将军率属军6千人为前锋:西路军2万人由定西将军永常统帅。达瓦齐暴政不得人心,故而清军所到之处准噶尔众人等,载道欢迎,虽然战事进展顺利,但也潜藏着危机。由于准部连年战乱,当地农业遭到了极大的破坏,北疆地区百姓生计艰难的奏报接连不断地传往清廷。

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征准之初,清政府采取的是“因粮于敌”的方法,解决军队的粮食供应问题。但此时准部的粮食储备已然告缺,“因粮于敌”显然已经不切实际。正如乾隆希望那样,厄鲁特草原上的战火很快平息了,五月,清军攻占伊犁。至此,准噶尔政权不复存在。乾隆按照最初“众建以分其势”的设想将厄鲁特分为四部,选任较早投诚的阿睦尔撒纳等四人分而统之。

但是乾隆没能预料到,战后阿睦尔撒纳称霸的野心迅速膨胀。阿睦尔撒纳作为前锋,在平准战事中,扩大自身的势力范围,增强了自身的影响力,产生了称霸厄鲁特草原的念头。他私自调兵盘踞伊犁并向哈萨克部落宣称自己是平定伊犁的首要之人,为自己登上厄鲁特四部总台吉之位造势。

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乾隆发动平准战争就是要防止准噶尔部实力恢复之后再起边衅,声威日盛的阿睦尔撒纳既怀有逆反之心,清朝则断然不能再让他留在厄鲁特草原。于是,乾隆密令班第将阿睦尔撒纳就地处决。然而此时清军由于缺粮己陆续撤出草原,仅余5百士兵在伊犁驻守,消息走漏令阿睦尔撒纳逃回伊犁。

为了应对阿睦尔撒纳叛乱,乾隆加紧重新选任厄鲁特四部的首领,在清朝的笼络政策下,许多叛变的部落又纷纷向清朝投诚。乾隆二十二年三月,鉴于准部的降而复叛,乾隆改变了两次作战以来“以新归顺之厄鲁特攻厄鲁特耳”的作战方针,调集了满洲、索伦、蒙古等地士兵7千余人前往作战。

为了稳定地方,清军进军的同时在己收复地区酌留了绿营军、回人屯种。此后,战事进展顺利,3个月后清军顺利进入伊犁,阿睦尔撒纳逃往俄国,九月俄国将其尸首交给了清政府。

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清军大军撤出厄鲁特草原之后,一些已经投降的厄鲁特部落又再次复叛。厄鲁特部落的叛服无常行为令乾隆大为恼怒。为了彻底杜绝边患,乾隆开始大肆杀戮降兵。为了躲避清军的屠杀厄鲁特人纷纷出逃,有的逃往俄国和哈萨克部,有的藏匿于森林中,最终叛乱的火花被彻底埋葬。