虽然明代是宦官专权极为严重的一个朝代，但《明史·宦官传》的纂修者认为明代宦官中也有“贤者”，并列举三人，其中之一，便是怀恩。

关于怀恩的姓氏、籍贯，史书中有两种说法。《明史》中说他本姓戴，山东高密人，兵部侍郎戴纶的族弟。他的父亲叫戴希文，任太仆寺正卿。宣德年间，戴纶以心怀不满罪被谪死抄家，戴希文等也因此而遭株连被杀，因怀恩年幼，被列入籍没为奴的名单，因而被净身，送入宫内，当了小内侍。怀恩这个名字是入宫后给起的，之所以叫怀恩就是要他终生念念不忘朝廷的大恩大德。而在《献征录》里则说他本姓马，是苏州府人。宣德时入宫，赐姓怀，成为小内侍。至于真正姓什么，我们攒钱不论。

怀恩幼年入宫，他聪明好学，在内书堂用心读书习字，学习文化，办事勤快，不论干什么，都非常谨慎小心，经过了二十多年的磨练，逐渐取得了朝廷的信赖。明宪宗即位后，怀恩被任命为司礼监掌印太监。司礼监是宦官衙门中最有实权的一个衙门，在这一时期，宦官汪直控制西厂，梁芳、韦兴等无耻之徒，竭力巴结汪直。但是，他们的经历、年资，都比不上怀恩。再加上怀恩一身正气，性情耿直，具有一定的文化素养，熟悉朝中典章制度，所以在内侍中颇有一些威望，也为朝中大臣所敬重。

明宪宗朱见深即位时，明朝可谓是多事之秋。层出不穷的内忧外患，摆在这个新天子面前。而这位新天子既无励精图治的谋略又无决心。正是在这种形势下，宪宗身边的太监往往成为出头露面的人物，参与军国政事的议决。

成化三年（1467年），宪宗命户部尚书马昂、副都御史林聪与给事中潘礼、陈越负责清理京营文案。但因京营的将官与朝中文武大臣多有联系，要对京营弊端进行清查，不是一件容易的事。礼部尚书陈文为了使这次清理取得应有的效果，他提出必须派内臣参与清理，方能保证清查的顺利进行。他还推荐让太监怀恩参与。宪宗采纳了这一建议，命怀恩与马昂等前去清理。在清查过程中，他秉公论断，不屈服于权贵与邪恶势力，从而使清查取得了成效。

如何对待建州女真，关系到东北地区的安危。辽东巡抚右副都御史陈钺贪残而狡诈。成化十四年三月，他无端杀死建州三卫的友好使者，报功求偿，激起变乱。消息传至京师，众议纷纭。无时无刻不在窥测方向，以求一逞的宦官汪直，认为这是大显身手的好时机，想亲赴辽东处理此事。宪宗虽然信赖汪直，可也觉得东北地区情况复杂，不可轻率，于是命怀恩等七人赴内部会同兵部商议如何妥善处理。怀恩与朝中大臣都深知汪直的为人，认为派汪直前去处理，他必然以钦差大员自居，滥施淫威，扩大事态，不仅不能迅速平息变乱，反而会严惩陈钺，导致各边巡抚、总兵官的不安。为此，他提出选派得力大臣前去处理。这一建议，得到阁臣与兵部官员们的赞许。他马上奏明宪宗，遂命兵部右侍郎马文升与通事都指挥詹升等人前往辽东。马文升一行急速到达辽东，与辽东镇守、总兵官一起，分析情况，研究解决问题的具体做法，邀请建州三卫的头目进行谈判，向他们申明朝廷对东北各族的抚慰政策，讲清和战的利害，从而迅速地平息了变乱，受到东北民众和朝中上下的称赞。

造谣诽谤，排斥正人，捏造罪名，陷害忠良，是古往今来那些奸佞之徒惯用的卑劣伎俩。他们那种阴暗的卑劣无耻的企图，决定了他们不敢堂堂正正的行动，必然要采取阴谋手段。这样，就使许多有胆有识的正直之士，往往蒙受不白之冤，遭到残酷打击、野蛮迫害，甚至被抄家灭族。

怀恩身在宫中，亲眼看到官场上一幕幕令人触目惊心的斗争，对于搞阴谋诡计的宦官奸佞之徒深恶痛绝，对于无辜遭到排斥、打击的正直之士深表同情。他从维护朝廷的威严出发，极力为蒙受冤屈的正直之士申辩。

宦官阿九为宪宗皇帝所信赖。他的哥哥任京卫经历。因犯罪受到职方郎中刘大夏的笞打责罚。对此，阿九怀恨在心，遂无中生有，向宪宗诬告刘大夏。宪宗不分青红皂白，下令将刘大夏逮捕，关进诏狱，又传令东厂进行侦缉、搜查，结果一无所得。怀恩查知其事之原委，得知刘大夏实属冤屈，于是全力营救，为刘大夏申辩。经过东厂的侦缉、搜查，也未找到刘大夏的任何罪证，于是宪宗决定对刘大夏杖责二十而后释放。

怀恩对于宪宗可谓一片赤诚，效尽犬马之力。可是，到头来仍不能免遭宪宗的斥逐。

这是因为万贵妃的谗言所致。万贵妃是一个不寻常的女子。她比宪宗大十九岁。但她却能使宪宗对她宠爱如一，成为始终最受宠的宫妃。为了不使自己失宠，她把眼睛钉在其他宫妃身上，生怕别的宫妃怀孕、生子。尽管她机关算尽，可是终究也不能禁绝。成化七年，柏贤妃生子朱祐极并被册立为皇太子，没多久就被她害死。成化十一年，纪氏所生的朱祐樘立为皇太子。对此，万贵妃恨在心头。她与梁芳等合谋，多次劝说宪宗废掉朱祐樘，另立邵贤妃生子朱祐杭为太子。宪宗宠爱万贵妃，自然应允，但是国有国法，朝有朝章。朝臣们见万贵妃居心叵测，想改易太子，都非常气愤，坚决抵制。这时，万妃和宪宗也清楚地看到在改易太子问题上，怀恩是一个举足轻重的人物。如果怀恩同意，便可以通过他的地位与影响去做工作，成功的希望还是有的。反之，如果怀恩坚决反对，那就难度更大，可以说毫无希望。

这天，宪宗召怀恩入见。谈话之间，宪宗顺便说到改易太子一事，怀恩自然也非常明白圣上的用心。他不由分说，当即脱帽叩头劝宪宗不能改立太子。说罢，伏在地上，痛哭流涕。宪宗见到这般情景，只好作罢。万贵妃闻知，为了解下这心头之恨，她唆使宪宗降旨斥逐怀恩，让他到凤阳守陵司香。

两年之后，宪宗宾天。皇太子朱祐樘奉诏嗣位登基，是为孝宗。孝宗在为太子时，对于怀恩的所作所为及其遭贬都知道的一清二楚。他即位之后，决心修明政治，革除积弊，广开言路，起用正人。文武百官纷纷为他献计献策。恰在这时，一个叫姜洪的御史上疏力荐怀恩，再加上孝宗也知其冤枉，于是降旨召怀恩回京，官复原职，仍掌司礼监事。

没有多久，这位在宫中勤奋供职终生的老太监，终因积劳成疾长辞人世。为了表彰他的功德，孝宗于弘治元年（1488年）闰正月二十八日，特意批准为他建造显忠祠。