有很多的建筑历史比较久，当时的法律制度还没有那么健全，尤其是相关法律法规实施之前的建筑，很多是没有相关的手续或者证件的，那么这些建筑就不能说是违建，也不能一味地拆除处理。农村有很多这样的建筑，尤其是一些祖上传下来的老房子，很多都属于这种类型。由于2008年起施行《城乡规划法》，在2008年以前，适用1990年施行的《城市规划法》。根据“法不溯及既往”的原则，这些建筑都不能认定为违建。

再比如，农村的一些养殖场很多是不需要建筑审批手续的，但是也需要到相关的部门进行备案。类似这样的养殖场，无法办理相关的建筑审批手续，那么也是不能归类为违建的，也不符合相关的法律法规。

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根据《城乡规划法》的规定，城乡规划主管部门不得在城市规划确定的建设用地范围外作出建设规划许可证。畜禽舍以及其他的工厂化作物栽培、水产养殖等用地，因为是属于设施农用地，所以按照农用地管理的情况下，它不是建设用地，也就不能够办理相应的规划许可。因为这些土地性质是农用地设施农用地，按照农用地管理不属于建设用地，所以也就不能办理规划许可证。

2021年1月4日，自然资源部印发《关于加快解决不动产登记若干历史遗留问题的通知》指出，各地要高度重视历史遗留问题化解，积极推动构建“政府主导、部门联动”的工作机制，细化配套政策，防止违法违规行为借机搭车，根据“缺什么补什么、谁审批谁负责”的原则，明确责任主体、措施和时限，加快推进。

该通知也提出来各地要重视历史遗留问题的化解，根据“缺什么补什么，谁审批谁负责”的原则，明确责任主体、措施和时限，加快推进。此通知的发布促进了该类由于历史原因导致的一些问题，尤其是对于国有土地上的企业的登记问题，指出来明确的方向。

于招商引资类的房屋，很多企业是由于当时的政策鼓励先进行投产建设，然后再办理相关的证件。可是也有很多由于各种原因，没有办理相关的手续，这类的建筑不能认定为违建。主要是这些企业在建厂时，当地的一些主管部门是承诺过给予办理，或者通过绿色通道让企业先建厂，后办理手续。行政机关应当遵守当时的承诺，遵循信赖保护原则。