十六世纪的法国因宗教改革而引发天主教与胡格诺新教的相互排斥与冲突。为了化解这个引起社会动荡的纷争，凯瑟琳太后让自己的女儿玛戈嫁给纳瓦尔这个地区的国王亨利。但这桩有条件的政治婚姻让亨利与玛戈始终防御着对方。由于玛戈与她的兄弟安茹有染，自然引起安茹因情欲对象丧失而燃起的仇视。

事实上这一场婚宴是凯瑟琳的精心设计，在夜黑风高的夜晚展开一场大屠杀，亨利带来的上千人马，一夜之间几乎全遭杀害。但危急之际亨利在玛戈的诱导下不得不改信天主教，使亨利暂时逃过一劫。

大屠杀之前，玛戈与亨利有了言语冲突，遂外出勾引男人，因此遇上了拉莫勒。大屠杀时拉莫勒遭受柯柯纳的攻击而逃入玛戈的卧室，在玛戈的坚持下，柯柯纳暂时退出。

但当拉莫勒逃出时又与柯柯纳缠斗，两人几乎两败俱伤而被当作死人运往乱葬岗埋葬，所幸刽子手发现二人尚有气息，于是救了二人。拉莫勒先行醒来，不但未伤害柯柯纳，反而救了他，柯柯纳苏醒后感激不已，两人遂成为好友。

狩猎日，国王查理九世欲追野猪，但反而跌倒被马压在下面，幸好国王的弟弟欲借机谋杀他时亨利救了查理，查理带亨利回密室，并将妻子玛莉及儿子介绍给亨利。

凯瑟琳好几次想杀亨利，都在查理的拖延之下逃过一劫，但查理不时劝亨利若有机会应赶快逃回纳瓦尔。但亨利始终坚持要带玛戈走。

凯瑟琳买了一本狩猎书暗中放置毒药在书页中，原本欲陷害亨利，没想到书被查理早一步拿走。查理没多久就发现自己中毒了，由宫廷香水制造师那儿知道，放毒药的人竟然是自己的母亲。

亨利在手下的保护下急急逃回纳瓦尔，并恢复对新教的信仰，也由此鼓舞了纳瓦尔的士气。此时拉莫勒因愧对亨利，遂在亨利的指定下毫无退缩地前往皇宫欲带回玛戈，只可惜刚进城不久就被抓。

玛戈向查理请求特赦，但查理正在中毒生死边缘挣扎。查理死后，安茹立刻即位，而玛戈带着拉莫勒的头颅往纳瓦尔与亨利团聚。

号称法国电影史上难得一见的大制作《玛戈皇后》，面对的是庞杂的人际互动以及私欲熏染冲突；导演为了突显运镜节奏，剪接技巧，必然得割舍许多情节；这亦是一些大史诗剧中的通病。

所幸本片的整体表现还不至于落入一般窠臼，加上几名优秀演员的个性呈现，遂使得本片有着另类的璀璨。虽然人物繁杂，对法国历史不完全了解，难免会有无法贴近的感觉；但原则上在导演有条理循序渐进的推介下，这些困境减低到最轻。

大仲马的原著固然使得玛戈这名角色因被放大而呈现了令人震撼的传奇性格，也因为故事的渲染，使得观众对十六世纪的法国当代风貌有了进一步的了解。

藉由法国宫廷的争权夺利以及荒淫混乱，呈现了历史的演变并加诸于人性的挤压之后，从而凸显了人性与兽性的并行与分野。历史上兄妹乱伦的事件层出不穷，却不似法国宫廷如此堂而皇之。

当然本片之着力点在于宗教新旧的争执，所演变的大屠杀固然令人触目惊心，却也提供了更多令人思索的空间。

凯瑟琳皇后从意大利嫁至法国，巩固天主教的地位是责无旁贷，但真正的原因是位居高位却得时时提防政治变局。为了消除这种恐慌只有以毒攻毒，意即以动荡不安来掌控动荡不安。而女儿变成她的一颗棋子也就不足为奇了。

婚礼的场面壮丽而庄严，但当查理九世强压妹妹的头表示「她愿意」时，一切营造的表象瞬间就解体了。不仅如此，几名王子兄弟在婚礼上相互嘲弄，只因嫉妒对方曾与自己的妹妹同过床。

看似荒诞无道的世界却也无法禁绝真爱的呈现。玛戈在新婚之夜戴上面具到宫廷外寻求性的刺激与慰藉，没想到却引燃了她与拉莫勒的一段真情。从性而爱虽然与传统有着相反的面向，却无妨真爱的交流。

屠杀之夜，受伤的拉莫勒逃入玛戈的卧室，玛戈冒死救了他，却也牵引了拉莫勒与追杀他的柯柯纳日后的友情。

玛戈虽与丈夫亨利是妥协下的婚姻关系，但潜意识中也是有某种程度的夫妻认同，否则就不会不止一次当面警告亨利，希望他有机会应该尽速逃离。而亨利好几次与玛戈的兄长争执冲突，自然也是潜意识的移情作用。他其实也是深爱玛戈的；而玛戈自然也有一定程度的认同，否则就不会与亨利同过床。

当宗教衍展到床第之间的认同时，是相当荒谬而令人不安的，但这却是当时法国宫廷争执的所在。危急之际，玛戈暗示亨利放弃新教而改奉天主教；亨利的抉择固然痛苦，却也救了他一命。

在庞大的情节中，编导还是将焦点放置在凯瑟琳欲谋杀亨利这个议题上，但没想到却误杀了查理九世。母子相残，世间还有比这更悲惨的事吗？

拉莫勒与玛戈的情爱，使他在面对亨利时不免有些愧疚，但亨利却不计前嫌；这自然触动了拉莫勒到皇宫救回玛戈的意图。亨利并非不爱玛戈，只是不愿表达出来罢了。他曾对查理九世表示，愿带玛戈回纳瓦尔，因为那儿是宁静怡人之所，对一名统治者而言，在情爱的表现上，这已经是相当明确了。

权力与欲望永远是相随紧跟，任何人身陷其中似乎就很难置身度外，古今中外的例子大都是相当近似的。问题是身在其中的玛戈似乎像一名先知一般，永远知道自己的位阶何在；更懂得善用自己的身体驾驭这一切。不管日后谁来即位，玛戈自信自己绝对不会被疏离而丧失荣耀。

玛戈似乎承袭了母亲身上的血液，只是她多了爱的探知与付出，支持这种决定的因素来自她的青春动能。在一片淫欲中慢慢追索后，必然会发现性欲的背后真谛绝对是情爱的渲染。

受伤的拉莫勒躺在玛戈的怀中，不免触动她的母性关怀；就另一种意义来诠释，玛戈的真实体认也是来自那场变动的大屠杀。

纵观宫廷的每个人，几乎都活在惊恐当中，但要他们放弃王室身份而过平淡的生活，却又无人附和。这是人性的卑劣见证，非得要真正面对死亡的要挟之后，才能了悟生命真谛。

查理九世在知道中了母亲放置书中的毒之后，却也无心听玛戈的恳求写一张特赦拉莫勒的命令，直到他咽气时，拉莫勒的人头也落地了。

玛戈最后在马车上往纳瓦尔而行，她说身上有血迹无所谓，因为只要她有着微笑就可以了。这句话真实而准确地呈现身处动乱不安的大环境中，玛戈一贯的自处之道。如果身上有血迹，谁还能笑得出口？因为谁都不是玛戈，唯有玛戈才有如此的见地。

凯瑟琳这个角色拿下戛纳影展最佳女主角，但其实每名角色都是相当称职的。面对历史的过去，真的有许多让人深思之处。