穗莞深城际从建设到运营都备受诟病，运行速度慢是被大家批评最多的指标之一，穗莞深城际设计时速只有140公里，被认为是国内设计速度最慢的城际铁路。时速140公里甚至比广州的快线地铁18号、22号的时速160公里还要慢，穗莞深城际被戏称“广深地铁线”。

目前深圳在建的穗莞深城际深圳机场至前海段和穗莞深城际前海至皇岗口岸段设计时速都是160公里，显然比原有的要快。160公里时速速度也很一般，但也是目前大多数城际铁路采用的设计，比如深惠城际、深大城际。当然有更高速度的比如广惠城际和广佛环线时速就是200公里。当然设计速度低造价也低。

笔者认为穗莞深城际是有提速空间的，首先跑的动车组是一样的，路线弯道可能是也有冗余的，最后电车提速改造在国内很常见。广深铁路就是经过提速改造把时速提高到200公里的。