在割据时期，荆州对于南方政权的重要性不言而喻。刘裕为了削弱荆州对朝廷的威胁，决定从荆州分出十郡，重新恢复晋怀帝司马炽时的湘州建制。湘州辖境比今天的湖南略小一些，后来湘州屡经各朝行政区划的变迁，发展成今天的湖南省，州治在长沙郡临湘县。
荆州治所江陵城的战略地位依旧如初，但荆州地域被限制在长江三峡流域一带，从此不再有威胁朝廷的绝对实力，继刘毅之后任荆州刺史的是晋朝宗室司马休之。
夺回了荆州，刘裕的野心没有得到满足，因为他又看上了荆州西面的益州，也就是四川。此时割据益州的是原益州安西府参军谯纵，谯纵攻杀了原刺史毛球，霸占了巴蜀天府之地，趁着朝廷内乱，在益州做了几年大王。
谯纵称不上乱世枭雄，但也是个有野心的，他不甘坐守西川，想扩大点规模。谯纵一边派人到长安，拜了姚兴的码头，向后秦称臣，同时积极准备，随时东犯朝廷。有抱负是好的，可谯纵的对手却是刘裕。
刘裕也早就瞄上了西川，因为西川扼守上流，万一益州被姚兴拿了，失去上流防守险隘，江东就麻烦了。刘裕调西阳（今湖北黄冈）太守朱龄石为领益州刺史，同宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟、龙骧将军朱林等，带着两万弟兄从江陵出发，西讨谯纵。
朱龄石出发之后，刘裕于义熙九年（公元413 年）二月离开江陵，顺流还京。对刘裕来说，灭掉刘毅，仅是他人生中无数军事斗争和政治斗争中的一个胜利而已，眼前还有许多不顺眼的人都需要消灭，除了刘毅，还有留守京师的豫州刺史诸葛长民。
诸葛长民与刘裕的关系和刘毅基本差不多，都不过是暂时请刘裕出头当大哥而已，从来不服刘裕。眼见刘裕的小日子越过越滋润，诸葛长民不住地吐酸水。诸葛长民和刘毅的关系比较铁，刘毅是狼，他就是狈。刘毅被刘裕给灭了，诸葛长民非常恐惧，他太了解刘裕的性格了。
诸葛长民对刘裕的专横霸道极为不满，私下告诉心腹∶"往日杀彭越，今日杀韩信，我知道他马上就要对我下手了。"且不说刘毅能不能比得了彭越，但以诸葛长民的本事，是无论如何都比不了韩信的。诸葛长民的弟弟诸葛黎民也不是个安分的主儿，劝哥哥早些动手，万一刘裕回来，那就来不及了。
诸葛长民也是这个想法，不过诸葛长民实在不是个做大事的，他连谁是刘裕的心腹都不知道，居然敢去找刘穆之诉不平，说什么刘裕不信任我。
刘穆之哪会和他一条心，当下驳斥他∶"太尉西讨，留将军守京师，太尉家眷都托付于将军，这还不算信任? "诸葛长民虽然下定了和刘裕翻脸的决心，但动作慢似蜗牛。他这边还没动静呢，刘裕那边就已经得到消息了，估计就是刘穆之放的风声。
刘裕为了稳住诸葛长民，先派人入京告诉百官，说自己某某日将到，请兄弟们到码头迎接他。可百官们数次到岸边伸头西望，也不见刘裕的影子，其中也包括心怀鬼胎的诸葛长民。
诸葛长民不知道是怎么做事的，何必等到刘裕来，早早在京师下手岂不是更好?当诸葛长民还在盘算刘裕的还期时，刘裕已经乘小舟秘密入建康，随后刘裕就派人延请诸葛长民。诸葛长民大惊失色，不知刘裕是从哪冒出来的，急往去见。
刘裕见诸葛长民来了，非常热情，拉着诸葛长民的手问长问短，笑容可掬。刘裕请诸葛长民入内，斥退左右，室中只有他们两人。刘裕很感慨地把自己出道以来，从来没有和别人说过的心窝子话全都掏给了诸葛长民，虽然刘裕的话史无明载，但肯定都是绝对的隐私，估计刘穆之都没有这样的待遇。
诸葛长民知道了刘裕的许多私密，大喜过望，心想∶"刘裕，你的死期真的要到了，给我说这些，算是你的临终遗言吧。"可他哪想到，这不是刘裕的遗言，而是刘裕念给诸葛长民临终前的哀悼词。
刘裕见时候差不多了，轻咳一声，诸葛长民还没有反应过来，就见从帘后闯进一个彪形大汉来，二话不说，就把诸葛长民从榻上拽了下来，摁在地上一顿痛殴。诸葛长民被活活打死。刘裕笑了笑，命人将尸体弄出去，随后下令斩杀诸葛黎民，诸葛长民的小弟弟诸葛幼民逃入山中，也被刘裕搜了出来，当场砍头。
打死诸葛长民的这个壮汉名叫丁阵，是刘裕的贴身卫士，力大无比，名震京师，时人作谚云∶"勿跋扈，付丁昨。"意思是说∶你千万不要得罪刘裕，否则丁许就会跳出来打死你。
被刘裕视为心腹大患的刘毅和诸葛长民都做了鬼，京师已经没人敢和刘裕作对了，至多是敢怒而不敢言。收拾完了政敌，刘裕就可以放开手脚地施展自己的政治抱负。
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