天命八年（1623年）五月三日，晨，努尔哈赤以额尔德尼之死召集、训诫诸贝勒大臣。努尔哈赤说：“额尔德尼曾说自己是以忠效死。如果哈达格格将雅荪妻赠送东珠的事如实告诉诸贝勒，你们诸贝勒也确实知道，那就是我的枉谬。获得他国的人，也当视为友人去恩养，如此众多的用以差遣幕友，怎可轻易杀死？折一枝箭还尚可惜呢！额尔德尼怎么能说是忠呢？

从前，大阿哥（褚英）在世时，额尔德尼、乌巴三公曾进谗言。至于攻取辽阳城，不是你一个人的力量，你为什么独取30头猪的肉？我得一物，尚须平分共食！哈达、叶赫的诸贝勒，都不善养自已的僚友，而是引诱他贝勒的僚友，互相赠与、收受财物，所以政治乱了。

鉴于如此，当初就曾训示你们：‘如果贝勒有赏物，要赏给各自旗的人；诸申（指女真人）有请求，要请求各自的旗主、贝勒。不要越旗赏赉，不要越旗索求，如果越旗赏求，就治罪。并且，这些话是由额尔德尼亲手抄写的。你哈达格格是多铎阿哥统辖的人，为什么越旗向别的旗贝勒索求财物？即使有诸贝勒倾囊给赏的机会，无论如何也很难让你遇到。贝勒如果赏赐，为什么不赏他人，唯独赏你一个人？

住在辽阳城时，一找额尔德尼，，就是己经去了四贝勒皇太极巡察的地方；再找，仍然又是去了四贝勒皇太极巡察的地方。那样经常去四贝勒那里不请示，归来不报告，如此举动不是挑唆，能是别的什么？

你哈达格格是我的心腹，然而，雅荪妻馈赠你东珠一事，为什么不向我报告？如果格格告诉诸贝勒，你们诸贝勒为什么没有上报给我？这就是你们的忠心吗？乌拉哈斯乎贝勒的东珠多得用斗盛置，然而，卖给我们的只是一二颗而已。我们卖给汉人，也只是一二颗。如此20多颗东珠，不知雅荪从何处得来？莫非雅荪有成斛成斗的东珠？你们审理此案的贝勒大臣，应该秉持忠心。

上有天下有地，我们唯有尽力审理，就能把事情弄清楚。哈达、叶赫、乌拉、辉发等部的众大臣不持公心，谗奷贪婪，所以亡国，他们自己也死了。上天注定，国各有臣，天佑忠臣，君王得福，则臣等也将得福；天谴邪恶，君王无福，则你们也无福。哈达、叶赫、乌拉、辉发等部灭亡了，现在他们的大臣还在吗？都已经是坟里的人了。君毁则臣亡，君福则臣亡。希望你们诸贝勒大臣好自为之”。

就因几颗东珠杀死功臣，努尔哈赤是当时特定的情况下政治需要而诛杀，后金朝野中声望最高，才子。对他的处死，反响十分强烈，均为额尔德尼惨遭陷害而鸣不平。让努尔哈赤以残酷手段压下去。

努尔哈赤死后，皇太极即位，皇太极正式为额尔德尼平反，高度评价他创制满文的丰功伟绩，指出“额尔德尼是创造国书，乃一代杰出之一”。

顺治十一年（1655年），顺治帝下旨，追谥额尔德尼为“文成”。