省会城市和计划单列市是两种概念。省会为省的行政中心（政府驻地），是国家一级行政区（一般为省）的政治、经济、科教、文化、交通中心。而我国一级行政区不仅有省，还有自治区、直辖市和特别行政区，它们的行政中心并不称作省会，其中自治区的行政驻地通常称首府；直辖市和特别行政区则称之为政府所在地、驻地或治所。北京作为我国的行政中心，称之为首都。计划单列市，全称为国家社会与经济发展计划单列市，其管理受中央和所在省的双重领导，但以省领导为主，有相当于省一级的经济管理权限的城市，目前，全国仅有5个计划单列市，分别为大连、青岛、宁波、厦门和深圳。省会城市和计划单列市有相同之处，但区别也很大，主要集中在以下几点：

第一、经济管理权限不同。省会城市的经济管理权限在省里，下达经济指标和财政收入上交等都由省里决定。计划单列市却有省一级的经济管理权限，中央、国家部委等给省、直辖市下达经济指标，要直接列出计划单列市的经济指标。另外，计划单列市在国家计划当中单列户头，其财政直接对接中央财政，但不一定就与所在省财政完全脱钩。实际执行中，存在计划单列市仍需在不同时期以不同形式和比例向所在省区上缴一定的财政收入的情况，即“单列不脱钩”。

第二、行政级别可能不同。省会城市的行政级别根据其政治地位、经济状况等设置副省级城市和地级市两种。目前我国省会城市中有10个副省级市，从北往南分别为哈尔滨、长春、沈阳、济南、西安、南京、杭州、武汉、成都、广州，而其他省会城市包括长沙、郑州、南昌、海口、昆明、福州等等都是地级市。而目前的5个计划单列市包括大连、青岛、宁波、厦门、深圳等都是副省级城市，其级别要高于很多省会城市，特别是在福建省，出现了省内城市计划单列市厦门的行政级别高于省会城市福州的情况。如果省会城市和计划单列市都是副省级城市，其所属的机构设置就是一样的；如果省会城市是地级市，则两者所属的机构设置是不一样的。比如，地级省会城市的所属部门、下辖的区等都是正处级别，而计划单列市所属部门、下辖的区等都是副厅级别。行政级别的不同会引发一系列的不同，包括干部的级别、设置职级的比例等等。计划单列市4套班子的正职领导都是副部级，而地级省会城市4套班子的正职领导法定级别都是正厅级，只有市委书记可能会高配副部级。计划单列市机关所能设置的职级比例也是大大高于地级省会城市。

第三、城市定位有所不同。省会城市的主要定位是省的行政中心，省级机构基本上都会设置在省会城市，包括省委、省政府、省人大和省政协以及下属的部门。也正因为如此，省会城市在其他方面包括政治、经济、科教、文化、交通等也是中心。而计划单列市一般有着很好的地理条件，主要发展的方向还是经济，一般是区域经济中心，在政治、科教、文化等方面，可能会与省会城市有一定的差距。

综上所述，省会城市和计划单列市主要在经济管理权限、行政级别和城市定位等方面有一些差别。特别要说的是，如果两者行政级别有差别，那么带来的差别就会特别大。