王清任的一生充满了革新的精神。明末至清际，随着西洋科学文化的传入，不少科学家一面继承传统学术，一面吸收外来成果而有所成就。
可是在医学方面，尽管明末邓雨涵的《人身说概》（一六四三年）等书已经问世，传教士巴多明于一六七一年用满文译出来人体解刨书籍，但对社会影响不大。
王清任是一富有革新和创作精神的人，年轻时对解刨学等已经很留意，并对古医书所描 绘的人体内脏表示了怀疑，认为“著书不明脏腑，岂不是痴人说梦，治病不明脏腑，何异于盲子夜行。 ”他虽然想根据实地观察而对人体内脏有所了解，无奈在封建统治之下，人体解剖根本得不到施行。 三十岁时，他游于滦州稻地镇，正赶上当地小儿瘟疹等病流行，十死八九，贫穷人家多半用席裹埋以代棺木，而且习于浅埋，各义冢中破腹露脏的儿尸很多。 王清任为了亲见脏腑，遂不避污秽，每日清晨到义冢仔细查看尸体。 一连看了十天，发觉古医书中所绘脏腑图形，与实际不合。 后来为了弄清“膈膜”的实形，又先后观察了刑余尸体的内脏，并虚心向人请教。 如此访验四十二年，才绘成人体内脏图形，连同他的一些医学论述，集为《医林改错》一书，于公元一八三○年问世。
王清任对于人体内脏解剖确有不同于古人的发现，并改正了古人的不少错误。例如他证明肺下无透窍，亦无行气之二十四孔；膈膜以上仅有肺心，其余脏腑皆在膈膜之下；肝四叶，胆附于肝右第二叶；肝大面向上，后连于脊。另外，他基本上正确的分布和位置，还发现了视神经，认为“两目系如线，长于脑，所见之物归于脑。”当然，王清任的论述也有错误和粗略之处。例如他仍然把动脉当做含气之管，甚而偏激地轻易地否定了古人关于经络和脉学的论述。但是，如果考虑到他所处的历史环境，我们对这些缺陷也是可以谅解的。他的工作，在当时得不到必要的支持，甚至受到一些医家(如陆懋修等)的指责。他所工作的场所，只不过是荒郊义冢，所能观察到的标本，又多是犬食之余、刑杀之后的不全尸体，如此竟能坚持四十二年而最终有所发现，应当说是难能可贵的。
王清任的革新精神还表现在对其他一些与医学有关的问题的看法上。例如他竭力主张人的灵机记性不在心而在脑，认为耳、目、口、鼻等感觉器官都通于脑并受脑的主宰。又如他对前人认为天花起源于胎毒的说法，表示异议，认为痘非胎毒，而是一种传染性疾患，是由口鼻传人的。
在医学理论方面：
王清任根据个人的经验以及前人的论述，特别强调气血学说。他认为治病要诀，在明气血，无论外感内伤，所伤主在气血，由于某些原因，人体气有虚实，血有瘀亏，所以治病必须参考人体气血的情况。他所创制的方剂，多是以行气补气、活血散瘀为主。例如在补气方面，创用补阳还五汤、黄芪防风汤等十余种方剂，并善于重用黄芪。在逐瘀方面，创用血府逐瘀汤、膈下逐瘀汤、少腹逐瘀汤等方剂，并常重用桃仁、红花、赤芍等药物。更有意义的是，他把行气补气和活血消瘀结合了起来，在补气之中，又着重行气补血，所以可以说，补气药和消瘀药的合用，是他的特点。我们知道气血学说源于《内经》，历代医家对之有不少发挥，而王清任的补气消瘀理论，可说是发前人之所未发。
王清任主张著书立说必须亲治其证，屡验其法，反对脱离实际的空论和徒取虚名。他的理论和见解，大都出自个人的实地验证和体会。他采用的方剂，所治的病类相当广泛，根据后人的经验和体会，其中不少方剂用之于临床，确有卓效。这无疑是值得今日加以学习和研究的。
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