论文投稿必备︱上传核酸序列到GenBank|ncbi|序列|核酸|论文

GenBank是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸及蛋白序列。每个记录代表一个单独、连续、带有注释的DNA或RNA片段。每条GenBank数据记录包含了对序列的简要描述、它的科学命名、物种分类名称、参考文献、序列特征表、序列本身。GenBank的数据来源于全球各地学者的投送，它依靠全球学者提供的新数据使GenBank尽可能保持其综合性、及时性和准确性。NCBI及时准确处理这些新数据，更新已过时的数据，并协助学者们发送新数据。

我们可通过四种途径从GenBank数据库中检索数据：

1. 用Entrez Nucleotide搜索GenBank中的序列标识符和注释。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/

2. 使用BLAST搜索和匹配GenBank序列到查询序列。

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

3. 使用NCBI工具以编程方式搜索和下载序列。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

4. ASN.1和平面文件格式可在NCBI的匿名FTP服务器上获得

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/，及

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ncbi-asn1/

其实，许多期刊都要求作者在论文发表之前必须将核酸序列发送给GenBank。然后GenBank会返回accession number给作者，该序列存取号可随论文发表，并代表该基因序列数据。

为了方便作者向GenBank发送核酸序列数据，NCBI开发了一种基于www的投稿软件工具——BankIt

BankIt

BankIt软件允许我们将基因序列数据录入BankIt表格中，必要时，可编辑或增加生物学注释。数据录入后必须检测它的正确性和完整性，然后在BankIt页的下部点击“submit to GenBank”按钮。BankIt先将我们的数据转换成基因库的记录格式，再将它发送到基因库。我们可在文本文件中用自己的语言注明其数据来源和生物学特征。基因库的工作人员将浏览我们的文本文件，并将它们录入到相应的字段，如果发送正常，我们在24-48小时内会收到GenBank返回的序列存取号。

BankIt允许我们使用www将序列发送到GenBank，所以我们需要输入以下信息：

1.投稿者联系信息，包括投稿者姓名、联系地址、电话号码和传真、Email地址等；

2.参考文献信息，包括投稿者和合作者的姓名、论文题目、期刊名、年卷期次、参考文献等；

3.序列的描述，包括生物学来源及序列类型等；

4.序列数据，将DNA序列剪贴到输入框中。

通过BankIt上传核酸序列的操作步骤

1. 进入NCBI的BankIt网页后，需先注册一个NCBI账号。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/index.cgi

2. 登入后，点击New submission，准备上传数据。

3. 上传数据前要填写数据投递者的联系信息、文献信息、序列描述等有关信息，检查无误后点击“continue”。

使用高通量测序平台，需提供基因组序列拼接的软件和版本，另外还需填写Coverage（×），计算方法为：mapping到线粒体的HQ Data数据量/线粒体基因组大小。

4. 提交序列时，只能粘贴序列或上传fasta文件。