消灭南燕，平定卢循之乱，解决了刘毅之后，刘裕为了能够放心的对外用兵，在内部又相继处理了两个人∶诸葛长民和司马休之。诸葛长民是推翻桓玄的元老级功臣，刘裕亲自带兵去江陵对付刘毅的时候，把建康交给了诸葛长民来镇守。

刘裕把建康托付给了诸葛长民，不过这诸葛长民却是个骄奢淫逸的主儿。刘裕走后，建康由自己说了算，诸葛长民就开始大肆压榨百姓，搜罗美女供自己享用，老百姓们苦不堪言。

坏事干多了，心里就容易有鬼，再加上刘毅被杀的消息传来，诸葛长民内心更加不安，对亲信说∶"往年杀彭越，今年杀韩信，看来我也要大祸临头了。"

彭越和韩信是帮刘邦打天下的，后来都被杀害了，诸葛长民引用这个例子，暗示刘裕在大杀功臣，自己是被迫自卫。

诸葛长民这个比喻显然不太恰当。刘裕目前只杀了刘毅，而且是在刘毅有明显反叛迹象的情况下行动的，并没有大杀功臣，诸葛长民是因为坏事干多了怕刘裕怪罪，因此想先下手为强而已。

打定主意之后，诸葛长民暗中开始谋划，准备起兵对付刘裕，他先是试探重臣刘穆之;"有人说太尉（指刘裕）和我有矛盾，这是什么情况?"

刘穆之和诸葛长民都受刘裕重托，负责镇守建康，突然听到诸葛长民来了这么一句，刘穆之吓了一跳，安慰他说∶"刘裕把家人都托付给你诸葛长民了，哪有什么矛盾?"

听刘穆之这么一说，诸葛长民又犹豫了，目前看来，刘裕对自己的确还不错。

诸葛长民有个弟弟叫诸葛黎民，这家伙是个不怕事大的人，劝诸葛长民趁刘裕没回来，立即动手。

虽然弟弟劝自己早点动手，但是诸葛长民始终在犹豫，左思右想之后说∶"以前穷的时候想做个富贵之人，但是富贵常常伴随着危机，现在我就算想当个平民也当不了了!"

然而刘裕耳目众多，他很快知道了诸葛长民准备叛乱的事情。如果让诸葛长民的计划成功，东晋恐怕又会爆发一场内战，造成巨大的损失，刘裕不想酿成大祸，决定迅速解决诸葛长民。

于是在诸葛长民还蒙在鼓里的时候，刘裕突然返回了建康，出现在了自己的府中。

诸葛长民得知刘裕突然回来了，大为惊讶，出于礼节，他不得不去刘裕的府邸拜见。

刘裕料到诸葛长民一定会来拜见自己，事先安排了一个叫丁昨的大力士藏在府里，诸葛长民来了之后，刘裕很热情地接待了他，二人聊起以前的故事，聊得很尽兴，诸葛长民逐渐放松了警惕。

这时刘裕打了一个暗号，埋伏已久的大力士丁昨冲了出来，对着诸葛长民就是一顿拳打脚踢，很快就把诸葛长民给打死了。

接着刘裕又下令杀死了诸葛黎民，化解了一场内乱。

司马休之是继刘毅之后担任荆州刺史的，他是司马皇室中比较有能力的一位，在荆州颇得人心，势力一天比一天强大，这引起了刘裕的警觉。

荆州和建康共享长江之险，古代走水路比走陆路要快，从荆州坐船顺流而下，可以迅速抵达建康，东晋历史上有过多次荆州大将举兵威胁建康的先例，刘裕自然知道荆州的重要性。他决定先敲打一下司马休之。

当时司马休之的侄子司马文思留在建康，这个司马文思喜欢舞刀弄剑，经常聚集一些侠客，刘裕就以这个为理由，把司马文思抓了起来。

抓了司马文思之后，刘裕自己没有直接处罚他，而是派人把司马文思押送到了荆州，交给司马休之处理。

这其实就是给司马休之一个下马威，一种警告。

司马休之的反应很快，他立即向朝廷上书，请求废除司马文思的谯王名号，并写信给刘裕表示感谢，表现得很听话。

不过这种听话只是表面的，司马休之作为当时司马皇室里的佼佼者，面对刘裕的日益做大，他当然不会坐视刘裕颠覆司马家的江山，司马休之暗中依然在积蓄力量，准备对刘裕发起攻击。

司马休之的举动没有逃过刘裕的眼线，既然敲打没有起作用，那就只好真打了。

公元415年，刘裕把司马休之留在建康的儿子和侄子抓了起来，赐死狱中，然后带兵去讨伐司马休之。

前文里我们曾经提到雍州刺史鲁宗之，这个人和刘裕关系不好，这次一看刘裕来打司马休之，他就和司马休之结成了同盟。鲁宗之和儿子鲁轨一起带兵来到了江陵（今天的湖北荆州市一带），支援司马休之。

这个鲁轨有两下子，相继击败了前来攻击的江夏太守刘虔之和彭城内史徐逵之，看起来似乎能斗上几个回合。

不过他的表演时间很快结束了，不久之后，刘裕大军抵达江陵，刘裕亲自督战，将领们在刘裕的激励之下，奋勇杀敌，司马休之和鲁轨的部队很快被击溃，被迫踏上了逃亡之路。

平定叛乱之后，刘裕为了安抚百姓，促进生产，采取了一系列措施。东晋时期豪门大族的势力很大，很多山川湖泊之类的自然资源都被他们垄断，老百姓想砍个柴或者钓个鱼都得交钱给豪强，刘裕利用自己的影响力向朝廷上书，改变了这种状况。

当时战争频发，很多老百姓被迫离开家乡，在外逃亡，一些豪强趁机藏匿流民，作为私用。朝廷难以得到各地准确的人口数字，也难以利用相应的人力资源。刘裕发现了这个问题，大力打击不法豪强，在多地实行"土断"，即根据老百姓当前真正居住的地方来划分户籍，并对过多的郡县进行合并。这些措施起到了安定百姓、促进国力发展的作用。

稳定好内部之后，刘裕把目光看向了北方的后秦。