已解密的苏联文件显示，在是否派军队进入阿富汗问题上，苏联高层内部多次激烈争论。1979年12月12日，苏共总书记勃列日涅夫和苏共政治局专门委员会决定出兵阿富汗，以“向友好的阿富汗人民提供跨国援助，并为禁止邻国反阿行动创造条件。”1980年，联合国大会通过反对“外国武装干涉阿富汗”的决议。
日内瓦协议
1988年4月14日，通过联合国的斡旋，巴基斯坦和阿富汗外长在瑞士日内瓦签署了阿富汗问题解决协议，美国和苏联作为保证国参与。苏联承诺在九个月内从阿富汗撤出其军队，美国和巴基斯坦停止支持反政府游击队。截至协议签署时，苏联驻阿富汗部队人数已达10.03万人。
苏军撤离
1988年4月7日，苏联国防部长德米特里·亚佐夫签署命令，确定了从阿富汗撤出有限苏联部队的程序以及确保行军安全的方法。
苏联军队从阿富汗撤军共分两个阶段。
1988年5月15日至8月15日，第40集团军共5万多人，从贾拉拉巴德、坎大哈、拉什卡尔加赫、法扎巴德和昆都士等地撤离。
1988年12月至1989年2月15日，第40集团军剩下的一半人撤离。2月4日，第 40 集团军的最后一支部队离开喀布尔。2月8日，喀布尔至萨朗山口道路沿线的警戒哨全部撤防。两天后，这条路交由阿富汗政府军守卫。撤退工作于1989年2月15日完成，最后离开阿富汗的是陆军司令鲍里斯·格罗莫夫中将和边防分队。
1991年10月，苏联领导人决定自1992年1月1日起，停止对阿富汗政府的军事援助。1992 年 4 月，纳吉布拉政权垮台，权力移交给了宣布成立阿富汗伊斯兰国的反政府游击队过渡委员会。1994年11月，塔利班占领喀布尔，随后宣布建立阿富汗伊斯兰酋长国。
苏联损失
据俄国防部统计数据，1979年12月25日至1989年2月15日期间，苏联共有62万名军人在阿富汗境内服役。其中，52.52万人（包括6.29万名军官）隶属于第40集团军，9万人隶属克格勃的边防和其它部队，5000人隶属内务部。此外，文职人员约2.1万人。格里戈里·克里沃舍耶夫上将编纂的《20世纪战争中的俄罗斯和苏联》一书中指出，苏联在阿富汗冲突中死亡15051人，其中，苏联军队14427 人、克格勃576 人、内务部28 人、其他政府机构20人。417 名军人失踪或被俘，130 余人获释。
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