因为劳资谈判协议的召开，1998至1999赛季在延迟了三个月后终于开始了，这个赛季只有50场比赛，马刺想要在这个赛季摆脱重重困难登顶冠军，还需要很长的一段路来走。
马刺以“小将军”约翰逊、贾伦·杰克逊、埃利奥特、“石佛”邓肯和“海军上将”罗宾逊为首发，在新赛季开赛两周后，他们的战绩是四胜五负，这样一套首发阵容明显不太合适，于是波波维奇让投篮能力更强小前锋马里奥·艾利替下贾伦·杰克逊担当首发，即便如此马刺战绩依然不佳，换了小前锋后只打了波两胜三负战绩。
一直到1999年2月28日，马刺的战绩只有六胜八负，这时候“小将军”埃弗里·约翰逊站了出来，他不想输球，他觉得球队的明面上的阵容不会比任何球队差，为什么就是没办法赢球？于是他开始有了更极端的想法，他用近乎残忍的激情演讲，希望用自己癫狂的态度来激励马刺的球员们，这样的做法相比大卫·罗宾逊那个威严又温和的领袖，埃弗里·约翰逊的所作所为则是矮小又残忍的领袖，这就好比一个团队有人唱红脸有人唱白脸，很明显小将军就是那个“坏人”。
如果NBA召开一堂课的时候，需要用到激情和残忍来弥补身高的球员典范，那么“小将军”约翰逊绝对是那个最合适的选择，他在场上不会允许队友放松哪怕一秒钟，因此当他还是个1米6的小矮子高中生时，就能率领圣奥古斯丁高中的大高个们实现赛季35场全胜，这一点特别像同一个年代且刚退役不久的迈克尔·乔丹。
“小将军”的职业生涯并不顺利，一直要到1994-1995赛季他第二次加入马刺时，才算打出了名堂，辗转多队的“小将军”一直都是以富有饱满的激情来鞭策身边的队友，虽然他去到的球队都会因为他发生改变，但是也有很多球队都受不了他，这也是导致他频繁辗转多队的原因。在来到圣城之后，他也是将一种紧张的氛围带到了这里，在每场比赛前他都会用一句类似摔跤手出场嘶吼来提醒所有人：“你们都准备好迎接战斗了吗？”他嘶哑地吼叫像极了一头发疯的猛兽常常让所有队友汗毛直立。
1999年3月2日马刺在客场挑战火箭中击败巴克利、皮蓬、奥拉朱旺领衔的火箭，贡献18分的小将军无疑是赢球功臣，赛后他对媒体说：“能够赢球全都是波波维奇领导有方，他的战术布置得好。”当记者将这一切告诉波波维奇时，波波维奇非常感动，从这一场比赛之后的马刺仿佛涅槃重生般打出了31胜5负的战绩，而这一切都源于埃弗里·约翰逊的激情澎湃，他激昂的怒吼也让马刺在1998-1999赛季夺得总冠军。
2000年的春天，马刺走上了卫冕冠军的道路，尤其是邓肯进攻愈发犀利后，波波维奇也开始着手完善自己的篮球战术理念，他打算从整个球队防守开始下功夫，汲取百家之长，取其精华去其糟粕，将马刺的防守体系打造成“堵中放边”。意思就是引诱对手进入边线陷阱后，依靠弱侧的协防和补防形成“伪联防”的二防一状态，然后逼迫对手在视野狭窄的情况下转移球，尽力使对手失误或减缓球运转的传递速度，所以马刺的防守不崇尚凶暴残忍，只是用精确的站位和协防来逼迫对手做耗时耗力的长距离传球，拖时间来迫使对手只能选择高难度跳投，但也让马刺的篮球比赛变得索然无味，观众看得想睡觉。
虽然马刺拥有了攻防一体的邓肯，还拥有了出色的防守体系，但还是出现了一些问题，而且是球队的内部问题，这个问题就出现在小将军这里。休赛期马刺引进全能得分手特里·波特，在这位老牌得分手到来之后，“小将军”的上场时间受到压缩，虽然是首发，出场时间不如替补，波波维奇这边也开始着手准备，打算接过更衣室的话语权。约翰逊也开始感到球队的微妙的变化，这也让严苛、刚硬、眼里容不得半点沙子的“小将军”感到难受，毕竟大家都知道，小将军如果不改自己如此极端的性格，那么他距离自己下一次被交易就不远了。
2000年2月15日在马刺客场对阵克利夫兰骑士的比赛后，埃弗里·约翰逊回到更衣室后大声吼叫：“这是我的球队，你们别想乱来。”这有点类似神经质的举动，让球队的三分射手史蒂夫·科尔全都看在眼里，成名于公牛的科尔和乔丹也做过搭档，但是他知道乔丹可不会说出这样的话。然后他转身问大卫·罗宾逊：“听到没，这球队和你没什么关系，你不干点什么吗？”当晚在更衣室，性格冲动的小将军找了球队最年轻但也是最强壮的队友马里克·罗斯打了一架，好在邓肯和大卫·罗宾逊及时拉开他们，这才让两位球员才没有双双进医院。
由于他的地位特殊，“小将军”这次事态被嗅觉敏锐的媒体迅速曝光，波波维奇也是立即动用自己的人脉关系，来巧妙地将此事遮掩了过去，波波维奇也从这件事开始一步步收回埃弗里·约翰逊的队内话语权，从此之后“小将军”再也没像从前那样控制球队。
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