宗教改革运动与反宗教改革运动
文艺复兴发端于意大利，由此诞生了新的思想。文明程度较低的欧洲北部民族为抵抗这些新思想所带来的精神控制相应地产生了宗教改革运动与反宗教改革运动。
宗教改革运动又可称为德意志的运动，其主旨是否定教皇的权威，这自然也将使教会所获得的贡赋锐减；反宗教改革运动又可称作西班牙的运动，其主旨则是要反抗文艺复兴时期意大利的新知识及道德自由的思想。这不但没有削弱教皇的权力，反而使其有所增强。
宗教改革运动
在道德上对意大利人的愤恨和宗教改革运动有着很大的关系，这种愤恨也导致了否定意大利在文明知识领域所做出的贡献。
宗教改革运动中的两位著名的人物是路德和加尔文。他们的哲学观点都还属于中世纪。可以说，哲学在宗教改革开始之后的一个世纪内都是一无所成的。
路德和加尔文的宗教改革将宗教学说回归至奥古斯丁，不过他们抛弃了与教会有关的部分，突出了灵魂与上帝的关系。他们否认炼狱的存在，也否认了免罪说。他们的预定说认为灵魂在死后的归宿与教士们的行为是毫不相关的。这些改革不但削弱了教会及教皇的权力，也使得教会失去了敛财的依据。不过，这些创新自然也使得新教的神职人员失去了如天主教会那样的权势。
新教徒中就国家与宗教事务的关系问题存在着分歧。以路德为代表的一部分新教徒愿意承认统治者是自己国家教会的首脑，前提是国王必须信奉新教。这一主张加速了王权扩张的趋势；另一部分清教徒宗教改革的个人主义态度十分强烈，他们不愿意服从国王，正如他们也不愿意服从教皇。这种思想最终促使宗教宽容信念的发展，由此成为十八、十九世纪自由主义运动的源头之一。
反宗教改革运动
反宗教改革运动的著名人物是罗耀拉。罗耀拉创立了耶稣会，这对新教徒快速发展的宗教改革运动形成了很大的限制。
耶稣会的神学与新教徒的神学思想南辕北辙，他们对新教徒所强调的奥古斯丁学说中的那些因素全盘予以否定。耶稣会相信自由意志，反对救赎预定论，认为获得救赎不能只靠信仰，而是需要信仰与功德二者兼备。
耶稣会纪律严明、精明强干、忠于事业且擅于宣传。他们因其热忱获得了不小的声望。他们通过专注于教育从而牢牢抓住年轻人的心。抛开与宗教有关的内容，他们的教育工作极大地提高了当地人的文化水平。笛卡尔就是从他们身上学到了许多其他地方不能学到的数学知识。他们竭力促使天主教的君主对异端思想进行残酷迫害。
宗教改革运动与反宗教改革运动在初期给知识领域带来了不良的后果。长达三十年的战争让每个人都认为无论新教还是天主教都无法取得彻底的胜利。这促使人们思考应该放弃中世纪关于统一思想的愿望，这将使得人们能够更为自由地对一些根本性的问题进行独立的思考。部分聪明的人在厌恶宗教战争的同时越来越关注世俗的学问，比如数学与科学。十六世纪在哲学方面无所建树，但十七世纪哲学的进步却始于十六世纪科学的发展。
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