韦恩图是一种关系型图表,通过图形之间的重叠来反映数据集之间的相交关系。对于数据集之间交叠关系的可视化,通常想到的是绘制韦恩图。

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本期内容就为大家分享绘制韦恩图的多种方法。

01Origin绘制韦恩图

在使用Origin绘制韦恩图之前,我们首先需要下载Venn Diagram的App,下载方法如下:

打开Origin软件,点击“帮助 -> Origin支持和资源”进入Origin官网;

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点击“Log In”登陆自己的账户,没有账号的小伙伴可以免费注册(不需要教育邮箱)。

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登陆后回到Origin官网首页,找到“Apps”;

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在这里可以找到“Venn Diagram”,点击“Download File”下载文件;

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下载完成后,将下载好的“VennDiagram.opx”文件拖拽到Origin的Apps窗口中即可。

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下面我们将数据导入至Origin中,这里我们就随便输入一些数据,选中数据;点击Apps窗口的Venn Diagram 图标,点击OK进行绘制即可。

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这样韦恩图就很快绘制好了,图中的圆括号中类似二进制的数字表示不同分组的包含关系,1表示包含,0表示不包含。

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之后我们就可以根据自己的喜好对图形的外观进行调整啦~

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02鼠小弟

鼠小弟是“科研日精进”生信团队研发推出的一个永久免费、免注册,随点随用的生信平台,绘制韦恩图也不在话下。

网站地址:

https://cloud.keyandaydayup.com/

进入网站后,选择“绘图工具”,在下方的图标类型中找到“韦恩图”,点击“使用”;

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准备好数据后,点击“Browse”来从本地导入数据,可以识别三种类别的数据:由制表符分隔的txt文档,由逗号分隔的csv文件,和Excel表格的两种常见格式xls或xlsx,也就是说支持txt、csv、xls、xlsx这四种文件格式,上传的数据需要是这几种格式中的一种。

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在“颜色”选项下可自行依次设置各组区域的颜色,点击色块即可更改,也可手动输入需要的颜色代码更改。

我们在前面的推文“学习顶刊配色,这几个SCI绘图配色网站一定要收藏好”中,为大家推荐了多个配色工具,有需要的小伙伴可以查看!

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组名和数字的字体大小也可根据需要进行修改,也可设置“完成后发送结果到邮箱”;

提交后,鼠小弟会给出一段任务编号,这段任务编号可在右侧下载结果。如果数据较大分析时间较长,可以等一段时间再来下载。

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对绘制好的韦恩图,有多种格式结果可供下载,如.png、.pdf、.svg,选择自己需要的格式下载即可。

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03TUTU网站

TUTU网站也是一个可在线绘图的网络服务器,网站地址如下:http://www.cloudtutu.com/

进入网站后,网页会自动出现账号与密码,输入验证码,登录即可,点击“工具”,找到“维恩图”;

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在“帮助文档”中有非常详细的使用说明书,大家可以自行参考,这里就不再赘述了。

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值得一提的是,前面我们介绍的韦恩图绘制只可用于五组及五组以下数据的绘图,如果数据更多,可以绘制花瓣图和UpSet图,这三种图形TUTU网站均可绘制。

样品个数少于5个推荐使用venn图;样品个数大于等于6个,推荐使用花瓣图,只能显示共有和特有的元素个数;

UpSet图可以很好地展示多个集合之间的共有或特有元素。绘制这些图形时,只需在“绘图类型”中进行选择即可。

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这里我们重点说一下UpSet图,UpSet图主要可分为三个部分:

1. 左侧柱状图展示各原始数据集中包含的元素总量;如下图中的Symbol 1~8;

2. 右下方交集点的部分,通过横向的对应关系,用点指代左侧的对应数据集名称。通过纵向实现点与点之间的连接,来表示对应数据集之间存在交集的情况。即通过点与点之间的连接,对应传统韦恩图中圈与圈的重叠。比如第二列代表Symbol 2~8分组共有但是Symbol 1组没有;

3. 上部分为各个分组独有和共有的数量,通过纵向的对应关系,表示该交集情况下的交集元素数量。如下图中第一个柱子代表Symbol 1~8分组共有的数量为36;第二个柱子代表Symbol 2~8分组共有但是Symbol 1组没有的数量为28。

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以上就是本期利刃君为大家分享的多种绘制韦恩图的方法,这些方法都可以免费使用,当然熟悉R语言的小伙伴,使用R语言进行绘制可以有更多的可能性。此外,我们在前面的推文“有了这款高效生信分析绘图神器,还学什么R语言”中,为大家介绍了生信分析绘图工具——仙桃学术,也可完成韦恩图和UpSet图的绘制,感兴趣的小伙伴也可以自行尝试~