4月14日，中央生态环境保护督察组在通报督察典型案例时披露，江苏宿迁对大运河保护力度不够，对群众举报的突出生态环境问题敷衍应付，一些突出环境问题持续存在，大运河宿迁段生态环境安全持续受到威胁。
磷石膏露天堆存威胁大运河环境安全
大运河江苏段是南水北调东线工程输水主通道，其中宿迁段被称为中运河，全长112公里，文化和生态环境价值十分重要。

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2021年12月，豫星化工虽已停产废弃，厂区仍然露天堆存大量磷石膏及其他固废，并形成多处强酸性坑塘
早在2018年第一轮督察“回头看”期间就有群众举报反映，宿迁市豫星化工工业有限责任公司在大运河岸线露天堆存大量磷石膏，并向堆场偷排废水。
此次督察发现，宿豫区对群众投诉问题，敷衍调查、整改不彻底，在场地内仍堆存数万吨磷石膏的情况下，2019年7月上报完成整改并销号。2019年11月江苏省级生态环保督察指出磷石膏清运不彻底，整改销号不严不实后，宿豫区于2020年6月在整改不到位的情况下再次上报完成整改并销号。
2021年12月，现场暗查发现，上述企业虽已停产废弃，但场地内仍然露天堆存大量磷石膏及硫精砂、硫磺膏、磷矿石等工业固废，堆场没有防渗漏措施，淋溶液积存形成多处坑塘，最近处距大运河岸线仅200米。监测显示坑塘淋溶液pH值为2.6，呈强酸性。部分固体废物被雨水冲刷至大运河30米管理线范围内。直至督察进驻前，宿豫区才突击清运磷石膏等各类固体废物4.7万余吨。
此次督察进驻后，督察人员现场核实发现，当地清理过程中将大量磷石膏固体废物违法就地覆土掩埋。督察组指出该问题后，地方又清理出含磷石膏等固废的混合土约4万吨。对其析出的淋溶液抽样监测，总磷、氨氮浓度分别高达3350毫克/升、172毫克/升，对大运河水生态环境安全形成严重威胁。
违规挤占滨河生态空间
《大运河文化保护传承利用规划纲要》明确，大运河两岸除建成区外各1000米为滨河生态空间，严控新增非公益性建设用地。
宿迁市泗阳县靠近大运河建有八堡建材园，最近处距大运河不足300米。督察发现，大运河规划出台以后，泗阳县继续出让建材园土地2.4万平方米，建设江苏忆维盛建材有限公司和宿迁恒彩新材料科技有限公司等2个工业项目。宿豫区于2020年在大运河滨河生态空间同意建设苏华达新材料股份有限公司，并违规出让土地。
此外，宿豫区江苏惠然实业有限公司厂界距离大运河岸线约200米，长期非法占用大运河邻近约130亩土地，乱堆乱放大量水淬渣等工业固废；企业未经审批占用大运河154米岸线建设配套码头，非法运营至今，破坏大运河岸线和滨河生态空间。
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2022年3月，督察组现场督察发现，惠然实业长期非法占用大运河邻近约130亩土地，用于堆放水淬渣等工业固废
城区雨污混排影响大运河水环境
宿城区马陵河是一条首尾均与大运河连通的城市内河，是宿迁市2017年公示完成黑臭水体整治的河道。
督察发现，马陵河周边区域管网雨污混流情况严重，大量雨污水混合排入马陵河，在河面形成明显污染带，部分河段返黑返臭。督察组现场对溢流口排水取样，监测显示，化学需氧量、氨氮、总磷浓度分别为81毫克/升、12.4毫克/升、1毫克/升，分别超地表水Ⅲ类标准3倍、11倍、4倍。据当地有关部门统计，仅2021年6月至9月，马陵河就向大运河排放雨污水约500万吨。2021年7月至9月，大运河马陵翻水站国控断面连续超标。
督察组进一步调查发现，宿迁市主城区污水收集处理不到位，生活污水直排现象较为普遍，对运河水系水质造成威胁。督察组随机抽查位于宿迁市主城区的民便河、小白河等河道，均有多处污水直排口和溢流口，排水化学需氧量、氨氮、总磷浓度最高分别为140毫克/升、26.3毫克/升、2.3毫克/升，分别超地表水Ⅲ类标准6倍、25倍、10倍。