肾的主要生理功能是藏精和主水液。肾的阴阳气血失调，则必然影响肾的藏精功能，或为失于闭藏，或为精气不充，皆可导致机体的生长、发育和生殖机能不良。若影响肾的主水功能，就会导致全身的水液代谢障碍，出现尿少、水肿或多尿、小便清长等症状。
肾的阴阳、气血失调，亦有其明显的特点。这是由于肾中精气是肾阴肾阳之本，肾阴、肾阳又是全身阴阳之根的原因。因此，在肾往往只言精气之不充，而无气血的失调。为了有别于肾的阴阳失调，所以分别从肾的精气不足和肾的阴阳失调两个方面阐述。
1. 肾的精气不足
肾的精气不足，以精气分阴阳，则精属于阴，气属于阳，但决不能与肾阴、肾阳等同。这是因为，肾中精气是互生互化的，共同组成肾的生理活动的物质基础；肾精和肾气病不存在相互制约的关系。而肾阴与肾阳，则是肾的生理活动中两类互相制约的功能活动和状态，因而与肾精、肾气有所区别。
肾的精气不足，包括肾精亏虚和肾气不固两个方面。
肾精亏虚，多见于老年精亏或先天不足，也可因久病耗损，后天失养所致。肾精不足，在壮年时期，导致早衰，机能减退，而出现滑泄等病理表现。肾精不足而导致脑髓空虚时，可见智力减退，动作迟钝，两足痿弱等病理表现。
肾气不固，对肾的生理功能的影响，主要是肾失封藏和对二便失于固摄、肾失封藏，则肾中精气易于流失，而见遗精、滑泄等病理表现；影响肾的纳气功能，可见气浮于上，动辄气急等病理表现。对二便失于固摄，则可见大便滑脱，小便清长，或遗尿，尿有余沥，或二便失禁等病理表现。
2. 肾的阴阳失调
肾阴和肾阳，分别代表肾的生理功能活动中的寒和热、静和动、降和升、入和出等对立的状态，二者相互制约、相互协调，才能维持肾的生理功能，进行正常的活动。肾的阴阳失调，主要表现于肾阴亏虚与肾阳不足两个方面。
肾阴亏虚，多由于久病伤阴所致。五脏之火、五志过极化火、邪热久留化火，不仅可损耗各脏之阴，日久必致肾阴亏虚。肾阴亏虚，则肾阳失制，相火亢盛，以致阴虚内热。也可由于失血耗液，或房劳过度而致相火妄动，进而耗损肾阴，而致阴虚火旺。当阴虚内热和阴虚火旺时，可见形体消瘦，五心烦热，骨蒸潮热、颧红、盗汗以及舌红少苔、脉虚细而数等病理表现。
肾阳不足，在临床辩证中则有程度轻重的区别。肾阳不足，多由心、脾阳虚及损耗肾阳所致；阳虚则阴寒内生，所以才会有明显的寒象。
肾阳虚损对肾的生理功能影响，主要表现在生殖机能的减退或水液代谢机能的减退，而见阳势不行，精冷不育及水肿等病理表现。阳虚火衰，无以温煦脾阳，脾肾阳虚，则运化功能失职，可见下利清谷、五更泄泻等病理表现。
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