1975年到1979年之间，发生了上世纪最大的人为灾难——红色高棉大屠杀，上百万柬埔寨人遇难。
1962年，柬共总书记杜斯木神秘消失，波尔布特继任。自此，“留法派”成了柬埔寨革命的掌权者。那时的柬埔寨，不允许共产党的存在。次年5月，波尔布特等人被迫逃入磅湛丛林，在农村宣传革命。
1967年4月，马德望三洛地区爆发农民反征税暴动，已经将红色高棉改名成柬埔寨共产党的革命人士认为时机成熟，于是建立了柬埔寨革命军，在各地发动起义。革命军在政府军的围剿下，四处躲藏。但美国的插手，为红色高棉的崛起提供了意外机遇。美国因为不满西哈努克政府的中立态度，与1969年3月派飞机轰炸了柬埔寨。因此，民族矛盾成为柬埔寨国内的主要矛盾。
红色高棉趁机扛起“抗美救国”的旗帜，得到了很多民众的支持。1970年3月，在美国的煽动下，柬埔寨右翼势力朗诺、施里玛达等发动政变，废黜了西哈努克，后者在北京得到了中国政府的庇护。4月，美国和南越军队入侵柬埔寨南部。大敌当前，红色高棉和西哈努克携手抵抗美国。
1975年4月，红色高棉赢得了全面性的胜利。金边居民还没来得及欢迎胜利者，就接到了紧急疏散的命令，连忙带着随身用品逃往农村。三天后，拥有200万人的金边，成了一座居民不到三万的空城，两三万人死在了疏散途中。这一切，都是红色高棉的计划。他们对居民说美国飞机马上要来轰炸金边，让他们马上逃走，后又称是怕城中隐藏着大量阶级敌人。事实上，是因为红色高棉没有管理大城市的经验，才导致了这一切的发生。
不久，红色高棉宣布要在10到15年内让柬埔寨实现现代化，取消货币和市场，实行按需分配和全民供给制。所有人集体劳动，在公共食堂就餐。一系列政策，让本是鱼米之乡的柬埔寨粮食产量逐年下降，人们晚上勉强只能喝稀粥。红色高棉禁止私人拥有财产，取消家庭，不设立正规学校，禁用书籍和印刷品等。
另外，红色高棉还把国民分为“旧人”和“新人”两种、前者主要指的是攻占金边前已在解放区的农民，后者则是旧政权的军政人员、知识分子、城市居民、商人等。“新人”在“旧人”的监管下，食不果腹，还得从事超强度的体力劳动，因此被饿死、累死、被随意处罚的的“新人”数不胜数。
波尔布特出任政府总理，对内部进行了大清洗，大批革命人士死在了自己人手上。光在金边南部的“图士楞”监狱，就处决了1.4万名柬共干部及其家属。他在党内的绝对权威和组织的绝对正确，让红色高棉的种种极端。甚至可以说是残暴的政策得以实施。波尔布特执政三年多，至少有100万柬埔寨人非正常死亡。
红色高棉总共执政3年零8个月，柬埔寨有40万到300万人死于饥荒、劳役、疾病等非正常原因，而当时柬埔寨的总人口为700万人左右。也就是说，接近一半的柬埔寨人在红色高棉执政期间死亡，故红色高棉大屠杀又被称为20世纪最大的人为灾难之一。
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