一：级别不同

北京市政府采购中心是专门为北京市政府采购政府用品的地方

中央政府采购中心是专门为中央各部门采购用品的地方

二：财政拨款主体不同

北京市政府采购中心是有北京市政府审批，北京市财政局拨款

中央政府采购中心是有国务院或者中央各部位审批，中央财政拨款

三：网址不同

北京市政府采购中心网址：http://www.bgpc.gov.cn/

中央政府采购中心网址：http://www.zycg.gov.cn/

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简单的说 北京市政府采购中心面向的是北京市直属机关事业单位，中央政府采购网面向的是中央国家机关单位。采购方式都是一样的，都有协议供货和公开招标。