1645年4月25日，南下的清军在多尔衮率领下破城进入扬州，南明守备扬州的总兵刘肇基战死，督师淮扬的阁部史可法被俘后遇难，消息传至南京，弘光朝廷满朝皆惊慌失措，五月初五，清军前锋到达江北，初九，清军李率泰带领南明降将张天禄。杨承租部在瓜州以西十五里处渡江，在金山击溃南明水师郑鸿逵军后登陆，随即占领镇江，后续部队先后渡江上岸，初十日，在朝公卿大臣不知晓情况下，弘光帝朱由崧和马士英及少数宦官秘密商议后凌晨仓皇出逃南京。

天刚拂晓，得知情况的南京城内文武百官及市井百姓乱成一团，一些百姓涌入监狱内将自称“崇祯太子”的在押少年迎出并于武英殿登基，年号崇祯十八年。与此同时，部分将领官员已经打算临阵投降换取富贵，明代自永乐十九年成祖迁都北京后，南京作为留都虽然同时保留一套同样的六部官吏制度，但大多已是充数作样，并无实权，除了南京兵部尚书、守备南京勋臣、镇守南京太监这三人，其中兵部尚书史可法已经殉国，镇守太监韩赞周在弘光登基后已经失势，地位已被拥立朱由崧上位的司礼监秉笔太监卢九德取代，十四日午后清军前哨骑兵抵达洪武门外，守备南京的勋臣忻城伯赵之龙出降表并与清军洽谈投降事宜，十五日，多铎率领清军主力来到城外，赵之龙与保国公朱国弼、魏国公徐久爵（即徐达后裔）、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡亦琛、礼部尚书钱谦益（东林党魁）、左都御史李沾等三十多名高官勋贵出门迎于城郊，十七日在确定城内安全后多铎进城。此前众多力主复国报仇的文武官员此时大都膝软于绵，面厚于铁，争相向新朝投表求职。

马士英

五月初十夜里，弘光帝与马士英在溧水县竟然被当地士兵拦截劫掠，马士英的儿子马鸾带着卫兵将弘光帝送到太平府（安徽当涂），太平府对此关闭城门不接纳，只得继续逃往芜湖投奔靖国公黄得公，马士英则护卫皇太后邹氏逃赴杭州，作为少数仍然效忠弘光帝的将领，黄得功对于南京发生的一切竟然无所知，对于皇帝的仓皇出逃他表现出相当的失望，“陛下死守京城，以片纸召臣，臣犹可率士卒以得一当，奈何听奸人之言，轻弃社稷乎！今进退无据，臣营单薄，其何以处陛下？”皇帝的昏聩，朝臣的无脑，只有这位“封疆大吏”还能说出一番思路清晰的话语，历来帝王一旦出逃京师，留下的必定是一个满目疮痍的国家，这点上弘光的勇气尚且不如他的前任。黄得功虽然无奈，但随后的行动表面他还是效忠到底的，虽然身边已经有人开始人心思动了。

得知弘光出逃后清军主帅多铎立刻就下令让新降的刘良佐反戈一击作带路党，后边跟随着几路大军一起前往芜湖，黄得功得知清军到来准备与之一战，奈何部下田雄、马得功本已动摇，在刘良佐的劝说下直接下决心投降，而黄得功仍然蒙在鼓里，在处死刘良佐派来的使者后带兵出战，叛军趁其不备射中黄得功，黄得功最后自刎而死，就此叛将一众人将弘光帝活捉至清军前，弘光帝一度哀求二人，两人如此回复他：“我之功名在此，不能放你也。”愤怒的朱由崧竟然将田雄的脖子咬得血肉模糊，鲜血染透了衣服。而在溧水与弘光失散的马士英此时正带着四百贵州兵护送朱由崧的母亲邹太后逃往浙江......

国祚一年的弘光政权就此倒台，文武百官降者无数，到头来又是一场鸟兽散，在初登大宝的关键时刻拥有可以与满清抗衡的军队和财力，大有可为之际君臣却不思复国而沉浸在争权夺利、腐败内讧上，朱由崧更是被人痛骂为：“自古亡国之君，无过吾弘光者，汉献之孱弱、刘禅之痴呆、杨广之荒淫，合并而成一人。”《弘光拜豫王》记载朱由崧被俘后场景：“弘光以无幔小轿入城，首蒙包头，身衣蓝布衣，以油扇遮面...夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。”可见此人的名声已经如此不堪了，等待他的即将是和前明的一众行尸走肉般的朱氏勋贵们一起被枭首的那天。