职务与职级并行时原非领导职务需要套改职级，一般都需要由组织下文重新任命，有些需要组织部任命，有些则只需要单位党委（党组）任命。主任科员套改成二级主任科员是否需要组织部任命，取决于主任科员的管理权限。

2019年6月，新《公务员法》、《公务员职务与职级并行规定》施行，第1项工作就是进行职级的套改，即非领导职务套改为职级，包括：办事员套改为二级科员、科员套改为一级科员、副主任科员套改为四级主任科员、主任科员套改为二级主任科员、副调研员套改为四级调研员、调研员套改为二级调研员、副巡视员套改为二级巡视员、巡视员套改为一级巡视员。各单位职级套改完成之后，才会进行职级的晋升。

一般来说，原非领导职务套改职级，是需要组织下文重新任命的，下文任命的机构有些是组织部，有些则是单位党委（党组），具体是哪一个，取决于该职务职级的管理权限在哪儿。比如，文中提到的主任科员套改为二级主任科员。在区县和乡镇机关，主任科员、二级主任科员的管理权限在区县委组织部，所以套改任命文件，应当由区县委组织部下达；而在市级及以上机关，主任科员、二级主任科员的管理权限一般在所在单位，所以套改任命文件，应当由所在单位党委（党组）下达。我们单位属于市级机关，所以单位人员进行职级套改时，是由单位党委下达套改任命文件的。

同样的，在市级机关，副调研员以上非领导职务套改为四级调研员以上职级时，应当由市委组织部下达任命文件；在省级机关，副巡视员以上非领导职务套改为二级巡视员以上职级时，由省委组织部下达套改任命文件；在其他机关，其他非领导职务套改为相应的职级时，则由所在单位党委（党组）下达套改任命文件。比如，在中央机关，巡视员套改为一级巡视员，也是由中央机关党委（党组）下达任命文件的；在省级机关，调研员套改为二级调研员，也由机关党委（党组）下达任命文件。

以上都是非领导职务套改职级的情况，套改时的管理权限，主要看非领导职务的管理权限，而不是套改后职级的管理权限。职级公务员的管理权限一般都是在单位，套改时保留相应干部管理权限的除外。因此，一般职级干部晋升，不需要由组织部任命，只需要单位党组任命就行。比如，在市局机关，一级主任科员晋升四级调研员，由单位组织晋升程序，也由单位党组下达任命文件，无需市委组织部任命。这点与副调研员套改为四级调研员是不同的，其他情形也同样如此，要区别开来。

综上所述，职务与职级并行主任科员套改为二级主任科员，如果在市级及以上机关，不需要由市委组织部任命，只需单位党委（党组）任命即可；如果是在区县及乡镇机关，那么需要由区县委组织部任命。未保留原干部管理权限的职级公务员，其管理权限都在单位，职级晋升及下达任免文件，都由所在单位来完成。