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番茄果实色泽鲜美、营养丰富、风味独特，是生活中不可或缺的蔬菜。作为呼吸跃变型果实，番茄成熟衰老是多因子高度协调的有序且复杂的过程，DNA甲基化和RNA甲基化在呼吸跃变型果实的成熟调控中均发挥着重要作用。但关于DNA甲基化和mRNA及 ncRNA的m5C甲基化协同调控番茄果实成熟衰老的机制尚不明确。

近日，北京市农林科学院农产品加工与食品营养研究所左进华团队与法国图卢兹大学Mondher Bouzayen教授（欧洲科学院院士，欧盟食品与农业科技合作行动委员会主席）团队联合在The Plant Journal在线发表了题为DNA and coding/noncoding RNA methylation analysis provide insights into tomato fruit ripening的研究论文，揭示了番茄果实成熟衰老的调控新。

该研究以不同成熟期的野生型AC (Alisa Craig) 和成熟突变体Nr（Never ripe）番茄果实为材料，采用深度测序技术与生物信息学分析相结合的方法，深入分析了DNA甲基化、m5C修饰在AC和Nr不同成熟期的表达差异性。研究发现，随着果实的成熟，AC和Nr 突变体中DNA甲基化水平显著降低。番茄果实中m5C修饰主要富集在终止密码子和3’UTRs区，且随着果实成熟，AC和Nr突变体中大多数mRNA的m5C甲基化水平升高，此外，研究还进一步系统解析了DNA甲基化和RNA甲基化协同调控番茄果实成熟衰老的机制，为最终阐明果实成熟衰老的调控网络奠定了理论基础。

硕士生郭苏苏、郑鄢燕博士和孟德梅副教授（天津科技大学）为该论文并列第一作者，左进华研究员、Mondher Bouzayen院士和王清研究员为共同通讯作者，赵晓燕研究员，邓志平研究员、谭金娟博士 (浙江省农业科学院)，郎曌博研究员 (中国科学院)，张波教授（浙江大学）等参与了部分工作，Donald Grierson院士 (英国诺丁汉大学) 也为部分相关工作给予了指导，该研究得到了国家自然科学基金等项目的资助。